| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 713954 | 74 (1.370) | 89 (1.640) | 47/100 | NT | 55.1% | coding (546/546 nt) | seqA | regulatory protein for replication initiation |
| ? | W3110S.gb | 2809398 = | 71 (1.310) | intergenic (+63/‑28) | ygaH/mprA | predicted inner membrane protein/DNA‑binding transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
TTATATAACCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTC > W3110S.gb/2809328‑2809468 | ttATATAACCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATc > 1:235811/1‑71 (MQ=255) atcgaacacatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaac < 1:3970914‑M2/1‑1 (MQ=255) tcgaacacatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCg < 1:4913487‑M2/2‑1 (MQ=255) aCCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGa < 1:2776969/70‑1 (MQ=255) aCCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGa > 1:511593/1‑70 (MQ=255) aCCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGa < 1:1688055/70‑1 (MQ=255) aCCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGa < 1:351665/70‑1 (MQ=255) cccACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGaaa > 1:370991/1‑71 (MQ=255) cacaAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAAtt < 1:1388496/71‑1 (MQ=255) atcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAAtt < 1:2339941‑M2/11‑1 (MQ=255) tcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAAtt < 1:2067321‑M2/11‑1 (MQ=255) tcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAAtt > 1:851410‑M2/60‑70 (MQ=255) atgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGc > 1:3035936‑M2/58‑61 (MQ=255) atgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAAt > 1:4263640‑M2/58‑71 (MQ=255) aaGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTaa > 1:2581965/1‑70 (MQ=255) aaGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAAt < 1:2933781/71‑1 (MQ=255) aaGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAAt < 1:4957458/71‑1 (MQ=255) aaGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAAt > 1:3327678/1‑71 (MQ=255) tgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGa < 1:1719729‑M2/7‑1 (MQ=255) tcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAAt > 1:2165190‑M2/56‑69 (MQ=255) aaTCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAAt > 1:922928/1‑68 (MQ=255) tcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAAt < 1:3185608‑M2/14‑1 (MQ=255) cATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAgga > 1:2621506/1‑69 (MQ=255) cgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCa > 1:3205012‑M2/51‑71 (MQ=255) aTTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCa > 1:662400/1‑71 (MQ=255) gatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCa < 1:2210331‑M2/21‑1 (MQ=255) tttCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTa > 1:3095616/1‑59 (MQ=255) tttCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTa > 1:1526914/1‑59 (MQ=255) tttCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATAc > 1:2255163/1‑71 (MQ=255) tgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATAc > 1:2540763‑M2/48‑71 (MQ=255) caattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATAcc > 1:4569847‑M2/46‑70 (MQ=255) aaaCAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCaa < 1:2649068/69‑1 (MQ=255) aaaCAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAAt < 1:1707601/71‑1 (MQ=255) aaCAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATg < 1:4798990/71‑1 (MQ=255) ccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATg < 1:4277601‑M2/31‑1 (MQ=255) aCAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATgg < 1:342105/71‑1 (MQ=255) cggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATAACCAAATGGa < 1:3998376‑M2/33‑1 (MQ=255) cAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCgg > 1:2532919/1‑41 (MQ=255) cAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCgg > 1:4849761/1‑41 (MQ=255) aTACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTaa > 1:3603926/1‑49 (MQ=255) cggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAAt > 1:5200128‑M2/36‑65 (MQ=255) gaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATa < 1:3243634‑M2/35‑1 (MQ=255) cATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAAt > 1:1050083/1‑47 (MQ=255) attgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGAt > 1:4447496‑M2/32‑65 (MQ=255) attgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGt > 1:1765896‑M2/32‑68 (MQ=255) ttgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTa < 1:3720110‑M2/12‑1 (MQ=255) ttgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTa < 1:4707087‑M2/12‑1 (MQ=255) ttgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCaaa > 1:5132114‑M2/31‑59 (MQ=255) ttgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGt < 1:512639‑M2/41‑1 (MQ=255) ttgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGt > 1:4295826‑M2/31‑71 (MQ=255) ttgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCAGAAATTAATGAGGTCATACCAAAATGGATAGTTCGt < 1:2418740‑M2/41‑1 (MQ=255) tACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTg > 1:1224605/1‑35 (MQ=255) tACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTg > 1:108222/1‑35 (MQ=255) tACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt > 1:5102944/1‑71 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:4742879‑M2/42‑1 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:619950‑M2/42‑1 (MQ=255) cTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCaa < 1:1040200/55‑1 (MQ=255) tttATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTc < 1:2035659/46‑1 (MQ=255) gagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGc > 1:5012904‑M2/25‑71 (MQ=255) gagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGc > 1:2202252‑M2/25‑71 (MQ=255) aTTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATg < 1:2811370/54‑1 (MQ=255) tttGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATg < 1:2917214/53‑1 (MQ=255) tttGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTAc < 1:36338/67‑1 (MQ=255) gTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCAtt > 1:1514786/1‑71 (MQ=255) tCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTg < 1:871865/71‑1 (MQ=255) tttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGt < 1:1132727‑M2/19‑1 (MQ=255) tttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTg < 1:1092517‑M2/53‑1 (MQ=255) ttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCa > 1:1798953‑M2/17‑66 (MQ=255) ttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCAtt > 1:1364167‑M2/17‑68 (MQ=255) cTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:4869136/57‑1 (MQ=255) gTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTa > 1:4136896/1‑57 (MQ=255) gTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCAAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCa > 1:4112748/1‑63 (MQ=255) cggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTa > 1:4220234‑M2/14‑57 (MQ=255) cggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTa > 1:4051583‑M2/14‑57 (MQ=255) tCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCa < 1:1006826/39‑1 (MQ=255) tCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCa < 1:3874573/39‑1 (MQ=255) ggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACaaa > 1:2413969‑M2/13‑71 (MQ=255) aactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTa > 1:4631742‑M2/11‑54 (MQ=255) aactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCa < 1:1396923‑M2/50‑1 (MQ=255) aactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACa < 1:2383860‑M2/57‑1 (MQ=255) tACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGc > 1:3684845/1‑70 (MQ=255) ctatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCt < 1:2091554‑M2/63‑1 (MQ=255) tatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACa < 1:1872461‑M2/57‑1 (MQ=255) atctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTa > 1:3475058‑M2/7‑50 (MQ=255) atctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCt > 1:1633122‑M2/7‑69 (MQ=255) atctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTa > 1:598323‑M2/7‑70 (MQ=255) tctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTaa < 1:138717‑M2/65‑1 (MQ=255) ctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTaaa < 1:1594379‑M2/66‑1 (MQ=255) atatCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTaaaa > 1:450951/1‑71 (MQ=255) tatCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGcc < 1:4421553/51‑1 (MQ=255) tatCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGcc < 1:2709204/51‑1 (MQ=255) tatCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTaaaa > 1:1584669/1‑70 (MQ=255) tatCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTaaa < 1:355409/69‑1 (MQ=255) taaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAt > 1:3677944‑M2/4‑71 (MQ=255) aCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAAc > 1:3930332‑M2/2‑57 (MQ=255) aCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAttt > 1:4476517‑M2/2‑71 (MQ=255) aCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAtt < 1:4201021‑M2/69‑1 (MQ=255) cGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTc > 1:749828/1‑71 (MQ=255) cGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTc > 1:78041/1‑71 (MQ=255) cGGCTGAAATTAAAGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTc > 1:755027/1‑71 (MQ=255) | TTATATAACCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTC > W3110S.gb/2809328‑2809468 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |