| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | 303884 = | 136 (1.670) | 8 (0.100) | 4/92 | NT | 6.0% | coding (546/711 nt) | yagV | conserved hypothetical protein |
| ? | AP009048 | 303908 = | 121 (1.580) | coding (522/711 nt) | yagV | conserved hypothetical protein | |||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
GACGTAGATACCAGGCATCGCCTTCCTCTTCGGTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGT > AP009048/303838‑303977 | gACGTAGATACCAGGCATCGCCTTCCTCTTCGGTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCAt > 1:1254540/1‑71 (MQ=255) gTAGATACCAGGCATCGCCTTCCTCTTCGGTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCAtgtg > 1:4851457/1‑71 (MQ=255) gATACCAGGCATCGCCTTCCTCTTCGGTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTg > 1:7531775/1‑71 (MQ=255) ggCATCGCCTTCCTCTTCGGTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAgtgt > 1:6948439/1‑71 (MQ=255) cATCGCCTTCCTCTTCGGTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCAtgt < 1:3667160/58‑1 (MQ=255) cATCGCCTTCCTCTTCGGTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGtta < 1:5500191/71‑1 (MQ=255) tCGCCTTCCTCTTCGGTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCAtg < 1:4701463/55‑1 (MQ=255) gCCTTCCTCTTCGGTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCAtgtg > 1:4504750/1‑55 (MQ=255) gCCTTCCTCTTCGGTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCAtg < 1:5875466/53‑1 (MQ=255) gCCTTCCTCTTCGGTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATgtgt > 1:2764879/1‑56 (MQ=255) gCCTTCCTCTTCGGTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATgtgt > 1:239069/1‑56 (MQ=255) gCCTTCCTCTTCGGTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGtt < 1:7803107/57‑1 (MQ=255) gCCTTCCTCTTCGGTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGttactta < 1:864310/71‑1 (MQ=255) gCCTTCCTCTTCGGTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGttactta < 1:6017007/71‑1 (MQ=255) cctccctcTTCGGTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGttacttac > 1:1872417/1‑71 (MQ=255) ttCCTCTTCGGTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCa > 1:1063810/1‑58 (MQ=255) tCCTCTTCGGTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGt > 1:1577754/1‑71 (MQ=255) tCCTCTTCGGTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGt > 1:2609872/1‑71 (MQ=255) ccTCTTCGGTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCAtgt > 1:1834694/1‑49 (MQ=255) ctctTCGGTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTc < 1:7369026/71‑1 (MQ=255) tctTCGGTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGttact < 1:7280962/62‑1 (MQ=255) tCGGTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGt > 1:2728451/1‑71 (MQ=255) tCGGTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCATGt > 1:5432851/1‑71 (MQ=255) cGGTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTg < 1:7013873/69‑1 (MQ=255) cGGTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTg < 1:7064167/69‑1 (MQ=255) cGGTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTg < 1:4776665/69‑1 (MQ=255) cGGTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGt < 1:7385749/70‑1 (MQ=255) ggTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAgtg > 1:5472688/1‑52 (MQ=255) ggTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCa < 1:271610/71‑1 (MQ=255) gTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCAt < 1:4074464/39‑1 (MQ=255) cGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGtt > 1:7243698/1‑61 (MQ=255) gAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCtt < 1:6484233/71‑1 (MQ=255) gAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCtt > 1:6777872/1‑71 (MQ=255) aaTCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGtt < 1:468252/49‑1 (MQ=255) tctcaTCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTc > 1:2836727/4‑71 (MQ=255) tCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGttac > 1:7226661/1‑49 (MQ=255) tCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTc < 1:4138556/58‑1 (MQ=255) tCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTc < 1:3190414/71‑1 (MQ=255) acaTCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCtt < 1:3842782/66‑1 (MQ=255) acaTCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGa < 1:636025/71‑1 (MQ=255) acaTCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGa < 1:5256222/71‑1 (MQ=255) acaTCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGa < 1:3433768/71‑1 (MQ=255) caTCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTAGCGTTCCTGTCACCTTGTCg > 1:5615109/1‑69 (MQ=255) tCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGcc > 1:5487725/1‑36 (MQ=255) tCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGttac > 1:5119040/1‑44 (MQ=255) ccTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTc < 1:4365916/52‑1 (MQ=255) ccTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTc < 1:2414618/52‑1 (MQ=255) cTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGa < 1:3486117/66‑1 (MQ=255) atggtttaagctactgattaagccaTGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCAc < 1:7577940‑M2/33‑1 (MQ=255) atggtttaagctactgattaagccaTGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCAc < 1:2853479‑M2/33‑1 (MQ=255) TGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCt > 1:3832545‑M1/1‑59 (MQ=255) TGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCt > 1:7809787‑M1/1‑59 (MQ=255) TGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCt > 1:3568218‑M1/1‑59 (MQ=255) ggtttaagctactgattaagccaTGTGTTGCCAgtg > 1:2431904‑M2/24‑36 (MQ=255) GCTTAATTAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCAt > 1:6500886‑M1/1‑71 (MQ=255) GCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGAcc > 1:7878973‑M1/1‑69 (MQ=255) GCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGAcc > 1:4643401‑M1/1‑69 (MQ=255) GCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGAcc > 1:2006989‑M1/1‑69 (MQ=255) GCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCAt > 1:1105563‑M1/1‑71 (MQ=255) GCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCAt < 1:4344933‑M1/71‑1 (MQ=255) cTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCa < 1:5580751/69‑1 (MQ=255) cTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCa < 1:4716703/69‑1 (MQ=255) ttaagctactgattaagccaTGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCAtt > 1:535771‑M2/21‑70 (MQ=255) ttaagctactgattaagccaTGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCAt > 1:7593505‑M2/21‑69 (MQ=255) ttAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGaa > 1:2162328/1‑62 (MQ=255) ttAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCAtt > 1:7631671/1‑70 (MQ=255) taagctactgattaagccaTGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCAc < 1:5298832‑M2/33‑1 (MQ=255) tAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCt > 1:4279930/1‑54 (MQ=255) tAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCt > 1:3761439/1‑54 (MQ=255) tAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCt > 1:6353771/1‑54 (MQ=255) aaTCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTa < 1:3985576/70‑1 (MQ=255) aaTCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTa < 1:7186338/70‑1 (MQ=255) aTCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGttacttac < 1:5591508/38‑1 (MQ=255) aTCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGttacttac < 1:4422047/38‑1 (MQ=255) aTCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGttacttac < 1:2130062/38‑1 (MQ=255) aTCAGTAGCTTAAACCATGTCTTGCCAGTGtgacttac < 1:1018122/38‑1 (MQ=37) tCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAAc > 1:557553/1‑71 (MQ=255) tCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAAc > 1:3128830/1‑71 (MQ=255) aGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTAcc < 1:1988855/36‑1 (MQ=255) aGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACt < 1:1319537/70‑1 (MQ=255) gTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCtt < 1:3698226/49‑1 (MQ=255) aGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCAtt < 1:6697162/61‑1 (MQ=255) gCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAAcc > 1:6568755/1‑71 (MQ=255) gCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAAcc > 1:7129071/1‑71 (MQ=255) gCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAAc > 1:2367398/1‑70 (MQ=255) cTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGt > 1:5907869/1‑47 (MQ=255) cTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGaa > 1:7708228/1‑51 (MQ=255) cTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGaa > 1:914541/1‑51 (MQ=255) cTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGaa > 1:7248211/1‑51 (MQ=255) tAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTg > 1:4609160/1‑70 (MQ=255) tAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGa > 1:7589176/1‑71 (MQ=255) aaaCCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCAcc > 1:6835023/1‑40 (MQ=255) aaaCCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTg < 1:5528617/69‑1 (MQ=255) aaaCCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGa < 1:1317150/70‑1 (MQ=255) aaaCCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGAc > 1:2533561/1‑71 (MQ=255) aaCCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAAc > 1:4975431/1‑65 (MQ=255) aaCCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACg > 1:1537312/1‑71 (MQ=255) aaCCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACg > 1:6284632/1‑71 (MQ=255) aTGTGTTGCCTGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGt > 1:3518604‑M2/2‑71 (MQ=255) aTGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGt > 1:2998751‑M2/2‑71 (MQ=255) | GACGTAGATACCAGGCATCGCCTTCCTCTTCGGTCGAATCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGT > AP009048/303838‑303977 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |