| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 2018571 = | 7 (0.180) | 38 (1.050) | 23/94 | NT | 85.3% | coding (567/687 nt) | fliH | flagellar biosynthesis protein |
| ? | W3110S.gb | 2519723 = | NA (NA) | intergenic (+33/‑54) | nupC/insL | nucleoside (except guanosine) transporter/predicted transposase | |||||
GGCGTCGAGATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/2018634‑2018571‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cccATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACG > W3110S.gb/2519723‑2519792 GGCGTCGAGATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCG > 1:3226808/1‑71 AGATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTT < 1:2018680/71‑1 AGATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTT < 1:656063/71‑1 TCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTT > 1:2435367/1‑68 CTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGT > 1:2665553/1‑70 TTCATCGGCGGAGACTTTACAGGCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGT < 1:1503519/69‑1 TTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAG < 1:3060575/66‑1 CATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTG > 1:1416807/1‑71 CATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGT < 1:2463197/70‑1 CATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAAC > 1:3072783/1‑59 CATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAA > 1:735487/1‑58 GGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAT > 1:2921502/1‑71 GGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATA < 1:3156236/46‑1 GCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATT < 1:2003732/71‑1 ACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCT < 1:3645381/71‑1 ACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCT < 1:1762920/71‑1 ACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCA < 1:1595497/37‑1 ACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCA < 1:2282350/37‑1 TTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGG > 1:2453183/1‑52 TTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGG > 1:761735/1‑52 TTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGG > 1:791408/1‑52 TACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATA > 1:232635/1‑71 TACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAT < 1:2643840/60‑1 TACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGG > 1:260637/1‑50 TACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAA > 1:3558327/1‑43 AGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGA < 1:975072/71‑1 AGGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACG < 1:2561353/71‑1 GGATGGAGGGTGGGATCGCCGATAAGCGCTTACTTAAGGGTTGTGGTTTTACGCCTGATATGATTTAACGT < 1:2552374/71‑1 GGATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGT > 1:1492664/1‑71 GATGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAT < 1:2026472/48‑1 TGGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCC > 1:1374264/1‑71 GGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTA > 1:926876/1‑44 GGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTA > 1:2198844/1‑44 GGAGGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTA > 1:2738371/1‑44 GGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATG < 1:3483075/71‑1 GGGTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATG < 1:1708688/71‑1 GTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAA > 1:1076383/1‑71 GTGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAA > 1:91948/1‑71 TGGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAAT < 1:1486278/71‑1 GGGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAAT < 1:1903014/70‑1 GGATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATG < 1:3152435/66‑1 ATCGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATAT < 1:1382840/47‑1 CGCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGA > 1:2684989/1‑47 GCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACT > 1:2026515/1‑68 aCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCA > 1:3651482/2‑71 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGAT > 1:821458/1‑59 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAA < 1:893872/50‑1 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCCGATATGATTTAACGTGCCGAT > 1:1010462/1‑59 CCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTAAGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCA > 1:2273916/1‑71 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCAC > 1:515653/1‑71 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATG < 1:538391/59‑1 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCG < 1:3338798/56‑1 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTA > 1:878750/1‑48 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTA > 1:2258533/1‑48 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGAT > 1:2279645/1‑45 CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACG < 1:2565341/71‑1 CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATG < 1:1442111/58‑1 CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATG < 1:2262835/58‑1 CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGGGGTATTACGCCTGATATGATTTAACG < 1:1389352/50‑1 GGCGTCGAGATCGCCTTCATCGGCGGAGACTTTACAGCCGCCAGGATGGAGGGTGGGATCGCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/2018634‑2018571‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cccATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACG > W3110S.gb/2519723‑2519792 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |