| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 566000 = | NA (NA) | 27 (0.960) | 14/100 | NT | 100% | intergenic (+90/‑56) | ybcD/insE | DLP12 prophage region; ECK0532:JW0527:b4508; predicted replication protein fragment/IS3 element protein InsE |
| ? | W3110S.gb | = 576913 | 0 (0.000) | coding (78/498 nt) | ybcS | predicted lysozyme | |||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
CATCATTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTA > W3110S.gb/576843‑576979 | catcatTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACt > 1:128552/1‑71 (MQ=255) tcatTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtg > 1:1294616‑M2/1‑69 (MQ=255) tcatTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtg > 1:622184‑M2/1‑69 (MQ=255) tcatTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtg > 1:2659348‑M2/1‑69 (MQ=255) agtccggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACt < 1:468660‑M2/3‑1 (MQ=255) atTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgat < 1:593700‑M2/71‑5 (MQ=255) atTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtga > 1:468578‑M2/1‑67 (MQ=255) cggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGccc > 1:840444‑M2/63‑70 (MQ=255) cggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCa < 1:1203927‑M2/9‑1 (MQ=255) aCGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatct > 1:2230385‑M2/1‑64 (MQ=255) aCGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatct > 1:2116411‑M2/1‑64 (MQ=255) acaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTg > 1:2557015‑M2/59‑71 (MQ=255) acaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTg > 1:1652971‑M2/59‑71 (MQ=255) tgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAAc < 1:2592831‑M2/18‑1 (MQ=255) tgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAAc < 1:285828‑M2/18‑1 (MQ=255) tgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAAc < 1:534720‑M2/18‑1 (MQ=255) gaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACg < 1:1574092‑M2/19‑1 (MQ=255) gaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACg < 1:720916‑M2/19‑1 (MQ=255) gctgctgctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagt < 1:1334508‑M2/71‑21 (MQ=255) gctgctgctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagt < 1:2246963‑M2/71‑21 (MQ=255) ctgctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtg > 1:1447013‑M2/1‑47 (MQ=255) agaacctcgcttaggcctgtgtccatatttcgtgggtaggatctACTGGCCCATGTGGTAACGATGGTCt > 1:701032‑M2/45‑70 (MQ=255) agaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTg > 1:1441155‑M2/45‑71 (MQ=255) agaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTg > 1:466645‑M2/45‑71 (MQ=255) gaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTgg < 1:2458972‑M2/28‑1 (MQ=255) gaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTgg < 1:2174587‑M2/28‑1 (MQ=255) gaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGGCTgg < 1:2614240‑M2/28‑1 (MQ=255) gctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacac < 1:1632805‑M2/71‑27 (MQ=255) gCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatc < 1:419467‑M2/40‑6 (MQ=255) gcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCa < 1:1566339‑M2/9‑1 (MQ=255) gcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTa < 1:38243‑M2/41‑1 (MQ=255) cctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAc < 1:2199201‑M2/42‑1 (MQ=255) cctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAc < 1:1098362‑M2/42‑1 (MQ=255) ctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAca < 1:103237‑M2/43‑1 (MQ=255) ctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAca > 1:820644‑M2/29‑71 (MQ=255) ctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAca > 1:1193970‑M2/29‑71 (MQ=255) gaatTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaa > 1:1634738‑M2/2‑29 (MQ=255) cAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaa > 1:2413596‑M2/1‑29 (MQ=255) cAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaa > 1:2083801‑M2/1‑29 (MQ=255) cAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaa > 1:1197207‑M2/1‑29 (MQ=255) tgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcata < 1:2399480‑M2/45‑1 (MQ=255) aTTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacac > 1:388710‑M2/1‑27 (MQ=255) aTTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacac > 1:18882‑M2/1‑27 (MQ=255) aTTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacac > 1:1573433‑M2/1‑27 (MQ=255) aTTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacac > 1:88873‑M2/1‑27 (MQ=255) ttGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggcta > 1:1811592‑M2/1‑26 (MQ=255) tccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCATGTGGTAACGATg < 1:1909531‑M2/22‑1 (MQ=255) tccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACTATg < 1:2463653‑M2/22‑1 (MQ=255) tccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATg < 1:1637876‑M2/22‑1 (MQ=255) tccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAg < 1:1121739‑M2/38‑1 (MQ=255) tGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgc < 1:252479‑M2/53‑29 (MQ=255) tGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgc < 1:1836662‑M2/53‑29 (MQ=255) gCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagttgacacgcggcta < 1:1556507‑M2/57‑34 (MQ=255) gCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatag < 1:892483‑M2/43‑20 (MQ=255) cTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactct > 1:798341‑M2/1‑23 (MQ=255) cTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactct > 1:1611716‑M2/1‑23 (MQ=255) cTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagc > 1:2451386‑M2/1‑23 (MQ=255) atattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcataccatac < 1:2053443‑M2/51‑1 (MQ=255) tattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAAc < 1:1231408‑M2/18‑1 (MQ=255) tattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAAc < 1:169765‑M2/18‑1 (MQ=255) tattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTgg < 1:1153108‑M2/28‑1 (MQ=255) tattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTgg < 1:1595839‑M2/28‑1 (MQ=255) tattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTgg < 1:1111689‑M2/28‑1 (MQ=255) tattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTc < 1:1942290‑M2/36‑1 (MQ=255) tattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGCTAACGATGGTCTgg < 1:1790017‑M2/28‑1 (MQ=255) tataGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtgga > 1:1407834‑M2/1‑22 (MQ=255) ttacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACa > 1:2137325‑M2/18‑69 (MQ=255) ttacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACa > 1:655070‑M2/18‑69 (MQ=255) ttacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACa > 1:704573‑M2/18‑69 (MQ=255) tacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACa > 1:1127839‑M2/17‑68 (MQ=255) tacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACa > 1:1844248‑M2/17‑68 (MQ=255) cgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGa < 1:2320288‑M2/56‑1 (MQ=255) cgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGa < 1:2547941‑M2/56‑1 (MQ=255) cgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGa < 1:425445‑M2/56‑1 (MQ=255) cATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcag > 1:1092146‑M2/1‑17 (MQ=255) tgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGa < 1:697842‑M2/56‑1 (MQ=255) aGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagaggt > 1:611030‑M2/1‑13 (MQ=255) aGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggcta > 1:226882‑M2/1‑13 (MQ=255) gtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTgg < 1:258205‑M2/28‑1 (MQ=255) gtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTgg < 1:867971‑M2/28‑1 (MQ=255) tgtTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactct > 1:2655788‑M2/1‑11 (MQ=255) aggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGaa > 1:588495‑M2/8‑37 (MQ=255) ttAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctc < 1:1339604‑M2/57‑49 (MQ=255) ggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATAttgttg < 1:1236026‑M2/64‑1 (MQ=255) atcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGgtg < 1:579763‑M2/67‑1 (MQ=255) atcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGgtg < 1:22937‑M2/67‑1 (MQ=255) tcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAgg > 1:2503439‑M2/4‑35 (MQ=255) aCTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaa < 1:2347119‑M2/46‑44 (MQ=255) cTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTa < 1:2469416/68‑1 (MQ=255) cTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTa < 1:654912/68‑1 (MQ=255) cTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTa < 1:2525304/68‑1 (MQ=255) cTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTa < 1:151389/68‑1 (MQ=255) tGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGata > 1:1130743/1‑56 (MQ=255) tGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGata > 1:2029507/1‑56 (MQ=255) tGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGata > 1:2317721/1‑56 (MQ=255) tGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGata > 1:23506/1‑56 (MQ=255) tGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGat > 1:1840725/1‑55 (MQ=255) tGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGat > 1:2371767/1‑55 (MQ=255) tGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGat > 1:368994/1‑55 (MQ=255) tGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACAATACAAAGat > 1:1133017/1‑55 (MQ=255) | CATCATTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTA > W3110S.gb/576843‑576979 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |