| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 566000 = | NA (NA) | 68 (1.370) | 32/98 | NT | 100% | intergenic (+90/‑56) | ybcD/insE | DLP12 prophage region; ECK0532:JW0527:b4508; predicted replication protein fragment/IS3 element protein InsE |
| ? | W3110S.gb | = 576913 | 0 (0.000) | coding (78/498 nt) | ybcS | predicted lysozyme | |||||
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
ATCATTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTATGG > W3110S.gb/576844‑576982 | cagtccggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTg > 1:760648‑M2/68‑71 (MQ=255)atcatTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTt > 1:2161399‑M2/1‑70 (MQ=255) tcatTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtg > 1:733709‑M2/1‑69 (MQ=255) tcatTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTt < 1:4364265‑M2/70‑2 (MQ=255) tcatTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTt < 1:531836‑M2/70‑2 (MQ=255) agtccggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACt < 1:3456835‑M2/3‑1 (MQ=255) catTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtga < 1:475549‑M2/71‑4 (MQ=255) catTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtga < 1:3822183‑M2/71‑4 (MQ=255) tccggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGcc > 1:4736481‑M2/65‑71 (MQ=255) atTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgat < 1:3324114‑M2/71‑5 (MQ=255) atTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgat < 1:4564843‑M2/71‑5 (MQ=255) ttACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGTCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtg > 1:4172911‑M2/1‑66 (MQ=255) ccggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGc > 1:115480‑M2/64‑69 (MQ=255) aCGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatct < 1:3584368‑M2/70‑7 (MQ=255) gaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAg > 1:407450‑M2/61‑71 (MQ=255) cGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatctt > 1:1634948‑M2/1‑63 (MQ=255) acaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTg > 1:2732933‑M2/59‑71 (MQ=255) aaGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGG‑‑GAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagc > 1:4449802‑M2/1‑57 (MQ=255) gCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagc > 1:3373822‑M2/1‑57 (MQ=255) tgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAAc > 1:1890390‑M2/53‑70 (MQ=255) tgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAAc > 1:2331678‑M2/53‑70 (MQ=255) gctgctgctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagt < 1:2915564‑M2/71‑21 (MQ=255) aacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATgg < 1:96137‑M2/23‑1 (MQ=255) acaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGt > 1:1095385‑M2/48‑71 (MQ=255) aagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCt > 1:3841294‑M2/46‑71 (MQ=255) aagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCt < 1:1168072‑M2/26‑1 (MQ=255) gaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAAc < 1:2619019‑M2/18‑1 (MQ=255) aacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGccc < 1:126858‑M2/8‑1 (MQ=255) acctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGaa < 1:3413844‑M2/30‑1 (MQ=255) ctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggttcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAg < 1:2941515‑M2/31‑1 (MQ=255) ctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTCACGATg < 1:613350‑M2/22‑1 (MQ=255) ctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTg < 1:2553653‑M2/27‑1 (MQ=255) ttGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacac > 1:2746762‑M2/1‑41 (MQ=255) ttGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtgga > 1:3607147‑M2/1‑41 (MQ=255) ttGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtgg < 1:681141‑M2/63‑23 (MQ=255) cgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGt > 1:3806466‑M2/38‑61 (MQ=255) ggtggCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggc < 1:4152582‑M2/70‑32 (MQ=255) ggtggCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgc < 1:2024068‑M2/67‑29 (MQ=255) gtggCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggct > 1:2853574‑M2/1‑38 (MQ=255) gtggCGCAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggct > 1:2632068‑M2/1‑38 (MQ=255) tggCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaa > 1:4594399‑M2/1‑37 (MQ=255) taggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAg > 1:4027769‑M2/34‑71 (MQ=255) gAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatag > 1:3579270‑M2/1‑32 (MQ=255) aGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgag < 1:959974‑M2/70‑40 (MQ=255) aGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgag < 1:3294528‑M2/70‑40 (MQ=255) aGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgag < 1:3236811‑M2/70‑40 (MQ=255) gCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagta > 1:4495116‑M2/1‑30 (MQ=255) gCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagta > 1:144214‑M2/1‑30 (MQ=255) cAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaata > 1:4691994‑M2/1‑29 (MQ=255) tgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcatac > 1:2547496‑M2/26‑71 (MQ=255) tccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACCATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcatacca < 1:4319881‑M2/48‑1 (MQ=255) gCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactc > 1:4495487‑M2/1‑24 (MQ=255) gCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatag < 1:2819889‑M2/43‑20 (MQ=255) catattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcataccata > 1:4133144‑M2/22‑71 (MQ=255) catattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcataccata > 1:1650724‑M2/22‑71 (MQ=255) catattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcataccat > 1:644752‑M2/22‑70 (MQ=255) tattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcatac < 1:1681736‑M2/46‑1 (MQ=255) attacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcataccata > 1:1052460‑M2/19‑68 (MQ=255) attacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcataccata > 1:821300‑M2/19‑68 (MQ=255) ttacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGa < 1:2198710‑M2/29‑1 (MQ=255) ttacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAg > 1:4807220‑M2/18‑55 (MQ=255) ttacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACaa < 1:3528044‑M2/53‑1 (MQ=255) taGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaa > 1:2255977‑M2/1‑20 (MQ=255) taGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaa > 1:1311418‑M2/1‑20 (MQ=255) gCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagt < 1:4268856‑M2/69‑52 (MQ=255) acgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACa > 1:495309‑M2/16‑67 (MQ=255) acgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACa > 1:986438‑M2/16‑67 (MQ=255) gtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGa < 1:304927‑M2/29‑1 (MQ=255) aTCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcaga > 1:4096501‑M2/1‑16 (MQ=255) tgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGatat < 1:2609799‑M2/59‑1 (MQ=255) cAGTGTTAATCACTtgatcttacccatcaatagtggacacgcggcta > 1:3041374‑M2/1‑14 (MQ=255) aGTGTTAATCACTtgattttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagaggt < 1:1664172‑M2/71‑59 (MQ=255) aGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagaggt < 1:2221490‑M2/71‑59 (MQ=255) gtgtTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaag < 1:1665012‑M2/47‑36 (MQ=255) gtgtTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaag < 1:1451286‑M2/47‑36 (MQ=255) gtgtTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaag < 1:2409212‑M2/47‑36 (MQ=255) gtgtTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaag < 1:1070893‑M2/47‑36 (MQ=255) taggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATAttgtt < 1:1388433‑M2/63‑1 (MQ=255) taggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATAttgtt < 1:1759216‑M2/63‑1 (MQ=255) aggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGa > 1:1921643‑M2/8‑36 (MQ=255) ggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATAttgttg < 1:4340782‑M2/64‑1 (MQ=255) gatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACa < 1:1809562‑M2/52‑1 (MQ=255) atcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGgtg < 1:1379017‑M2/67‑1 (MQ=255) atcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGgtg > 1:3054455‑M2/5‑71 (MQ=255) atcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGgtg < 1:2048244‑M2/67‑1 (MQ=255) aaTCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagaggtgactca < 1:366131‑M2/71‑65 (MQ=255) aaTCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagaggtgactc > 1:830903‑M2/1‑7 (MQ=255) aaTCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagaggtgactc > 1:1312871‑M2/1‑7 (MQ=255) tcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGgtg > 1:1017635‑M2/4‑70 (MQ=255) tcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGgtg > 1:4305985‑M2/4‑70 (MQ=255) aTCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagaggtgactca < 1:1534288‑M2/70‑65 (MQ=255) aTCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagt > 1:627161‑M2/1‑6 (MQ=255) caACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTa > 1:4448943‑M2/3‑71 (MQ=255) caACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTa > 1:3937117‑M2/3‑71 (MQ=255) aACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCa > 1:75532‑M2/2‑38 (MQ=255) aCTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagaggtgactcacat < 1:2282910‑M2/70‑68 (MQ=255) aCTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagaggtgactcacat < 1:2988071‑M2/70‑68 (MQ=255) aCTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTATg < 1:1961409/71‑1 (MQ=255) ttgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagaggtgactcacatga < 1:308823‑M2/70‑70 (MQ=255) tGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGgtg < 1:327299/65‑1 (MQ=255) | ATCATTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTATGG > W3110S.gb/576844‑576982 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |