| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 274373 | NA (NA) | 17 (0.890) | 5/102 | NT | 100% | intergenic (‑32/‑176) | insH/mmuP | IS5 transposase and trans‑activator/predicted S‑methylmethionine transporter |
| ? | W3110S.gb | 576000 = | 0 (0.000) | pseudogene (109/1128 nt) | nmpC | DLP12 prophage region; ECK0544:JW5078:b0553; truncated outer membrane porin | |||||
ATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > W3110S.gb/274304‑274373‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATT > W3110S.gb/576000‑576041 ATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:1553653/71‑1ATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT > 1:62642/1‑71ATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:1427273/71‑1ATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:1767057/71‑1ATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:1283419/71‑1ATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT > 1:17633/1‑71ATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:736384/71‑1ATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT > 1:1700138/1‑71ATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT > 1:1372311/1‑71ATGATGAACCCTGTTATATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT > 1:1281791/1‑71 TGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT < 1:1757863/71‑1 TGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT < 1:1691196/71‑1 TGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT < 1:1830338/71‑1 TGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT < 1:184755/71‑1 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCATGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:1695657/1‑71 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCATGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:1693508/1‑71 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:1002200/1‑71 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:175824/1‑71 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:1774772/1‑71 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:1820854/1‑71 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:1527103/1‑71 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:1072886/1‑71 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:931987/1‑71 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:835348/1‑71 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:747103/1‑71 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:685037/1‑71 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG < 1:1493627/71‑1 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTA > 1:63965/1‑70 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTA < 1:897887/70‑1 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTA < 1:6099/70‑1 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTA < 1:604947/70‑1 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTA < 1:964686/70‑1 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTA < 1:1775154/70‑1 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTA < 1:547231/70‑1 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTA > 1:1083711/1‑70 TGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGT < 1:427725/71‑1 GAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:217371/1‑69 GAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:838136/1‑69 agCCTGTTCTATGGCTCGAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACT < 1:1659990/69‑1 ACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:1016060/64‑1 TGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG < 1:786000/63‑1 TTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:1339442/58‑1 TTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:735894/58‑1 CTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:241979/1‑59 CTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:1563715/1‑59 TGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:936469/53‑1 TGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:485485/53‑1 TGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:1230356/53‑1 TGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:1665182/53‑1 ATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:1779559/44‑1 CAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCC < 1:141976/71‑1 CAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCC < 1:936765/71‑1 CAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCC < 1:747270/71‑1 CAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCC < 1:522477/71‑1 AAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCC < 1:928531/70‑1 AACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG < 1:1767185/41‑1 ATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGT > 1:206063/1‑71 ATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGT > 1:642775/1‑71 ATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAG > 1:1472284/1‑49 ATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAG > 1:188858/1‑49 ATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:1317654/35‑1 CTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATT > 1:1388331/1‑71 CTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAAT > 1:1283909/1‑70 TATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAA < 1:1384557/52‑1 TATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAA < 1:628191/52‑1 TATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAA < 1:1215247/52‑1 CGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAAT > 1:713436/1‑38 CGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAAT > 1:23542/1‑38 ATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > W3110S.gb/274304‑274373‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATT > W3110S.gb/576000‑576041 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |