| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | 303884 = | 136 (1.670) | 8 (0.100) | 4/92 | NT | 6.0% | coding (546/711 nt) | yagV | conserved hypothetical protein |
| ? | AP009048 | 303908 = | 121 (1.580) | coding (522/711 nt) | yagV | conserved hypothetical protein | |||||
ATGGTCCTTCGACAAGGTGACAGGAACGGTAAGTAACACTGGCAACACATGGTTTAAGCTACTGATTAAGCCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AP009048/303956‑303884‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccaTGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGT > AP009048/303908‑303977 ATGGTCCTTCGACAAGGTGACAGGAACGGTAAGTAACACTGGCAACACATGGTTTAAGCTACTGATTAAGC < 1:7100140/71‑1ATGGTCCTTCGACAAGGTGACAGGAACGGTAAGTAACACTGGCAACACATGGTTTAAGCTACTGATTAAGC > 1:1105563/1‑71ATGGTCCTTCGACAAGGTGACAGGAACGGTAAGTAACACTGGCAACACATGGTTTAAGCTACTGATTAAGC < 1:4344933/71‑1ATGGTCCTTCGACAAGGTGACAGGAACGGTAAGTAACACTGGCAACACATGGTTTAAGCTACTAATTAAGC > 1:6500886/1‑71 TGGTCCTTCGACAAGGTGACAGGAACGGTAAGTAACACTGGCAACACATGGTTTAAGCTACTGATTAAGCC < 1:4654155/71‑1 GGTCCTTCGACAAGGTGACAGGAACGGTAAGTAACACTGGCAACACATGGTTTAAGCTACTGATTAAGC > 1:4643401/1‑69 GGTCCTTCGACAAGGTGACAGGAACGGTAAGTAACACTGGCAACACATGGTTTAAGCTACTGATTAAGC > 1:7878973/1‑69 GGTCCTTCGACAAGGTGACAGGAACGGTAAGTAACACTGGCAACACATGGTTTAAGCTACTGATTAAGC > 1:2006989/1‑69 AGGTGACAGGAACGGTAAGTAACACTGGCAACACATGGTTTAAGCTACTGATTAAGCCA > 1:3568218/1‑59 AGGTGACAGGAACGGTAAGTAACACTGGCAACACATGGTTTAAGCTACTGATTAAGCCA > 1:3832545/1‑59 AGGTGACAGGAACGGTAAGTAACACTGGCAACACATGGTTTAAGCTACTGATTAAGCCA > 1:7809787/1‑59 AGGTGACAGGAACGGTAAGTAACACTGGCAACACATGGTTTAAGCTACTGATTAAGCCA > 1:6004343/1‑59 ATGGTTTAAGCTACTGATTAAGCCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCAC < 1:2853479/58‑1 ATGGTTTAAGCTACTGATTAAGCCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCAC < 1:7577940/58‑1 TGGTTTAAGCTACTGATTAAGCCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTG < 1:121981/61‑1 GGTTTAAGCTACTGATTAAGCCATGTGTTGCCAGTG > 1:2431904/1‑36 TTAAGCTACTGATTAAGCCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATT > 1:535771/1‑70 TTAAGCTACTGATTAAGCCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATT > 1:2065499/1‑70 TTAAGCTACTGATTAAGCCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCAT > 1:7593505/1‑69 TAAGCTACTGATTAAGCCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCAC < 1:5298832/52‑1 CATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGG < 1:3552187/71‑1 CATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTG < 1:5870908/70‑1 ATGTGTTGCCTGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGT > 1:3518604/1‑71 ATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGT > 1:2998751/1‑71 ATGGTCCTTCGACAAGGTGACAGGAACGGTAAGTAACACTGGCAACACATGGTTTAAGCTACTGATTAAGCCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AP009048/303956‑303884‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccaTGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGT > AP009048/303908‑303977 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |