| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | 713380 = | 55 (0.680) | 237 (3.170) | 86/90 | NT | 82.5% | intergenic (‑156/‑29) | ybfF/seqA | conserved hypothetical protein/regulatory protein for replication initiation |
| ? | AP009048 | = 4125338 | 50 (0.670) | coding (836/837 nt) | dam | DNA adenine methylase | |||||
Only 100 of 394 total aligned reads displayed.
GAGTTTTTCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGCTATATT > AP009048/713310‑713450 | gcacacgtaaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataa > 1:3024178‑M1/71‑71 (MQ=255) cacacgtaaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataat > 1:2622322‑M1/70‑71 (MQ=255) acacgtaaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataAtt < 1:4514392‑M1/3‑1 (MQ=255) cacgtaaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataAtt < 1:1211864‑M1/3‑1 (MQ=255) cacgtaaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataAtt < 1:4846926‑M1/3‑1 (MQ=255) cacgtaaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataAtt < 1:1706542‑M1/3‑1 (MQ=255) cacgtaaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataAtt < 1:512375‑M1/3‑1 (MQ=255) cacgtaaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTc > 1:7115654‑M1/68‑71 (MQ=255) gtaaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataat < 1:2504969‑M1/2‑1 (MQ=255) taaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGc < 1:2439255‑M1/7‑1 (MQ=255) tCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGc > 1:7760310/1‑70 (MQ=255) cTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCt < 1:7657781/70‑1 (MQ=255) aaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCt < 1:3567683‑M1/8‑1 (MQ=255) ggacgaactgttggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGa > 1:3908648‑M1/55‑66 (MQ=255) ggCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGAcactgca > 1:3746778/1‑71 (MQ=255) acgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGAcactgca > 1:7339488‑M1/53‑71 (MQ=255) aactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGAcactgcactg < 1:4131331‑M1/22‑1 (MQ=255) actgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTgg > 1:4194441‑M1/49‑71 (MQ=255) ctgctggctttgtacaaaccatgagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGAcactgcactg > 1:565266‑M1/48‑69 (MQ=255) ctgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGAcactgc > 1:2316025‑M1/48‑65 (MQ=255) ctgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgagaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGa < 1:6870356‑M1/24‑1 (MQ=255) gctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGAt < 1:4474495‑M1/25‑1 (MQ=255) gCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTa < 1:2840037/71‑1 (MQ=255) ctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGAtt > 1:3244403‑M1/45‑70 (MQ=255) ctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGAtt > 1:7474592‑M1/45‑70 (MQ=255) cTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTaa < 1:1907182/71‑1 (MQ=255) ggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTaa < 1:1739378‑M1/10‑1 (MQ=255) gctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataa > 1:3956709‑M1/42‑42 (MQ=255) gctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGac > 1:3871222‑M1/42‑54 (MQ=255) tCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAg < 1:3140569/69‑1 (MQ=255) ctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGaca < 1:7180829‑M1/14‑1 (MQ=255) ctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTa > 1:831172‑M1/41‑67 (MQ=255) tgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAg < 1:340279‑M1/29‑1 (MQ=255) tgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGa < 1:5999298‑M1/30‑1 (MQ=255) tgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGa < 1:1004878‑M1/33‑1 (MQ=255) gCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGaa < 1:772714/71‑1 (MQ=255) tgtacaaaccgagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGaaaa < 1:7606785‑M1/36‑1 (MQ=255) tacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAg > 1:6611021‑M1/36‑41 (MQ=255) tGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGCCACTGCACTGGATTAAGATGaaaa > 1:6769341/1‑71 (MQ=255) acaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTaa > 1:5728051‑M1/35‑44 (MQ=255) acaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAAc < 1:5964022‑M1/37‑1 (MQ=255) acaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAAc < 1:6119424‑M1/37‑1 (MQ=255) acaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAAc < 1:4047376‑M1/37‑1 (MQ=255) caaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGac > 1:6415314‑M1/34‑46 (MQ=255) caaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAAc > 1:376130‑M1/34‑70 (MQ=255) accaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTa > 1:69513‑M1/31‑39 (MQ=255) accaggagtcgtctcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGAtt > 1:5860985‑M1/31‑71 (MQ=255) ccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTg > 1:2977267‑M1/30‑71 (MQ=255) aggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTg < 1:7835749‑M1/42‑1 (MQ=255) ttATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGaaa < 1:1446630/61‑1 (MQ=255) gagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGa < 1:4656017‑M1/12‑1 (MQ=255) ttCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGtt > 1:1090389/1‑70 (MQ=255) gtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGa < 1:532197‑M1/12‑1 (MQ=255) gtcgtttcacccgcgaaaaaataATTAAGCTAAGCCACAGCACTGGATTAAGATGAAAACg < 1:2858198‑M1/38‑1 (MQ=255) tcgtttcacccgcgaaaaaataAATCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGAt < 1:1026279‑M1/40‑1 (MQ=255) cgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGGCACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgat < 1:528590‑M1/50‑1 (MQ=255) cgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgat < 1:2086270‑M1/50‑1 (MQ=255) gtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgat < 1:4906002‑M1/50‑1 (MQ=255) gtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgat < 1:7537652‑M1/50‑1 (MQ=255) gtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgat < 1:4797888‑M1/50‑1 (MQ=255) gtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgat < 1:1515900‑M1/50‑1 (MQ=255) tcacccgcgaaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgatga < 1:6521494‑M1/52‑1 (MQ=255) tcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgatgat < 1:6385268‑M1/53‑1 (MQ=255) cacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgatgatg < 1:6587378‑M1/54‑1 (MQ=255) acccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGaa > 1:3476403‑M1/16‑71 (MQ=255) acccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGaa < 1:4535249‑M1/56‑1 (MQ=255) acccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGaa > 1:3661588‑M1/16‑71 (MQ=255) cccgcgaaataataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGaaaa > 1:4355463‑M1/15‑50 (MQ=255) cccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtg > 1:1669386‑M1/15‑62 (MQ=255) cccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAAc < 1:7223687‑M1/57‑1 (MQ=255) ccgcgaaaaaataATTCAGCTATGACACTGCACTGGATTa > 1:3324327‑M1/14‑40 (MQ=255) ccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATg > 1:1356496‑M1/14‑45 (MQ=255) ccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtga > 1:226827‑M1/14‑62 (MQ=255) cgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAActc > 1:6043524‑M1/13‑71 (MQ=255) tGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTg < 1:5004365/53‑1 (MQ=255) gcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGa > 1:5585792‑M1/12‑41 (MQ=255) gcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGa > 1:6719807‑M1/12‑44 (MQ=255) gcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAActct > 1:2142332‑M1/12‑71 (MQ=255) gcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAActc < 1:3341301‑M1/59‑1 (MQ=255) cgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTa > 1:5540176‑M1/11‑71 (MQ=255) gaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGaaaa < 1:1938569‑M1/36‑1 (MQ=255) gaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAActct > 1:2036907‑M1/10‑69 (MQ=255) gaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTa < 1:5809601‑M1/61‑1 (MQ=255) aaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTa < 1:4610314‑M1/61‑1 (MQ=255) aaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAg < 1:1484831‑M1/64‑1 (MQ=255) aCTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtga < 1:128489/55‑1 (MQ=255) aaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGtt > 1:2696590‑M1/6‑52 (MQ=255) aaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGc < 1:7911429‑M1/65‑1 (MQ=255) ataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTAc > 1:2961891‑M1/4‑65 (MQ=255) ataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATCATGAACTCTACAGCta < 1:2582258‑M1/67‑1 (MQ=255) taATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGCtata > 1:5067158‑M1/3‑71 (MQ=255) taATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGCtata > 1:6832560‑M1/3‑71 (MQ=255) gTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtg > 1:5475100/1‑50 (MQ=255) aATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGtt > 1:1414254‑M1/2‑48 (MQ=255) aATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGtt > 1:2218763‑M1/2‑48 (MQ=255) aATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAg < 1:541379‑M1/64‑1 (MQ=255) aATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGCTatat < 1:7295435‑M1/70‑1 (MQ=255) aATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGCTatat < 1:5230815‑M1/70‑1 (MQ=255) ATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGCTatat > 1:6264021‑M1/1‑70 (MQ=255) ATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTAAAGTTGATGATGAACTCTACAGCTATAtt > 1:4245542‑M1/1‑71 (MQ=255) | GAGTTTTTCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGCTATATT > AP009048/713310‑713450 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |