| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 3748799 = | 3 (0.080) | 47 (1.220) | 28/100 | NT | 94.0% | coding (184/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity |
| ? | W3110S.gb | 4056222 = | NA (NA) | intergenic (‑564/+15) | yrhB/insB | hypothetical protein/IS1 transposase InsAB' | |||||
CACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGC > W3110S.gb/4056152‑4056285 | cACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCg > 1:87940/1‑71 (MQ=255)cACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCg > 1:3684908/1‑71 (MQ=255) aCTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCgg > 1:3124571/1‑71 (MQ=255) aCTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCgg > 1:1067189/1‑71 (MQ=255) aCTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCgg > 1:3278831/1‑71 (MQ=255) cTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGt < 1:1061586/71‑1 (MQ=255) tAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGt > 1:1793962/1‑70 (MQ=255) aaCGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAAt < 1:2896605/71‑1 (MQ=255) aaCGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAAt < 1:1968905/71‑1 (MQ=255) aaTATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCa < 1:3644555/69‑1 (MQ=255) tatatTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGt < 1:542858/57‑1 (MQ=255) tatatTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGt < 1:3460544/57‑1 (MQ=255) tatatTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACt > 1:2472677/1‑70 (MQ=255) tatTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTATTGTCGGt < 1:172927/55‑1 (MQ=255) tatTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGt < 1:2128841/55‑1 (MQ=255) tatTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGt < 1:1653054/55‑1 (MQ=255) tatTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTAGGTAATGACTCCAACTTAt > 1:3565660/1‑71 (MQ=255) ttttCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTAtt < 1:2508939/70‑1 (MQ=255) ttttCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTAtt < 1:1114280/70‑1 (MQ=255) tttCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTTATGACTCCAACt < 1:686987/65‑1 (MQ=255) tttCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAAt < 1:590898/55‑1 (MQ=255) tCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGAc < 1:1301389/56‑1 (MQ=255) tCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGAc < 1:1892701/56‑1 (MQ=255) tCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGAt < 1:1979/70‑1 (MQ=255) cAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGtttt < 1:2948529/71‑1 (MQ=255) cAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGttt > 1:1756187/1‑70 (MQ=255) aaTATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAAt < 1:1317895/45‑1 (MQ=255) aaTATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAAt < 1:2071082/45‑1 (MQ=255) aaTATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAAt < 1:1925179/45‑1 (MQ=255) aaTATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAAt < 1:3448075/45‑1 (MQ=255) tattatCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGtttt < 1:2771934/68‑1 (MQ=255) attatCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGttt < 1:2666602/66‑1 (MQ=255) attatCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGt > 1:1749057/1‑71 (MQ=255) attatCGCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGt > 1:469027/1‑71 (MQ=255) ttatCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGt < 1:825044/38‑1 (MQ=255) ttatCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTa > 1:895823/1‑67 (MQ=255) ttatCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGt > 1:3623337/1‑70 (MQ=255) tatCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt > 1:1474214/1‑70 (MQ=255) atCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTaa > 1:2975248/1‑38 (MQ=255) tctcTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTTTGTTCa < 1:3029178/70‑1 (MQ=255) tctcTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAt < 1:627769/65‑1 (MQ=255) tctcTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAt < 1:2232322/65‑1 (MQ=255) tctcTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCa < 1:2548290/70‑1 (MQ=255) ctAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAt > 1:1956298/1‑70 (MQ=255) ctAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAt > 1:2940436/1‑70 (MQ=255) ctAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAt > 1:2981264/1‑70 (MQ=255) tAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGa < 1:1948811/68‑1 (MQ=255) tAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAt < 1:434224/69‑1 (MQ=255) tAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAt < 1:2763546/69‑1 (MQ=255) tAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAt < 1:1045065/69‑1 (MQ=255) aaTTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGt < 1:877977/62‑1 (MQ=255) aTTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGt < 1:1700211/61‑1 (MQ=255) aTTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTc > 1:2162808/1‑63 (MQ=255) aTTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTc > 1:2158730/1‑63 (MQ=255) tttCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATg < 1:1571292/59‑1 (MQ=255) ttCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACt < 1:1755590/40‑1 (MQ=255) ttCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACt < 1:136031/40‑1 (MQ=255) ttCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGcc > 1:1613757/1‑71 (MQ=255) tCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGccc > 1:1240871/1‑71 (MQ=255) tCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGccc > 1:2019020/1‑71 (MQ=255) tCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGccc > 1:1498140/1‑71 (MQ=255) aaaaaaGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCg < 1:3638784/70‑1 (MQ=255) aaaaaGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGAt < 1:2175154/71‑1 (MQ=255) aaaaGTTACTTTTAATGTCGGTAATGCCTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAt > 1:1787981/1‑52 (MQ=255) aaaaGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGAt > 1:1673371/1‑42 (MQ=255) aaaGTTTCTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGAt > 1:787580/1‑41 (MQ=255) aaaGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGa > 1:2049392/1‑71 (MQ=255) aaGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTAtt < 1:1501345/37‑1 (MQ=255) aaGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATa > 1:2995477/1‑41 (MQ=255) aaGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGAc < 1:340624/71‑1 (MQ=255) aaGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGAc < 1:1617054/71‑1 (MQ=255) aCTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAGCTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGt > 1:135060/1‑71 (MQ=255) ttAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTa > 1:2642009/1‑40 (MQ=255) ttAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTa > 1:748418/1‑40 (MQ=255) aaTGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGc < 1:2001732/70‑1 (MQ=33) aTGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGt < 1:462022/40‑1 (MQ=33) aTGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGc < 1:1683313/69‑1 (MQ=31) | CACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGC > W3110S.gb/4056152‑4056285 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |