| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 566000 = | NA (NA) | 56 (1.030) | 35/100 | NT | 100% | intergenic (+90/‑56) | ybcD/insE | DLP12 prophage region; ECK0532:JW0527:b4508; predicted replication protein fragment/IS3 element protein InsE |
| ? | W3110S.gb | = 576913 | 0 (0.000) | coding (78/498 nt) | ybcS | predicted lysozyme | |||||
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
CATCATTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTATGG > W3110S.gb/576843‑576982 | cagtccggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTg > 1:2035865‑M2/68‑71 (MQ=255) tcatTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtg > 1:4199518‑M2/1‑69 (MQ=255) agtccggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTgg > 1:1938664‑M2/67‑71 (MQ=255) agtccggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTgg > 1:2519312‑M2/67‑71 (MQ=255) agtccggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTg < 1:2927705‑M2/4‑1 (MQ=255) catTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtga < 1:1548394‑M2/71‑4 (MQ=255) atTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgat > 1:2672139‑M2/1‑67 (MQ=255) ttgaaAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatctt > 1:11751‑M2/3‑64 (MQ=255) aCGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatct < 1:3992102‑M2/70‑7 (MQ=255) aCGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatct > 1:3104838‑M2/1‑64 (MQ=255) aatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGt < 1:2395861‑M2/15‑1 (MQ=255) atttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGt > 1:1810595‑M2/56‑70 (MQ=255) gCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagc > 1:2388820‑M2/1‑57 (MQ=255) ttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAAc > 1:273517‑M2/54‑71 (MQ=255) ttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAAc > 1:3304055‑M2/54‑71 (MQ=255) tgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAAc < 1:3686789‑M2/18‑1 (MQ=255) tgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAAc < 1:732180‑M2/18‑1 (MQ=255) cGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagca < 1:858259‑M2/70‑16 (MQ=255) cGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTt < 1:402001‑M2/56‑2 (MQ=255) gaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGc > 1:2213809‑M2/52‑57 (MQ=255) ttGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaata > 1:2278829‑M2/1‑53 (MQ=255) ttGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaat > 1:2574843‑M2/1‑53 (MQ=255) gctgctgctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagt < 1:88190‑M2/71‑21 (MQ=255) gctgctgctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgat < 1:2218163‑M2/55‑5 (MQ=255) aacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATgg > 1:2966394‑M2/49‑71 (MQ=255) ctgctgctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagt > 1:1506182‑M2/1‑50 (MQ=255) gctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatct > 1:5045409‑M2/1‑45 (MQ=255) gctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatct > 1:2696131‑M2/1‑45 (MQ=255) ctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacg > 1:823469‑M2/1‑44 (MQ=255) acctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGaa < 1:1855718‑M2/30‑1 (MQ=255) ctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGt < 1:3828315‑M2/15‑1 (MQ=255) ctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGt < 1:2550453‑M2/15‑1 (MQ=255) aTTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACt > 1:1657593/1‑42 (MQ=255) cgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTgg > 1:3316364‑M2/38‑42 (MQ=255) cgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAAAGATGGTCTGGAAGgtg > 1:4015450‑M2/38‑71 (MQ=255) gcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggttcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGa < 1:3490078‑M2/29‑1 (MQ=255) gcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGgtgt < 1:2364597‑M2/35‑1 (MQ=255) cttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTc < 1:497926‑M2/36‑1 (MQ=255) tggCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggcta > 1:5199312‑M2/1‑37 (MQ=255) ggCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaa < 1:3069253‑M2/70‑35 (MQ=255) gCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagt > 1:4309085‑M2/1‑35 (MQ=255) gCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagt > 1:806745‑M2/1‑35 (MQ=255) cGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtg > 1:4896719‑M2/1‑34 (MQ=255) ggAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagaggacacgcggctaagt < 1:2625625‑M2/69‑37 (MQ=255) cctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTaa > 1:2273334‑M2/30‑46 (MQ=255) ctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAca > 1:2568730‑M2/29‑71 (MQ=255) ctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAc > 1:735301‑M2/29‑70 (MQ=255) gtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTgg < 1:4257042‑M2/28‑1 (MQ=255) aaTTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagt < 1:4679242‑M2/48‑21 (MQ=255) aaTTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatag < 1:5194655‑M2/47‑20 (MQ=255) gtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCt > 1:2512438‑M2/25‑50 (MQ=255) aTTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagt > 1:1402911‑M2/1‑27 (MQ=255) ttGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaa > 1:22959‑M2/1‑26 (MQ=255) tccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCt < 1:1597096‑M2/40‑1 (MQ=255) ccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcatacca > 1:328455‑M2/23‑70 (MQ=255) gCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagt < 1:4492028‑M2/44‑21 (MQ=255) gCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaata < 1:3346496‑M2/42‑19 (MQ=255) gCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaata < 1:1061158‑M2/42‑19 (MQ=255) gCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttaccca < 1:1565386‑M2/36‑13 (MQ=255) catattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGaa > 1:3895682‑M2/22‑51 (MQ=255) catattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcataccat < 1:3036038‑M2/49‑1 (MQ=255) atattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcataccata > 1:328961‑M2/21‑70 (MQ=255) atattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcataccata > 1:2402773‑M2/21‑70 (MQ=255) tattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAAc < 1:3605842‑M2/18‑1 (MQ=255) tattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCa < 1:2822666‑M2/37‑1 (MQ=255) tattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcataccata > 1:2409775‑M2/20‑69 (MQ=255) attacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCt > 1:1518849‑M2/19‑58 (MQ=255) attacgtgggtaggatcaACTGGCACAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACa > 1:982355‑M2/19‑70 (MQ=255) ttacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGa > 1:888406‑M2/18‑37 (MQ=255) ttacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGa > 1:457642‑M2/18‑37 (MQ=255) ttacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGa > 1:1104314‑M2/18‑37 (MQ=255) ttacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGgt > 1:4425878‑M2/18‑50 (MQ=255) ttacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACa > 1:1028884‑M2/18‑69 (MQ=255) taGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcgtcta > 1:3473665‑M2/1‑20 (MQ=255) taGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacac > 1:5141602‑M2/1‑20 (MQ=255) aGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtgga < 1:280216‑M2/42‑24 (MQ=255) acgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACa > 1:4059212‑M2/16‑67 (MQ=255) tCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcag > 1:662721‑M2/1‑15 (MQ=255) gggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGatat < 1:2985135‑M2/59‑1 (MQ=255) cAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagag < 1:3418355‑M2/70‑57 (MQ=255) gtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATAttgt < 1:13058‑M2/62‑1 (MQ=255) ggaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTa < 1:5038873‑M2/41‑1 (MQ=255) tgtTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaa < 1:3589319‑M2/54‑44 (MQ=255) ttAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagt > 1:4758529‑M2/1‑9 (MQ=255) ggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTgg > 1:844937‑M2/7‑71 (MQ=255) atcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGgtg < 1:4866204‑M2/67‑1 (MQ=255) atcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGgtg < 1:2839502‑M2/67‑1 (MQ=255) aaTCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagaggtgactc > 1:3891660‑M2/1‑7 (MQ=255) aaTCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtga < 1:3686389‑M2/45‑39 (MQ=255) tcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcatacca > 1:2695282‑M2/4‑51 (MQ=255) tcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGgtg > 1:4775210‑M2/4‑70 (MQ=255) tcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGgtg > 1:3015257‑M2/4‑70 (MQ=255) tcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGgtg < 1:4166191‑M2/67‑1 (MQ=255) tCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagt > 1:1779250‑M2/1‑5 (MQ=255) caACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTa > 1:2760171‑M2/3‑71 (MQ=255) aCTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTa < 1:2083318/41‑1 (MQ=255) aCTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAca > 1:417622/1‑43 (MQ=255) cTtgatcttacccagcaatagtggacaggcggctaagtgagtaaa > 1:3273693‑M2/1‑2 (MQ=255) cTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTATgg < 1:1355675/71‑1 (MQ=255) ttgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagt > 1:1008699‑M2/1‑1 (MQ=255) | CATCATTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTATGG > W3110S.gb/576843‑576982 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |