| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | 713380 = | 55 (0.680) | 237 (3.170) | 86/90 | NT | 82.5% | intergenic (‑156/‑29) | ybfF/seqA | conserved hypothetical protein/regulatory protein for replication initiation |
| ? | AP009048 | = 4125338 | 50 (0.670) | coding (836/837 nt) | dam | DNA adenine methylase | |||||
Only 100 of 377 total aligned reads displayed.
GCACACGTAAAAAGGTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAATTCTCAAGGAGAAGCGGATGAAACAGTATTTGATTGCCCCCTCAATTCTGTCGGCTGATTTTGCCCGC > AP009048/4125269‑4125407 | cacGTAAAAAGGTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAatt < 1:1706542‑M2/70‑4 (MQ=255) gTAAAAAGGTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagc < 1:3344056‑M2/71‑8 (MQ=255) gTAAAAAGGTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagc < 1:7413396‑M2/71‑8 (MQ=255) tAAAAAGGTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagc < 1:2439255‑M2/70‑8 (MQ=255) aaGGTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaaga > 1:1830869‑M2/1‑59 (MQ=255) aaGGTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaaga > 1:6028291‑M2/1‑59 (MQ=255) aGGTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaaga < 1:4503464‑M2/70‑13 (MQ=255) ggTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagaca < 1:6251235‑M2/71‑15 (MQ=255) ggTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcag > 1:5861355‑M2/1‑57 (MQ=255) gTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagacac < 1:709868‑M2/71‑16 (MQ=255) tGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcag > 1:7917707‑M2/1‑55 (MQ=255) ggACGAACTGTTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaaga > 1:3908648‑M2/1‑54 (MQ=255) gACGAACTGATGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTAACCCGCGAAAAAATAattaagctaagacactg < 1:3081773‑M2/70‑18 (MQ=255) cGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagacactgcac < 1:4163383‑M2/71‑21 (MQ=255) aaCTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactg < 1:1737292‑M2/71‑23 (MQ=255) ctgctgGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagacactgc > 1:2316025‑M2/1‑47 (MQ=255) gctgGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAATTCTCAAGGAGAAGCAGATGaaa > 1:2308083/1‑69 (MQ=255) ctgGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggatt < 1:4643875‑M2/70‑27 (MQ=255) ctgGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggatt > 1:2063335‑M2/1‑44 (MQ=255) ctgGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggat < 1:1282400‑M2/69‑26 (MQ=255) tgGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagacac > 1:5566056‑M2/1‑43 (MQ=255) ggCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggatt < 1:5979757‑M2/68‑27 (MQ=255) ggCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagacac > 1:7507259‑M2/1‑42 (MQ=255) gCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagacactgca > 1:6854135‑M2/1‑41 (MQ=255) gCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagac > 1:3871222‑M2/1‑41 (MQ=255) gCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAa > 1:3956709‑M2/1‑41 (MQ=255) cTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagaca < 1:7180829‑M2/54‑15 (MQ=255) cTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAATTCTCAAGGAGAAGCGGATGAAACAGTAtt > 1:4967756/1‑71 (MQ=255) tGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatga < 1:1004878‑M2/70‑34 (MQ=255) tGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaa < 1:4112995‑M2/65‑29 (MQ=255) tGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAATTCTCAAGGAGAAGCGGATGAAACAGTATTTg < 1:4698072/70‑1 (MQ=255) tGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAATTCTCAAGGAGAAGCGGATGAAACAGTATTTg < 1:3251192/70‑1 (MQ=255) tACAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAatt < 1:5626848‑M2/38‑4 (MQ=255) tACAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAatt < 1:3570648‑M2/38‑4 (MQ=255) aCAAACCAGGAGTCGTTTCCCCCGCGAAAAAATAATTCTCa > 1:1514942/1‑41 (MQ=255) aCAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaac < 1:6119424‑M2/71‑38 (MQ=255) aCAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaac < 1:4047376‑M2/71‑38 (MQ=255) aCAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaa > 1:5728051‑M2/1‑34 (MQ=255) aCAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaa > 1:5298652‑M2/1‑34 (MQ=255) cAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaac > 1:376130‑M2/1‑33 (MQ=255) cAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaac > 1:1464295‑M2/1‑33 (MQ=255) cAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagct > 1:1370555‑M2/1‑33 (MQ=255) aaCCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgat < 1:4602859‑M2/71‑41 (MQ=255) aCCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgatt < 1:2806678‑M2/71‑42 (MQ=255) aCCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgat < 1:5140445‑M2/70‑41 (MQ=255) aCCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagcta > 1:69513‑M2/1‑30 (MQ=255) gAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaagcgattgaa > 1:4282898‑M2/1‑25 (MQ=255) gAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattga > 1:3731696‑M2/1‑25 (MQ=255) gAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattga > 1:6725585‑M2/1‑25 (MQ=255) gAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaa < 1:3505893‑M2/60‑36 (MQ=255) aGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggatcaagatgaaaacgattgaagtt > 1:2964871‑M2/1‑24 (MQ=255) aGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAATTCTCAAGGAGAAGCGGATGAAACAGTATTTGAt < 1:1597310/59‑1 (MQ=255) gTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaa > 1:787064‑M2/1‑23 (MQ=255) gTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattaagctaagccacagcactggattaagatgaaaacg < 1:2858198‑M2/61‑39 (MQ=255) tCGTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaaggcactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttg > 1:2531625‑M2/1‑22 (MQ=255) tCGTTTCACCCGCGAAAAAATAaatcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgat < 1:1026279‑M2/62‑41 (MQ=255) gTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgat < 1:4797888‑M2/70‑51 (MQ=255) gTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgat < 1:4881299‑M2/70‑51 (MQ=255) gTTTCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgat < 1:6792296‑M2/70‑51 (MQ=255) tttCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaa > 1:837370‑M2/1‑19 (MQ=255) tttCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaa > 1:2640572‑M2/1‑19 (MQ=255) ttCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgatgat < 1:7575057‑M2/71‑54 (MQ=255) tCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgatgat < 1:6385268‑M2/70‑54 (MQ=255) tCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaac < 1:2230126‑M2/54‑38 (MQ=255) tCACCCGCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaag < 1:4209438‑M2/46‑30 (MQ=255) cACCCGCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgatgatg < 1:6587378‑M2/70‑55 (MQ=255) aCCCGCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgatgatgaa > 1:3661588‑M2/1‑15 (MQ=255) cccGCGAAAAAATAattcagctaagacacttcactggattaagatgaaaacgattgaagttgatgat < 1:6879210‑M2/67‑54 (MQ=255) cccGCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttg > 1:1669386‑M2/1‑14 (MQ=255) cccGCGAAAAAATAATTCTCAAGGAGAAGCGGATGAAACAGTATTTGATTGCCCCCTCAATTCTGTCGGCt < 1:1157502/71‑1 (MQ=255) ccGCGAAAAAATAattcagctatgacactgcactggatta > 1:3324327‑M2/1‑13 (MQ=255) ccGCGAAAAAATAattcagctaagacactgcactggatta > 1:549274‑M2/1‑13 (MQ=255) ccGCGAAAAAATAATTCTCAAGGAGAAGCGGATGAAACAGTATTTGATTGCCCCCTCAATTCTGTCGGCt > 1:2977456/1‑70 (MQ=255) cgcgAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgatgatgaa < 1:7778869‑M2/68‑57 (MQ=255) gcgAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgatgatgaactct > 1:2992665‑M2/1‑11 (MQ=255) gcgAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagt < 1:2083797‑M2/57‑47 (MQ=255) gcgAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatga < 1:4530771‑M2/44‑34 (MQ=255) gcgAAAAAATAATTCTCAAGGAGAAGCGGATGAAACAGTATTTGATTGCCCCCTCAATTCTGTCGGCTGAt < 1:5041703/71‑1 (MQ=255) cgAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattga < 1:7225616‑M2/53‑44 (MQ=255) gAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgatgatgaactcta < 1:5809601‑M2/70‑62 (MQ=255) gAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaag > 1:3430455‑M2/1‑9 (MQ=255) gAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgat > 1:6051862‑M2/1‑9 (MQ=255) gAAAAAATAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaa < 1:1938569‑M2/45‑37 (MQ=255) aaaaaaTAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgatgatgaactctaca > 1:7310791‑M2/1‑8 (MQ=255) aaaaaTAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgatgatgaactctacag < 1:2142595‑M2/71‑65 (MQ=255) aaaaaTAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgatgatgaactctacag < 1:1484831‑M2/71‑65 (MQ=255) aaaaaTAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgatgatgaactctacag < 1:6407464‑M2/71‑65 (MQ=255) aaaaTAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgatgatgaactctacag > 1:4360607‑M2/1‑6 (MQ=255) aaaaTAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgat > 1:7726922‑M2/1‑6 (MQ=255) aaaaTAATTCTCAAGGAGAAGCGGATGAAACAGTATTTGAtt > 1:3196916/1‑42 (MQ=255) aaaaTAATTCTCAAGGAGAAGCGGATGAAACAGTATTTGATTGCCCCCTCAATTCTGTCGGCTGATTTTGc < 1:106523/71‑1 (MQ=255) aaaTAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgatgatgaactc > 1:1343293‑M2/1‑5 (MQ=255) aaaTAattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttga < 1:2587815‑M2/54‑50 (MQ=255) aataattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttga < 1:6480155‑M2/53‑50 (MQ=255) ataattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgatgatgaactctacagctat > 1:7630123‑M2/1‑3 (MQ=255) taattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgatgatgaactctacagctata > 1:5067158‑M2/1‑2 (MQ=255) aattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgatgatgaactctacag < 1:541379‑M2/65‑65 (MQ=255) aattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagttgatgatgaactctacag < 1:526686‑M2/65‑65 (MQ=255) aattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattgaagtt > 1:1414254‑M2/1‑1 (MQ=255) aattcagctaagacactgcactggattaagatgaaaacgattga > 1:66432‑M2/1‑1 (MQ=255) | GCACACGTAAAAAGGTGGACGAACTGCTGGCTTTGTACAAACCAGGAGTCGTTTCACCCGCGAAAAAATAATTCTCAAGGAGAAGCGGATGAAACAGTATTTGATTGCCCCCTCAATTCTGTCGGCTGATTTTGCCCGC > AP009048/4125269‑4125407 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |