| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 2018571 = | 6 (0.100) | 70 (1.280) | 19/94 | NT | 92.6% | coding (567/687 nt) | fliH | flagellar biosynthesis protein |
| ? | W3110S.gb | 2519723 = | NA (NA) | intergenic (+33/‑54) | nupC/insL | nucleoside (except guanosine) transporter/predicted transposase | |||||
TGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACT > W3110S.gb/2519663‑2519786 | tGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTaa > 1:4182811/1‑71 (MQ=255)tGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTaa > 1:3911345/1‑71 (MQ=255)tGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTaa > 1:3266296/1‑71 (MQ=255)tGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTaa > 1:2656899/1‑71 (MQ=255) cGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTa < 1:975819/68‑1 (MQ=255) cAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATGAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACtt > 1:4310936/1‑69 (MQ=255) cAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACtt > 1:1097030/1‑69 (MQ=255) cAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACtt > 1:1528405/1‑69 (MQ=255) cAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACtt > 1:2957882/1‑69 (MQ=255) cAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACtt > 1:2246471/1‑69 (MQ=255) aaTCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAg < 1:4021523/71‑1 (MQ=255) cagcaCTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGtt < 1:1245155/70‑1 (MQ=255) cagcaCTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTtg < 1:5143817/71‑1 (MQ=255) caCTTGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTgg < 1:5016359/71‑1 (MQ=255) caCTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTgg < 1:1297153/71‑1 (MQ=255) caCTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTgg < 1:456512/71‑1 (MQ=255) caCTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTgg < 1:4265877/71‑1 (MQ=255) caCTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTgg < 1:3172897/71‑1 (MQ=255) ggTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAt > 1:199383/1‑70 (MQ=255) ggTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAt > 1:4733065/1‑70 (MQ=255) ttGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAt < 1:2785404/68‑1 (MQ=255) gTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAt < 1:2651437/69‑1 (MQ=255) gTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACATAAGGGTTGTGGTAt < 1:3056765/69‑1 (MQ=255) gTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCAt < 1:657765/38‑1 (MQ=255) tAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt < 1:646292/70‑1 (MQ=255) tAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt < 1:5398225/70‑1 (MQ=255) tAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt < 1:2737286/70‑1 (MQ=255) aGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTa > 1:3059047/1‑60 (MQ=255) aGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGa < 1:1800805/70‑1 (MQ=255) atacataAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGa > 1:2216216/1‑70 (MQ=255) tacataAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTgg < 1:3796591/52‑1 (MQ=255) cataAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTgg < 1:1302401/50‑1 (MQ=255) cataAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTgg < 1:2160569/50‑1 (MQ=255) cataAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTgg < 1:2599033/50‑1 (MQ=255) taAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTgg < 1:4327293/48‑1 (MQ=255) aaaaaaGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTaa > 1:214012/1‑38 (MQ=255) aaaaGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTgg < 1:85503/45‑1 (MQ=255) aaGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGcc < 1:493009/71‑1 (MQ=255) aGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTtgt > 1:4531175/1‑40 (MQ=255) aGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTtgt > 1:4713836/1‑40 (MQ=255) aGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTtgt > 1:1747184/1‑40 (MQ=255) aGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTtgt > 1:3569501/1‑40 (MQ=255) cGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATg < 1:4517787/71‑1 (MQ=39) cGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATg < 1:1584302/71‑1 (MQ=39) cGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATg < 1:96381/71‑1 (MQ=39) aaTTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTAct > 1:624538/1‑71 (MQ=34) | TGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACT > W3110S.gb/2519663‑2519786 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |