| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 3748799 = | 2 (0.070) | 45 (1.610) | 20/100 | NT | 95.7% | coding (184/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity |
| ? | W3110S.gb | 4056222 = | NA (NA) | intergenic (‑564/+15) | yrhB/insB | hypothetical protein/IS1 transposase InsAB' | |||||
TTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/3748867‑3748799‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGC > W3110S.gb/4056222‑4056288 TTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGG > 1:1633237/1‑71 GGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGA < 1:1468946/70‑1 GGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAAT < 1:1807591/68‑1 GGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAAT < 1:1432237/68‑1 TGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCC < 1:389191/71‑1 TGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCC < 1:1674737/71‑1 CCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGA > 1:471330/1‑65 CCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAACGACTCC < 1:2369041/69‑1 TTTATCCTTATCATTGCCTGGGTTTCAATGCTTCAATCCGGGTTATTGTTATTAGGGT < 1:2252041/58‑1 TTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAA > 1:2533132/1‑59 TTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGG > 1:2606684/1‑55 TATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGGTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTT > 1:2408730/1‑70 TATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTA > 1:2519597/1‑71 TATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTA > 1:2153550/1‑71 TATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTA > 1:459289/1‑71 TATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTA > 1:1169168/1‑71 TATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTA > 1:2398324/1‑71 TATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTA > 1:1362212/1‑71 TATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGA > 1:610489/1‑61 TCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATT < 1:1377331/71‑1 CCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACT > 1:465083/1‑60 CCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACT > 1:477513/1‑60 CCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACT > 1:414025/1‑60 CCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATAACT > 1:1157220/1‑60 CTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGA > 1:1743711/1‑71 ATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAG > 1:1266646/1‑71 ATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAG > 1:1736882/1‑71 ATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAG > 1:2431777/1‑71 CATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG > 1:1056736/1‑71 CATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG > 1:858801/1‑71 GCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTT < 1:941225/70‑1 CCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTT < 1:1855725/69‑1 GTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGT < 1:969840/70‑1 TTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTA < 1:2096175/52‑1 TTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTA < 1:1807314/52‑1 TTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTA < 1:690004/38‑1 TTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTA < 1:606236/38‑1 TTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTA < 1:553592/38‑1 TTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGT < 1:501509/37‑1 TTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTT > 1:865947/1‑68 TTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTA > 1:2127674/1‑64 CAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTTGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGT > 1:2136169/1‑56 TTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAG < 1:1088421/45‑1 CCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATG < 1:2207827/70‑1 CCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATG < 1:1521344/70‑1 CCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATG < 1:8385/70‑1 TTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTG > 1:1812694/1‑71 TATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCC < 1:136547/60‑1 GTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCC < 1:156958/56‑1 GTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCC < 1:13616/56‑1 TATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGA > 1:35404/1‑56 TATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGA > 1:2286610/1‑56 TATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGA > 1:1306993/1‑56 gTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGC > 1:799162/2‑71 TTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGC > 1:2170905/1‑71 TTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGC > 1:1751481/1‑71 TTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGC > 1:799161/1‑71 TTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGC > 1:1304671/1‑71 GGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCC < 1:290307/49‑1 TTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/3748867‑3748799‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGC > W3110S.gb/4056222‑4056288 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |