| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 566000 = | NA (NA) | 56 (1.030) | 35/100 | NT | 100% | intergenic (+90/‑56) | ybcD/insE | DLP12 prophage region; ECK0532:JW0527:b4508; predicted replication protein fragment/IS3 element protein InsE |
| ? | W3110S.gb | = 576913 | 0 (0.000) | coding (78/498 nt) | ybcS | predicted lysozyme | |||||
ATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/566066‑566000‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATGA < W3110S.gb/576913‑576845 ATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGT > 1:4202417/1‑70 TGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGA > 1:318435/1‑71 TGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGA < 1:4012816/71‑1 TGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGA > 1:57337/1‑71 GAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATT > 1:3891660/1‑70 GAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATT > 1:1818538/1‑70 ACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACT > 1:812108/1‑71 CTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTG < 1:3418355/70‑1 TCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGAT < 1:4088216/61‑1 CTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGA > 1:662721/1‑69 CTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGA > 1:847674/1‑69 ACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGC < 1:3366859/69‑1 ACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGA > 1:1779250/1‑56 ACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAA > 1:1008699/1‑52 GAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCA < 1:3989356/71‑1 AGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTTCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAA < 1:4443136/71‑1 TTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACA < 1:3589319/54‑1 TTTACTCACTTAGCCGCCTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAG > 1:3273693/1‑45 TCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATT < 1:3686389/45‑1 CACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCG > 1:4896719/1‑71 ACTTAGCCGCGTGTCCTCTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCC < 1:2625625/69‑1 ACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGC > 1:806745/1‑71 ACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGC > 1:2672000/1‑71 ACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGC > 1:4309085/1‑71 ACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAAT > 1:1402911/1‑63 ACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAA > 1:4758529/1‑45 ACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAA > 1:1750668/1‑45 TTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCC < 1:3069253/70‑1 TAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCAC > 1:386419/1‑71 TAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCAC > 1:990474/1‑71 TAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCA > 1:5199312/1‑70 TAGACGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTA > 1:3473665/1‑53 AGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACAC > 1:1364182/1‑44 CGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAAT < 1:2272503/71‑1 CGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAG > 1:823469/1‑71 GTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTA > 1:5141602/1‑46 TCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCT < 1:280216/42‑1 ACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGC < 1:88190/71‑1 ACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGC < 1:71030/71‑1 ACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAG > 1:1506182/1‑70 ACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAG > 1:2048259/1‑70 ACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATT < 1:4679242/48‑1 ACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGC < 1:4492028/44‑1 CTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGC > 1:2992609/1‑70 CTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATT < 1:5194655/47‑1 TATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAA > 1:2278829/1‑71 TATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGC < 1:1061158/42‑1 TATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGC < 1:3346496/42‑1 ATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAA > 1:2574843/1‑70 TTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAA > 1:22959/1‑42 TTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAA > 1:1425899/1‑42 TGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACG < 1:858259/70‑1 GCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGC > 1:2388820/1‑71 GCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCC > 1:5144712/1‑47 TGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGC < 1:1565386/36‑1 GGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTT < 1:369387/70‑1 GTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTC < 1:3083515/71‑1 AAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCaa > 1:2948079/1‑69 AAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCaa > 1:11751/1‑69 AGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGT < 1:3992102/70‑1 AGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGT > 1:3104838/1‑70 AGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGC > 1:2696131/1‑51 AGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGC > 1:5045409/1‑51 ATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAAT > 1:2672139/1‑71 ATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGC < 1:2218163/55‑1 ATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACC < 1:866845/43‑1 TCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATG < 1:1548394/71‑1 TCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAAT < 1:4359122/70‑1 CAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATGA > 1:4199518/1‑71 AAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACG < 1:402001/56‑1 ATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/566066‑566000‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCGTAATGA < W3110S.gb/576913‑576845 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |