| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 3748799 = | 2 (0.070) | 45 (1.610) | 20/100 | NT | 95.7% | coding (184/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity |
| ? | W3110S.gb | 4056222 = | NA (NA) | intergenic (‑564/+15) | yrhB/insB | hypothetical protein/IS1 transposase InsAB' | |||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
GTGTTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAAC > W3110S.gb/3748732‑3748869 | gctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccctac > 1:799162‑M1/68‑70 (MQ=255)gctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCtaa > 1:1751481‑M1/68‑71 (MQ=255)gctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCtaa > 1:1304671‑M1/68‑71 (MQ=255)gctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCtaa > 1:799161‑M1/68‑71 (MQ=255)gctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCtaa > 1:2170905‑M1/68‑71 (MQ=255) gtTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCtaat > 1:2373052/1‑70 (MQ=255) aCCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCtaataa > 1:1971784/1‑69 (MQ=255) aCCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTaataac < 1:1281589/70‑1 (MQ=255) gATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:1304187‑M2/1‑68 (MQ=255) caaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaataa > 1:1812694‑M1/59‑71 (MQ=255) aaaTCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtga < 1:2007340‑M2/69‑6 (MQ=255) catcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCgg < 1:8385‑M1/18‑1 (MQ=255) catcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCgg < 1:1521344‑M1/18‑1 (MQ=255) catcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCgg < 1:2207827‑M1/18‑1 (MQ=255) tcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCtaata > 1:1306993‑M1/51‑56 (MQ=255) tcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCtaata > 1:2286610‑M1/51‑56 (MQ=255) ttGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgcc < 1:1287843‑M2/70‑13 (MQ=255) gggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccc < 1:290307‑M1/1‑1 (MQ=255) gggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaata < 1:136547‑M1/12‑1 (MQ=255) gggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataac < 1:13616‑M1/8‑1 (MQ=255) gggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataac < 1:156958‑M1/8‑1 (MQ=255) aTGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaactta > 1:2582358‑M2/1‑52 (MQ=255) aTGGTGTTAAAACTAGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttac < 1:2325509‑M2/71‑20 (MQ=255) gtTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaact < 1:462513‑M2/63‑17 (MQ=255) aacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaa > 1:865947‑M1/37‑68 (MQ=255) aaaaCTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt < 1:1120728‑M2/47‑4 (MQ=255) aaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAgg < 1:1855725‑M1/39‑1 (MQ=255) aaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGc < 1:941225‑M1/40‑1 (MQ=255) gAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatg > 1:1396837‑M2/1‑37 (MQ=255) gAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatg > 1:1025321‑M2/1‑37 (MQ=255) cactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATg > 1:858801‑M1/28‑71 (MQ=255) cactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATg > 1:1056736‑M1/28‑71 (MQ=255) actatcaataagttggagtcattaccCAAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTg > 1:2136169‑M1/27‑56 (MQ=255) ctatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGaa < 1:1088421‑M1/20‑1 (MQ=255) ctatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGAt > 1:1736882‑M1/26‑71 (MQ=255) ctatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGAt > 1:1266646‑M1/26‑71 (MQ=255) ctatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGAt > 1:2431777‑M1/26‑71 (MQ=255) tcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAg > 1:1743711‑M1/23‑71 (MQ=255) aataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGa < 1:1377331‑M1/51‑1 (MQ=255) taagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaaaa < 1:1807314‑M1/34‑1 (MQ=255) taagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaaaa < 1:2096175‑M1/34‑1 (MQ=255) taagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa > 1:2519597‑M1/19‑71 (MQ=255) taagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa > 1:1169168‑M1/19‑71 (MQ=255) taagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa > 1:459289‑M1/19‑71 (MQ=255) taagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa > 1:1362212‑M1/19‑71 (MQ=255) taagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa > 1:2398324‑M1/19‑71 (MQ=255) taagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa > 1:2153550‑M1/19‑71 (MQ=255) gATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 1:1385237‑M2/1‑27 (MQ=255) aagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAACCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa > 1:2408730‑M1/18‑70 (MQ=255) aTAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:865938‑M2/1‑26 (MQ=255) tAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:709043‑M2/1‑25 (MQ=255) aTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttag > 1:2225690‑M2/1‑23 (MQ=255) aTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaact > 1:594830‑M2/1‑23 (MQ=255) tttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtat > 1:862328‑M2/1‑22 (MQ=255) tttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtat > 1:2387682‑M2/1‑22 (MQ=255) ttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtg < 1:668349‑M2/71‑51 (MQ=255) ttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatga < 1:1771720‑M2/55‑35 (MQ=255) ttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgat < 1:514523‑M2/44‑24 (MQ=255) ggagtcgttaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAgg < 1:2369041‑M1/57‑1 (MQ=255) ggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCa < 1:1674737‑M1/59‑1 (MQ=255) ggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCa < 1:389191‑M1/59‑1 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgc < 1:1952242‑M2/71‑52 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgc < 1:1564704‑M2/71‑52 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgc < 1:1476827‑M2/71‑52 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgc < 1:2423384‑M2/71‑52 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgag < 1:135654‑M2/67‑48 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgag < 1:2270758‑M2/67‑48 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttt < 1:1099222‑M2/63‑44 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggt < 1:180919‑M2/58‑39 (MQ=255) agttattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAgg > 1:1157220‑M1/11‑60 (MQ=255) agtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAgg > 1:477513‑M1/11‑60 (MQ=255) agtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAgg > 1:414025‑M1/11‑60 (MQ=255) agtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAgg > 1:465083‑M1/11‑60 (MQ=255) tcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa > 1:610489‑M1/9‑61 (MQ=255) tcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAgg > 1:471330‑M1/9‑65 (MQ=255) tcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCAccc < 1:1468946‑M1/62‑1 (MQ=255) aTTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcc > 1:1117280‑M2/1‑17 (MQ=255) aTTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcc > 1:1010293‑M2/1‑17 (MQ=255) attaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCAccc < 1:1432237‑M1/62‑1 (MQ=255) attaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCAccc < 1:1807591‑M1/62‑1 (MQ=255) ttaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaa > 1:2533132‑M1/6‑59 (MQ=255) taccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaaaa < 1:553592‑M1/34‑1 (MQ=255) taccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaaaa < 1:606236‑M1/34‑1 (MQ=255) taccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaaaa < 1:690004‑M1/34‑1 (MQ=255) accCTAATAACAATAACCCGGATTGAAGCATTGAAACCCAGGCAATGATAAGGATaaa < 1:2252041‑M1/55‑1 (MQ=255) accCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaaaa < 1:501509‑M1/34‑1 (MQ=255) ccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGaaaa > 1:1633237‑M1/3‑71 (MQ=255) tCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggct < 1:2017249‑M2/71‑62 (MQ=255) tCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcc > 1:1443042‑M2/1‑10 (MQ=255) tCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcc > 1:296158‑M2/1‑10 (MQ=255) tCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcc > 1:1467987‑M2/1‑10 (MQ=255) tCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcc > 1:1048004‑M2/1‑10 (MQ=255) tCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcc > 1:1868123‑M2/1‑10 (MQ=255) tCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcc > 1:943395‑M2/1‑10 (MQ=255) cCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaa > 1:2606684‑M1/2‑55 (MQ=255) cTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggctt < 1:2022976‑M2/71‑63 (MQ=255) cTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggctt < 1:1529105‑M2/71‑63 (MQ=255) cTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggct < 1:338975‑M2/70‑62 (MQ=255) cTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggct < 1:334988‑M2/70‑62 (MQ=255) cTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcc > 1:2636557‑M2/1‑9 (MQ=255) | GTGTTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAAC > W3110S.gb/3748732‑3748869 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |