| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | = 786419 | 80 (0.980) | 7 (0.090) | 3/90 | NT | 8.4% | coding (365/1053 nt) | aroG | 3‑deoxy‑D‑arabino‑heptulosonate‑7‑phosphate synthase, phenylalanine repressible |
| ? | AP009048 | = 786431 | 79 (1.060) | coding (377/1053 nt) | aroG | 3‑deoxy‑D‑arabino‑heptulosonate‑7‑phosphate synthase, phenylalanine repressible | |||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
CGTACCACGGTGGGCTGGAAAGGGCTGATTAACGATCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGATATTAACGACAGCGGTCTGCCAGCGGCAGGTGAGTTTCT > AP009048/786349‑786488 | cgTACCACGGTGGGCTGGAAAGGGCTGATTAACGATCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGG > 1:420731‑M1/1‑71 (MQ=255) gTACCACGGTGGGCTGGAAAGGGCTGATTAACGATCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGt > 1:4315021/1‑71 (MQ=255) aCGGTGGGCTGGAAAGGGCTGATTAACGATCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCg < 1:5199194/71‑1 (MQ=255) aCGGTGGGCTGGAAAGGGCTGATTAACGATCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCg < 1:1505619/71‑1 (MQ=255) aCGGTGGGCTGGAAAGGGCTGATTAACGATCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCg < 1:4380658/71‑1 (MQ=255) aCGGTGGGCTGGAAAGGGCTGATTAACGATCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCg < 1:3804918/71‑1 (MQ=255) gTGGGCTGGAAAGGGCTGATTAACGATCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGtat < 1:2139751/71‑1 (MQ=255) gCTGGAAAGGGCTGATTAACGATCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAg < 1:7931708/69‑1 (MQ=255) ggAAAGGGCTGATTAACGATCC‑CATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCccgt < 1:2271583‑M2/70‑5 (MQ=255) gAAAGGGCTGATTAACGATCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCccgt < 1:3998240‑M2/70‑5 (MQ=255) gAAAGGGCTGATTAACGATCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCcc < 1:3596502‑M2/68‑3 (MQ=255) aaaGGGCTGATTAACGATCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCccg > 1:225508‑M2/1‑65 (MQ=255) aaaGGGCTGATTAACGATCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTa > 1:2753095/1‑70 (MQ=255) aaGGGCTGATTAACGATCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTaaa < 1:6047329/71‑1 (MQ=255) aaGGGCTGATTAACGATCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTaaa > 1:5838256/1‑71 (MQ=255) aGGGCTGATTAACGATCCGCATATGGATAATATCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAAt > 1:7418162/1‑71 (MQ=255) cTGATTAACGATCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGt < 1:852237/54‑1 (MQ=255) tGATTAACGATCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGgctatacgcagaccgtc < 1:2614862‑M1/63‑18 (MQ=255) tGATTAACGATCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGgctatacgcagaccgtc < 1:2959248‑M1/63‑18 (MQ=255) gATTAACGATCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATtgctgc > 1:5756680/1‑71 (MQ=255) gATTAACGATCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATtgctgc > 1:1749089/1‑71 (MQ=255) aTTAACGATCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGgctatacgcagaccgtcgt > 1:849360‑M1/1‑44 (MQ=255) aTTAACGATCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGgctatacgcagaccgtcgt > 1:7755356‑M1/1‑44 (MQ=255) aTTAACGATCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTgctgct > 1:730600/1‑71 (MQ=255) aTTAACGATCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTgctgct > 1:4953874/1‑71 (MQ=255) ttAACGATCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCtt > 1:1053723/1‑71 (MQ=255) aaCGATCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTg < 1:6677882/70‑1 (MQ=255) aaCGATCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGa > 1:7809392/1‑71 (MQ=255) aCGATCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGat < 1:6809621/71‑1 (MQ=255) aCGATCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGa < 1:3245030/70‑1 (MQ=255) cGATCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGgctatacgcagaccg < 1:5921163‑M1/54‑16 (MQ=255) cGATCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGgctatacgcagaccg < 1:6950893‑M1/54‑16 (MQ=255) cGATCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGa < 1:5822472/69‑1 (MQ=255) cGATCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGGCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGa < 1:6473540/69‑1 (MQ=255) gATCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGa < 1:1195744/68‑1 (MQ=255) aTCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGATAtt < 1:327767/71‑1 (MQ=255) tCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGATATTa < 1:4382393/71‑1 (MQ=255) ccGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTaaa > 1:4659025/1‑54 (MQ=255) ccGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGG > 1:7453915‑M1/1‑35 (MQ=255) cGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGATATTAAc < 1:6269550/71‑1 (MQ=255) atGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCccgt > 1:6231659‑M2/1‑41 (MQ=255) tGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGtat > 1:3926613/1‑37 (MQ=255) tGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGat > 1:771612/1‑59 (MQ=255) tGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGat > 1:1026354/1‑59 (MQ=255) tGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGATATTAACGACAg < 1:6358253/70‑1 (MQ=255) tGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGATATTAACGACAg < 1:6979311/70‑1 (MQ=255) ggATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTa < 1:6022357/44‑1 (MQ=255) ggATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATtgctgc < 1:3306101/53‑1 (MQ=255) ggATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGATATTAACGACAGCg > 1:4560817/1‑71 (MQ=255) gATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGATATTAACGACAGCgg < 1:2686125/71‑1 (MQ=255) gATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGATATTAACGACAGCg < 1:6442955/70‑1 (MQ=255) aataGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATtgct < 1:4722664/47‑1 (MQ=255) aataGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGATATTAACGACAGCGGTCt > 1:6131741/1‑71 (MQ=255) ataGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCccg < 1:238247‑M2/37‑4 (MQ=255) ataGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCtt < 1:1279324/50‑1 (MQ=255) ataGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCtt < 1:531433/50‑1 (MQ=255) taGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTa < 1:3975080/38‑1 (MQ=255) taGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGATATTAACGACAGCGGTCTg > 1:1547323/1‑70 (MQ=255) gCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGATATTAACGa > 1:5930444/1‑58 (MQ=255) gCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGATATTAACGa > 1:4315049/1‑58 (MQ=255) gCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGATATTAACGACAGCGGTCTGcc < 1:7753641/70‑1 (MQ=255) cTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGATATTAACGACAGCGGTCTGCCAg > 1:6933660/1‑71 (MQ=255) ttCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGATATTAACGACAGCGGTc > 1:3476161/1‑64 (MQ=255) ttCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGATATTAACGACAGCGGTCTGCCAGc > 1:792922/1‑71 (MQ=255) tCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGa < 1:629348/46‑1 (MQ=255) tCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGATATTAACGACAGCGGTCTGcc < 1:1949193/67‑1 (MQ=255) ccAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGATATTaa > 1:2402034/1‑51 (MQ=255) ccAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGATATTAACGACAGCGGTCTGCCAGCgg > 1:7494915/1‑71 (MQ=255) aGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGatat < 1:1721657/46‑1 (MQ=255) aGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGATATTAACGACAGCGGTc < 1:810021/60‑1 (MQ=255) aTCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGATATTa > 1:2807171/1‑46 (MQ=255) aTCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGATATTAACg < 1:5459648/49‑1 (MQ=255) aTCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGATATTAACGACAGCGGTCTGCCAGCGGCAgg > 1:2878665/1‑71 (MQ=255) aTCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGATATTAACGACAGCGGTCTGCCAGCGGCAgg > 1:4825562/1‑71 (MQ=255) aTCAACCACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATtgctg > 1:4791120/1‑36 (MQ=255) tCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGATATTAACGACAGCGGTCTGcc < 1:1661012/61‑1 (MQ=255) tCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGATATTAACGACAGCGGTCTGCCAGCGGCAGGt < 1:3386213/71‑1 (MQ=255) aaCGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCtt < 1:7355927/36‑1 (MQ=255) acgacgGTCTGCGTATAGCccgtcgttgatctggaagctattatccatatgcggatcgttaat > 1:849360‑M2/1‑19 (MQ=255) acgacgGTCTGCGTATAGCccgtcgttgatctggaagctattatccatatgcggatcgttaat > 1:7755356‑M2/1‑19 (MQ=255) acgacgGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTg < 1:4901895/36‑1 (MQ=255) cgacgGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGATATTAACGACAGCGGTCTGCCAGCGGCAGGTGAGt < 1:90980/71‑1 (MQ=255) gacgGTCTGCGTATAGCccgtcgttgatctggaagctattatccatatgcggatcgttaatca < 1:2614862‑M2/63‑47 (MQ=255) gacgGTCTGCGTATAGCccgtcgttgatctggaagctattatccatatgcggatcgttaatca < 1:2959248‑M2/63‑47 (MQ=255) acgGgctatacgcagaccgtcgttgatctggaagctattatccatatgcggatcgttaatcagccctttc < 1:3998240‑M1/70‑67 (MQ=255) acgGgctatacgcagaccgtcgttgatctggaagctattatccatatgcggatcgttaatcagccctttc < 1:5726037‑M1/70‑67 (MQ=255) acgGgctatacgcagaccgtcgttgatctggaagctattatccat > 1:6231659‑M1/1‑4 (MQ=255) acgGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGATATTAACGACAGCGGTCTGCCAGCGGCAGGTGAGttt > 1:779796/1‑71 (MQ=255) acgGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGATATTAACGACAGCGGTCTGCCAGCGGCAGGTGAGttt > 1:6131036/1‑71 (MQ=255) cgGgctatacgcagaccgtcgttgatctggaagctattatccatatgcggatcgttaatcagcccttt > 1:225508‑M1/1‑3 (MQ=255) cgGgctatacgcagaccgtcgttgatctggaagctat < 1:238247‑M1/37‑35 (MQ=255) cgGTCTGCGTATAGCccgtcgttgatctggaagctattatccatatgcggatcg < 1:6950893‑M2/54‑40 (MQ=255) cgGTCTGCGTATAGCccgtcgttgatctggaagctattatccatatgcggatcg < 1:3389047‑M2/54‑40 (MQ=255) cgGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGATATTAACGACAGCGGTCTGCCAGCGGCAGGTGAGttt < 1:1246099/70‑1 (MQ=255) cgGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGATATTAACGACAGCGGTCTGCCAGCGGCAGGTGAGTTtc < 1:5138386/71‑1 (MQ=255) gggctatacgcagaccttcgttgatctggaagctat < 1:2752366‑M1/36‑35 (MQ=255) gggctatacgcagaccgtcgttgatctggaagctattatccatatgcggatcgttaatcagccctttc < 1:3596502‑M1/68‑67 (MQ=255) ggTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGATATTAACGACAGc > 1:2404580/1‑45 (MQ=255) ggTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGATATTAACGACAGc > 1:4803330/1‑45 (MQ=255) ggTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGATATTAACGACAGCGGTCTGCCAGCGGCAGGTGAGTTtct < 1:4690352/71‑1 (MQ=255) | CGTACCACGGTGGGCTGGAAAGGGCTGATTAACGATCCGCATATGGATAATAGCTTCCAGATCAACGACGGTCTGCGTATAGCCCGTAAATTGCTGCTTGATATTAACGACAGCGGTCTGCCAGCGGCAGGTGAGTTTCT > AP009048/786349‑786488 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |