| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 315707 | NA (NA) | 21 (0.920) | 14/98 | NT | 100% | coding (654/687 nt) | ykgA | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| ? | W3110S.gb | 576911 = | 0 (0.000) | coding (76/498 nt) | ybcS | predicted lysozyme | |||||
TCATTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTATG > W3110S.gb/576845‑576981 | tcatTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtg > 1:1169557‑M2/1‑69 (MQ=255)agtccggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACt < 1:189718‑M2/3‑1 (MQ=255) atTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgat < 1:791027‑M2/71‑5 (MQ=255) atTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtga > 1:2158740‑M2/1‑67 (MQ=255) atTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtga > 1:1268871‑M2/1‑67 (MQ=255) cggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGccc < 1:1569040‑M2/8‑1 (MQ=255) cggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCa < 1:743556‑M2/9‑1 (MQ=255) cGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatctt > 1:1563686‑M2/1‑63 (MQ=255) tttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaa > 1:1113216‑M2/55‑55 (MQ=255) gCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacc > 1:516813‑M2/1‑57 (MQ=255) gaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaa > 1:679944‑M2/52‑52 (MQ=255) ttGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaata > 1:2099402‑M2/1‑53 (MQ=255) gctgctgctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcattagt < 1:2086330‑M2/71‑21 (MQ=255) ctgctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtgga > 1:801100‑M2/1‑47 (MQ=255) ctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacac < 1:1362705‑M2/70‑27 (MQ=255) ctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacac < 1:1365332‑M2/70‑27 (MQ=255) ctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATAAGTGTTAATCACTtgatc < 1:309849‑M2/49‑6 (MQ=255) tcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGgt > 1:1018570‑M2/39‑71 (MQ=255) tcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGgt > 1:1336589‑M2/39‑71 (MQ=255) tggtggCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggc < 1:381523‑M2/71‑32 (MQ=255) ggtggCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggc < 1:1353475‑M2/70‑32 (MQ=255) ggtggCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggc < 1:1264092‑M2/70‑32 (MQ=255) ggtggCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggc < 1:1562025‑M2/70‑32 (MQ=255) ggtggCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagt < 1:1553018‑M2/59‑21 (MQ=255) gCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagt > 1:1701517‑M2/1‑35 (MQ=255) gCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatag > 1:1412363‑M2/1‑35 (MQ=255) aggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGc > 1:789562‑M2/33‑71 (MQ=255) aggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGc > 1:70621‑M2/33‑71 (MQ=255) gcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTa < 1:844840‑M2/41‑1 (MQ=255) gcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTa > 1:633509‑M2/31‑71 (MQ=255) gcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTa < 1:525664‑M2/41‑1 (MQ=255) aGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatct > 1:1466217‑M2/1‑31 (MQ=255) tgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcatac > 1:139174‑M2/26‑71 (MQ=255) ttGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagta > 1:1127958‑M2/1‑26 (MQ=255) ttGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagta > 1:205732‑M2/1‑26 (MQ=255) gCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagaaatagtggacacgcggctaagtgagtaaact < 1:1075621‑M2/69‑46 (MQ=255) cTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactct > 1:1525754‑M2/1‑23 (MQ=255) tattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAAc < 1:1481738‑M2/18‑1 (MQ=255) tattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACg < 1:1863286‑M2/19‑1 (MQ=255) tattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAca > 1:1347876‑M2/20‑62 (MQ=255) tattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAca > 1:201156‑M2/20‑62 (MQ=255) tataGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggataagtgagtaaactct < 1:232545‑M2/69‑48 (MQ=255) attacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACa > 1:1393140‑M2/19‑70 (MQ=255) ataGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatag < 1:1706532‑M2/40‑20 (MQ=255) ttacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGt > 1:228600‑M2/18‑41 (MQ=255) ttacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACa > 1:99768‑M2/18‑69 (MQ=255) ttacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACa > 1:1188205‑M2/18‑69 (MQ=255) ttacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACa > 1:1347827‑M2/18‑69 (MQ=255) taGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaat > 1:1823795‑M2/1‑20 (MQ=255) acgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGgt > 1:1905151‑M2/16‑48 (MQ=255) tCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagt > 1:1541947‑M2/1‑15 (MQ=255) cAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaa < 1:631723‑M2/48‑35 (MQ=255) aGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtca > 1:973855‑M2/1‑13 (MQ=255) tgtTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagt > 1:105637‑M2/1‑11 (MQ=255) taggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATAttgtt < 1:474419‑M2/63‑1 (MQ=255) gtTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagaggtgac < 1:1913662‑M2/71‑62 (MQ=255) ttAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactct > 1:1220372‑M2/1‑9 (MQ=255) ttAATAACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactct > 1:1356513‑M2/1‑9 (MQ=255) gatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGc < 1:1317777‑M2/39‑1 (MQ=255) gatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGc < 1:1796918‑M2/39‑1 (MQ=255) tcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAgg > 1:1213478‑M2/4‑35 (MQ=255) tcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGgtg > 1:783231‑M2/4‑70 (MQ=255) caACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGc < 1:1069249‑M2/39‑1 (MQ=255) caACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTa > 1:1536965‑M2/3‑71 (MQ=255) caACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTa > 1:854023‑M2/3‑71 (MQ=255) aCTGGCCCACGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGc < 1:2033374/39‑1 (MQ=255) aCTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACGAAGATATTGTTGGTGTATg < 1:1167860/71‑1 (MQ=255) | TCATTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTATG > W3110S.gb/576845‑576981 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |