| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 274373 | NA (NA) | 17 (0.890) | 5/102 | NT | 100% | intergenic (‑32/‑176) | insH/mmuP | IS5 transposase and trans‑activator/predicted S‑methylmethionine transporter |
| ? | W3110S.gb | 576000 = | 0 (0.000) | pseudogene (109/1128 nt) | nmpC | DLP12 prophage region; ECK0544:JW5078:b0553; truncated outer membrane porin | |||||
ACTTTCCCGTACAGATCCAGCTTGTTACTGTCTTTATTATAAATTTCAGCTGCCTGAGCAGACATCGCCATTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATT > W3110S.gb/575930‑576041 | atgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct > 1:1700138‑M2/71‑71 (MQ=255)atgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct > 1:62642‑M2/71‑71 (MQ=255)atgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct < 1:1553653‑M2/1‑1 (MQ=255)atgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct < 1:1283419‑M2/1‑1 (MQ=255)atgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct > 1:17633‑M2/71‑71 (MQ=255)atgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct < 1:1767057‑M2/1‑1 (MQ=255)atgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct < 1:1427273‑M2/1‑1 (MQ=255)atgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct > 1:1372311‑M2/71‑71 (MQ=255)atgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct < 1:736384‑M2/1‑1 (MQ=255)atgatgaaccctgttatatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct > 1:1281791‑M2/71‑71 (MQ=255) tgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt < 1:184755‑M2/2‑1 (MQ=255) tgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt < 1:1757863‑M2/2‑1 (MQ=255) tgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt < 1:1691196‑M2/2‑1 (MQ=255) tgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcctt < 1:1830338‑M2/2‑1 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcatggacttgttcgcaccttccTTAg > 1:1693508‑M2/68‑71 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcatggacttgttcgcaccttccTTAg > 1:1695657‑M2/68‑71 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTa < 1:604947‑M2/3‑1 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTa < 1:1775154‑M2/3‑1 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTa > 1:63965‑M2/68‑70 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTa < 1:547231‑M2/3‑1 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTa < 1:897887‑M2/3‑1 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTa < 1:964686‑M2/3‑1 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTa < 1:6099‑M2/3‑1 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTa > 1:1083711‑M2/68‑70 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg > 1:1774772‑M2/68‑71 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg > 1:1820854‑M2/68‑71 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg > 1:175824‑M2/68‑71 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg > 1:1002200‑M2/68‑71 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg > 1:1527103‑M2/68‑71 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg < 1:1493627‑M2/4‑1 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg > 1:685037‑M2/68‑71 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg > 1:747103‑M2/68‑71 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg > 1:835348‑M2/68‑71 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg > 1:931987‑M2/68‑71 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg > 1:1072886‑M2/68‑71 (MQ=255) tgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGt < 1:427725‑M2/5‑1 (MQ=255) gaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg > 1:838136‑M2/66‑69 (MQ=255) gaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg > 1:217371‑M2/66‑69 (MQ=255) agcctgttctatggctcgagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACt < 1:1659990‑M2/8‑1 (MQ=255) accctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct < 1:1016060‑M2/1‑1 (MQ=255) tgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg < 1:786000‑M2/4‑1 (MQ=255) ttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct < 1:1339442‑M2/1‑1 (MQ=255) ttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct < 1:735894‑M2/1‑1 (MQ=255) ctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg > 1:241979‑M2/56‑59 (MQ=255) ctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg > 1:1563715‑M2/56‑59 (MQ=255) tggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct < 1:936469‑M2/1‑1 (MQ=255) tggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct < 1:485485‑M2/1‑1 (MQ=255) tggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct < 1:1230356‑M2/1‑1 (MQ=255) tggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct < 1:1665182‑M2/1‑1 (MQ=255) atgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct < 1:1779559‑M2/1‑1 (MQ=255) caaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGcc < 1:141976‑M2/32‑1 (MQ=255) caaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGcc < 1:936765‑M2/32‑1 (MQ=255) caaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGcc < 1:747270‑M2/32‑1 (MQ=255) caaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGcc < 1:522477‑M2/32‑1 (MQ=255) aaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGcc < 1:928531‑M2/32‑1 (MQ=255) aacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAg < 1:1767185‑M2/4‑1 (MQ=255) atgatctcatatcagggacttgttcgcaccttcct < 1:1317654‑M2/1‑1 (MQ=255) atgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAg > 1:1472284‑M2/35‑49 (MQ=255) atgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAg > 1:188858‑M2/35‑49 (MQ=255) atgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGt > 1:206063‑M2/35‑71 (MQ=255) atgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGt > 1:642775‑M2/35‑71 (MQ=255) ctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAAtt > 1:1388331‑M2/30‑71 (MQ=255) ctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAAt > 1:1283909‑M2/30‑70 (MQ=255) tatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGaaa < 1:1384557‑M2/27‑1 (MQ=255) tatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGaaa < 1:628191‑M2/27‑1 (MQ=255) tatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGaaa < 1:1215247‑M2/27‑1 (MQ=255) cgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAAt > 1:713436‑M2/11‑38 (MQ=255) cgcaccttccTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAAt > 1:23542‑M2/11‑38 (MQ=255) | ACTTTCCCGTACAGATCCAGCTTGTTACTGTCTTTATTATAAATTTCAGCTGCCTGAGCAGACATCGCCATTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATT > W3110S.gb/575930‑576041 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |