| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 3748799 = | 3 (0.080) | 47 (1.220) | 28/100 | NT | 94.0% | coding (184/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity |
| ? | W3110S.gb | 4056222 = | NA (NA) | intergenic (‑564/+15) | yrhB/insB | hypothetical protein/IS1 transposase InsAB' | |||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
AGGTGTTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAAC > W3110S.gb/3748730‑3748869 | gagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccc < 1:3435766‑M1/1‑1 (MQ=255) gctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCtaa > 1:1028322‑M1/68‑71 (MQ=255) catgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCtaata > 1:882730‑M1/64‑69 (MQ=255) aCCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCtaataa > 1:3181667/1‑69 (MQ=255) aCCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTaataac < 1:2274597/70‑1 (MQ=255) aCCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTaataac < 1:563200/70‑1 (MQ=255) gATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:1995356‑M2/1‑68 (MQ=255) gATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:3186031‑M2/1‑68 (MQ=255) 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(MQ=255) gcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATg > 1:1386880‑M1/47‑68 (MQ=255) tGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtaatgctgccaactt > 1:2510258‑M2/1‑54 (MQ=255) aTGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttac < 1:3218597‑M2/71‑20 (MQ=255) aTGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaactta < 1:704979‑M2/70‑19 (MQ=255) ggTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttact < 1:3485626‑M2/70‑21 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCAtt < 1:1500287‑M1/29‑1 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCAtt < 1:113165‑M1/29‑1 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCAtt < 1:799042‑M1/29‑1 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCAtt < 1:3584639‑M1/29‑1 (MQ=255) tctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaa > 1:216442‑M1/41‑50 (MQ=255) 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aaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAgg < 1:2226020‑M1/39‑1 (MQ=255) aaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAgg < 1:112522‑M1/39‑1 (MQ=255) aaacactatcaataagttggagtcattaccCtaata < 1:2838428‑M1/6‑1 (MQ=255) gAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatga > 1:3253714‑M2/1‑37 (MQ=255) gAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatga > 1:1259798‑M2/1‑37 (MQ=255) gAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatga > 1:1582458‑M2/1‑37 (MQ=255) gCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatg < 1:1165704‑M2/42‑8 (MQ=255) actatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGa < 1:1302851‑M1/45‑1 (MQ=255) actatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGa < 1:2967948‑M1/45‑1 (MQ=255) actatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGa < 1:362127‑M1/45‑1 (MQ=255) ctatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGAt > 1:1961561‑M1/26‑71 (MQ=255) ctatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGAt > 1:3359129‑M1/26‑71 (MQ=255) ccGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:2293072‑M2/1‑34 (MQ=255) ccGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:3351742‑M2/1‑34 (MQ=255) tcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAg < 1:880026‑M1/49‑1 (MQ=255) tcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAg < 1:2081261‑M1/49‑1 (MQ=255) tcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAg < 1:1701839‑M1/49‑1 (MQ=255) aCGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgt < 1:1206089‑M2/71‑41 (MQ=255) aCGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgt > 1:1266381‑M2/1‑31 (MQ=255) aataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGa < 1:2556421‑M1/51‑1 (MQ=255) 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cTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggt > 1:2893222‑M2/1‑9 (MQ=255) | AGGTGTTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAAC > W3110S.gb/3748730‑3748869 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |