| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 2018571 = | 6 (0.100) | 70 (1.280) | 19/94 | NT | 92.6% | coding (567/687 nt) | fliH | flagellar biosynthesis protein |
| ? | W3110S.gb | 2519723 = | NA (NA) | intergenic (+33/‑54) | nupC/insL | nucleoside (except guanosine) transporter/predicted transposase | |||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
ACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCG > W3110S.gb/2018501‑2018641 | aCCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCgg < 1:4748393/71‑1 (MQ=255) tcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccaacccttaagttagcgcttatgg > 1:5287838‑M1/70‑71 (MQ=255) gtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg > 1:3344454‑M1/70‑71 (MQ=255) gtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg < 1:3958868‑M1/2‑1 (MQ=255) gtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg > 1:4240155‑M1/70‑71 (MQ=255) gtgagagtaattcatcggcacgtgaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg > 1:2358743‑M1/70‑71 (MQ=255) tgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg > 1:1013624‑M1/69‑71 (MQ=255) tgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg > 1:1941521‑M1/69‑71 (MQ=255) tgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg > 1:750981‑M1/69‑71 (MQ=255) tgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg > 1:4923‑M1/69‑71 (MQ=255) tgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg > 1:1758660‑M1/69‑71 (MQ=255) tgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg > 1:171206‑M1/69‑71 (MQ=255) ccGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCgggg > 1:4550570/1‑71 (MQ=255) gagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg > 1:4940433‑M1/68‑70 (MQ=255) ggATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGc > 1:2153523/1‑70 (MQ=255) ggATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCg < 1:5310234/71‑1 (MQ=255) ggATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCg < 1:4673250/71‑1 (MQ=255) tgatCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATc > 1:2535658/1‑71 (MQ=255) tgatCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATc > 1:2768222/1‑71 (MQ=255) atCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATcc < 1:330904/70‑1 (MQ=255) aattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg > 1:5266895‑M1/62‑64 (MQ=255) tGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATccc < 1:4929135/68‑1 (MQ=255) aaCGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCata < 1:314322‑M1/71‑4 (MQ=255) ggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTcc > 1:3998166‑M1/54‑70 (MQ=255) ggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCa < 1:1097470‑M1/18‑1 (MQ=255) ggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCa < 1:4693649‑M1/18‑1 (MQ=255) ggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCa < 1:5585879‑M1/18‑1 (MQ=255) tgtgGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGa < 1:237336/57‑1 (MQ=255) ttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTgg < 1:5464977‑M1/24‑1 (MQ=255) taaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTggc < 1:2273537‑M1/25‑1 (MQ=255) taaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTggc < 1:3639909‑M1/25‑1 (MQ=255) taaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTggc < 1:4761521‑M1/25‑1 (MQ=255) taaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTggc < 1:861977‑M1/25‑1 (MQ=255) taaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTggc < 1:2700138‑M1/25‑1 (MQ=255) aaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTggcg < 1:871254‑M1/26‑1 (MQ=255) atatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTg < 1:1442839‑M1/30‑1 (MQ=255) atatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTg < 1:3511503‑M1/30‑1 (MQ=255) atatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTg < 1:456309‑M1/30‑1 (MQ=255) atatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTg < 1:148101‑M1/30‑1 (MQ=255) atatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTg < 1:4999472‑M1/30‑1 (MQ=255) cTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATcc < 1:1306188/47‑1 (MQ=255) tcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTc > 1:1485484‑M1/38‑53 (MQ=255) tcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTc > 1:2496798‑M1/38‑53 (MQ=255) tcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTaaa > 1:2136080‑M1/38‑71 (MQ=255) tcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTaaa > 1:2923108‑M1/38‑71 (MQ=255) tcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTaaa > 1:1603381‑M1/38‑71 (MQ=255) caggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTaaa > 1:775285‑M1/37‑70 (MQ=255) ggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGtc > 1:4432160‑M1/35‑71 (MQ=255) ggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGtc > 1:4019166‑M1/35‑71 (MQ=255) ggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGtc > 1:5240773‑M1/35‑71 (MQ=255) ggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGtc > 1:3488040‑M1/35‑71 (MQ=255) gcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGtc > 1:5450224‑M1/34‑70 (MQ=255) gcgtaataccacaaaccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGtct > 1:520080‑M1/34‑71 (MQ=255) gcTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaacc < 1:4364415‑M1/71‑27 (MQ=255) gcTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaacc < 1:4180682‑M1/71‑27 (MQ=255) cgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTc > 1:56031‑M1/33‑48 (MQ=255) taataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCa > 1:4574359‑M1/31‑48 (MQ=255) taataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCa > 1:1460579‑M1/31‑48 (MQ=255) taataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCa > 1:3705439‑M1/31‑48 (MQ=255) taataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCa > 1:1826413‑M1/31‑48 (MQ=255) taataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCa > 1:4498212‑M1/31‑48 (MQ=255) taataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCa > 1:1182605‑M1/31‑48 (MQ=255) aataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTa > 1:2863471‑M1/30‑61 (MQ=255) ccTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatct > 1:3863430‑M1/1‑41 (MQ=255) ccTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatct > 1:129542‑M1/1‑41 (MQ=255) ttAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttg < 1:244540‑M1/61‑23 (MQ=255) accacaacccttaagttagcgcttatGGGTGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTaaa < 1:2305558‑M1/34‑1 (MQ=255) accacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTaaa < 1:4362361‑M1/34‑1 (MQ=255) accacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTaaa < 1:1773115‑M1/34‑1 (MQ=255) accacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTaaa < 1:3244789‑M1/34‑1 (MQ=255) accacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTaaa < 1:3245986‑M1/34‑1 (MQ=255) accacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGa < 1:5101806‑M1/45‑1 (MQ=255) accacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGa < 1:188009‑M1/45‑1 (MQ=255) tAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctg > 1:2812257‑M1/1‑38 (MQ=255) aaGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttg > 1:583199‑M1/1‑37 (MQ=255) aaGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttg > 1:5019284‑M1/1‑37 (MQ=255) aaGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttg > 1:2606800‑M1/1‑37 (MQ=255) aaGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttg > 1:218128‑M1/1‑37 (MQ=255) acaccccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTctccgcag < 1:228695‑M1/44‑3 (MQ=255) aGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaaga < 1:3457910‑M1/71‑36 (MQ=255) tttGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaactt < 1:4691950‑M1/48‑15 (MQ=255) tttGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaactt < 1:5470605‑M1/48‑15 (MQ=255) gCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgc < 1:2807654‑M1/70‑40 (MQ=255) gCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgc < 1:4255243‑M1/70‑40 (MQ=255) taagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTggcg < 1:3495830‑M1/26‑1 (MQ=255) taagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGAtc < 1:2936423‑M1/56‑1 (MQ=255) taagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGAtc < 1:4320334‑M1/56‑1 (MQ=255) taagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGAtc < 1:5371343‑M1/56‑1 (MQ=255) agttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGAtctc > 1:305144‑M1/14‑71 (MQ=255) tagcgcttatGGGCGCTCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTaaa < 1:4178134‑M1/34‑1 (MQ=255) tagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGa < 1:1396569‑M1/60‑1 (MQ=255) gcgcTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcgg > 1:1808648‑M1/1‑22 (MQ=255) gcgcTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcgg > 1:1636691‑M1/1‑22 (MQ=255) gcgcTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcgg > 1:3404524‑M1/1‑22 (MQ=255) tatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGtct < 1:103346‑M1/38‑1 (MQ=255) tatGGGCGATCCAACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGaa < 1:4029250‑M1/49‑1 (MQ=255) atGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGc < 1:3033724‑M1/52‑1 (MQ=255) atGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGc < 1:5152756‑M1/52‑1 (MQ=255) atGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGc < 1:118042‑M1/52‑1 (MQ=255) gggCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgtt < 1:2661209‑M1/71‑59 (MQ=255) | ACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCG > W3110S.gb/2018501‑2018641 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |