Missing coverage evidence...
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CACGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCATTT  >  minE/1839712‑1839749                                      | cACGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCAttt  <  1:712551/38‑1 (MQ=255) cACGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCAttt  <  1:344768/38‑1 (MQ=255) cACGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCAttt  <  1:418614/38‑1 (MQ=255) cACGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCAttt  <  1:480956/38‑1 (MQ=255) cACGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCAttt  <  1:541560/38‑1 (MQ=255) cACGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCAttt  <  1:608430/38‑1 (MQ=255) cACGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCAttt  <  1:623825/38‑1 (MQ=255) cACGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCAttt  <  1:624377/38‑1 (MQ=255) cACGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCAttt  <  1:639100/38‑1 (MQ=255) cACGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCAttt  <  1:344458/38‑1 (MQ=255) cACGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCAttt  <  1:716886/38‑1 (MQ=255) cACGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCAttt  <  1:792519/38‑1 (MQ=255) cACGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCAttt  <  1:850037/38‑1 (MQ=255) cACGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCAttt  <  1:877761/38‑1 (MQ=255) cACGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCAttt  <  1:886172/38‑1 (MQ=255) cACGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCAttt  <  1:927551/38‑1 (MQ=255) cACGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCAttt  <  1:95945/38‑1 (MQ=255) cACGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCAttt  <  1:156661/38‑1 (MQ=255) cACGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCAttt  <  1:1089602/38‑1 (MQ=255) cACGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCAttt  <  1:1105286/38‑1 (MQ=255) cACGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCAttt  <  1:115849/38‑1 (MQ=255) cACGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCAttt  <  1:1189679/38‑1 (MQ=255) cACGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCAttt  <  1:1229318/38‑1 (MQ=255) cACGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCAttt  <  1:1421579/38‑1 (MQ=255) cACGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCAttt  <  1:1548688/38‑1 (MQ=255) cACGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCAttt  <  1:1013133/38‑1 (MQ=255) cACGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCAttt  <  1:1644377/38‑1 (MQ=255) cACGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCAttt  <  1:1712010/38‑1 (MQ=255) cACGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCAttt  <  1:1766600/38‑1 (MQ=255) cACGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCAttt  <  1:1878344/38‑1 (MQ=255) cACGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCAttt  <  1:206492/38‑1 (MQ=255) cACGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCAttt  <  1:238768/38‑1 (MQ=255) cACGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCAttt  <  1:257760/38‑1 (MQ=255)  aCGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCAttt  <  1:1583522/37‑1 (MQ=255)  aCGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCAttt  <  1:888655/37‑1 (MQ=255)                                      | CACGCCAAGATAGACGCAATCGGTCGGGGTTCCCATTT  >  minE/1839712‑1839749

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑