| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | 1421954 = | 121 (1.490) | 6 (0.080) | 4/88 | NT | 5.7% | coding (2/477 nt) | racR | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| ? | AP009048 | 1421993 = | 90 (1.230) | intergenic (‑38/‑86) | racR/ydaS | predicted DNA‑binding transcriptional regulator/predicted DNA‑binding transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
GACGGATCCCGATGCGATTTTTTTGTTAATGGCCTGCTCTATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAATCCCTACCCTTACTGCATTAGGCACAGCC > AP009048/1421884‑1422020 | gaCGGATCCCGATGCGATTTTTTTGTTAATGGCCTGCTCTATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCa > 1:1811876/1‑71 (MQ=255) aCGGATCCCGATGCGATTTTTTTGTTAATGGCCTGCTCTATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCAt > 1:2912245/1‑71 (MQ=255) tCCCGATGCGATTTTTTTGTTAATGGCCTGCTCTATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCtt < 1:483952/71‑1 (MQ=255) tCCCGATGCGATTTTTTTGTTAATGGCCTGCTCTATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCtt < 1:6750416/71‑1 (MQ=255) tCCCGATGCGATTTTTTTGTTAATGGCCTGCTCTATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCt > 1:7794316/1‑70 (MQ=255) gATGCGATTTTTTTGTTAATGGCCTGCTCTATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAata > 1:4841982/1‑71 (MQ=255) gATGCGATTTTTTTGTTAATGGCCTGCTCTATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAata > 1:878581/1‑71 (MQ=255) gATGCGATTTTTTTGTTAATGGCCTGCTCTATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAata > 1:7602754/1‑71 (MQ=255) gATGCGATTTTTTTGTTAATGGCCTGCGCTATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAata > 1:1690505/1‑71 (MQ=255) tattaggcgacgcctaacgcaattgtcaataggctgtgcctaatgcagtaagggtagggAt > 1:2764608‑M1/60‑61 (MQ=255) aTGCGATTTTTTTGTTAATGGCCTGCTCTATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGcc > 1:2492070/1‑64 (MQ=255) tGCGATTTTTTTGTTAATGGCCTGCTCTATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAatat > 1:1612646/1‑70 (MQ=255) tGCGATTTTTTTGTTAATGGCCTGCTCTATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATAtt > 1:3906675/1‑71 (MQ=255) gATTTTTTTGTTAATGGCCTGCTCTATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATtctc > 1:6066366/1‑71 (MQ=255) ttttttGTTAATGGCCTGCTCTATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAata < 1:1334921/63‑1 (MQ=255) ttttttGTTAATGGCCTGCTCTATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAata < 1:1252465/63‑1 (MQ=255) ttttttGTTAATGGCCTGCTCTATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTa > 1:3723943/1‑71 (MQ=255) tttGTTAATGGCCTGCTCTATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCtt < 1:1399912/56‑1 (MQ=255) ttGTTAATGGCCTGCTCTATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATgcg > 1:1722145/1‑71 (MQ=255) tAATGGCCTGCTCTATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGcat > 1:3957892/1‑70 (MQ=255) tAATGGCCTGCTCTATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGcat > 1:159111/1‑70 (MQ=255) aaTGGCCTGCTCTATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGcatta > 1:3857465/1‑71 (MQ=255) cgcaattgtcaataggctgtgcctaatgcagtaagggtagggATTGCCTAATATTCTCCTATGCGcatta < 1:5664628‑M1/28‑1 (MQ=255) aTGGCCTGCTCTATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGcatta < 1:7393535/70‑1 (MQ=255) aTGGCCTGCTCTATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGcatta < 1:6281133/70‑1 (MQ=255) aTGGCCTGCTCTATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGcatta > 1:7678863/1‑70 (MQ=255) tGGCCTGCTCTATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTAt < 1:6594644/61‑1 (MQ=255) tGGCCTGCTCTATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGcattaca > 1:756918/1‑71 (MQ=255) tGGCCTGCTCTATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGcattaca < 1:1033907/71‑1 (MQ=255) gcaattgtcaataggctgtgcctaatgcagtaagggtagggATTGc < 1:7107967‑M1/5‑1 (MQ=255) gcaattgtcaataggctgtgcctaatgcagtaagggtagggATTGCTTAATATTCTCCTATGCGcattaca > 1:969958‑M1/42‑71 (MQ=255) ggCCTGCTCTATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGcattacat > 1:1354050/1‑71 (MQ=255) gCCTGCTCTATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGcattacat < 1:964092/70‑1 (MQ=255) cTGCTCTATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAg > 1:7877605/1‑71 (MQ=255) tgtcaataggctgtgcctaatgcagtaagggtagggATTg < 1:2347967‑M1/4‑1 (MQ=255) ctctATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGcattaca > 1:2416316/1‑64 (MQ=255) ctctATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGc < 1:2580566/70‑1 (MQ=255) tctATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATtctc < 1:6596455/49‑1 (MQ=255) tATCGCTCTGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAATc > 1:5622954/1‑71 (MQ=255) tATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATgcg < 1:3382509/54‑1 (MQ=255) tATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATgcg < 1:6879642/54‑1 (MQ=255) tATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGcattacat > 1:1706951/1‑62 (MQ=255) tATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCaa < 1:5025186/69‑1 (MQ=255) tATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCaa < 1:4111024/69‑1 (MQ=255) aTCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGc < 1:6435054/35‑1 (MQ=255) aTCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGcattacatta < 1:5745515/63‑1 (MQ=255) tCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTa > 1:6650627/1‑37 (MQ=255) tCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTa > 1:103132/1‑37 (MQ=255) tCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAATccc < 1:2492548/71‑1 (MQ=255) tCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAATc < 1:6187741/69‑1 (MQ=255) cGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCaa > 1:1844157/1‑66 (MQ=255) cGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAATccc > 1:2933364/1‑70 (MQ=255) cGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAATccc > 1:347850/1‑70 (MQ=255) cGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAATccc > 1:2517020/1‑70 (MQ=255) gCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATgcg > 1:586771/1‑50 (MQ=255) gCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATgcg > 1:440814/1‑50 (MQ=255) gCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAATCCCTa < 1:4502016/71‑1 (MQ=255) gCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAATCCCTa > 1:4785230/1‑71 (MQ=255) gCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAATCCCTa > 1:6173341/1‑71 (MQ=255) gCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAATCCCTa > 1:2988345/1‑71 (MQ=255) tCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAATCCCTAcc > 1:790787/1‑71 (MQ=255) tCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAATCCCTAcc > 1:800241/1‑71 (MQ=255) cGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGcat < 1:3781721/50‑1 (MQ=255) cGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGcat < 1:4781364/50‑1 (MQ=255) cGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGcat < 1:4317501/50‑1 (MQ=255) ggCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAATCCCTACCCt < 1:5746826/71‑1 (MQ=255) tAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCaa < 1:623452/57‑1 (MQ=255) tAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAATCCCTAc > 1:5696122/1‑64 (MQ=255) tAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAATCCCTACCCTTACt > 1:2707972/1‑71 (MQ=255) aatgcagtaagggtagggATTGCTTAATATTCTCCTATGCgcattact > 1:5721178‑M1/19‑47 (MQ=255) aaGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAATCCCTACCCTTACTg > 1:7401990/1‑71 (MQ=255) aGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATgcgc < 1:5307128/41‑1 (MQ=255) aGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAAt > 1:4145994/1‑56 (MQ=255) aGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAATCCCTACCCTTACTg > 1:4010397/1‑70 (MQ=255) aGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAATCCCTACCCTTACTg > 1:1529844/1‑70 (MQ=255) aGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAATCCCTACCCTTACTg > 1:4437662/1‑70 (MQ=255) aGTATTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAATc > 1:4528069/1‑57 (MQ=255) cTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAgg > 1:109936/1‑49 (MQ=255) cTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAgg > 1:3729200/1‑49 (MQ=255) cTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAgg > 1:6845896/1‑49 (MQ=255) tttACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGc < 1:1378129/49‑1 (MQ=255) tttACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAATCCCTACCCTTAc < 1:7344044/64‑1 (MQ=255) tACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGcattacatta < 1:3375868/44‑1 (MQ=255) tACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGcattacatta < 1:4026534/44‑1 (MQ=255) tACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGcattacatta < 1:5515954/44‑1 (MQ=255) tACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAATCCCTACCCTTACTGCATTAgg > 1:2090720/1‑71 (MQ=255) tACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAATCCCTACCCTTACTGCATTAgg > 1:5569895/1‑71 (MQ=255) tACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAATCCCTACCCTTACTGCATTAgg > 1:6161372/1‑71 (MQ=255) aCCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAATccc > 1:4113603/1‑52 (MQ=255) aCCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAATCCCTACCCTTACTGCATTAgg > 1:4710003/1‑70 (MQ=255) aCCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAATCCCTACCCTTACTGCATTAgg > 1:3119149/1‑70 (MQ=255) cACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAATcc < 1:6645569/49‑1 (MQ=255) cTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGcattaca < 1:355773/36‑1 (MQ=255) cTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAATCCCTACCCTTACTGCATTAg > 1:4628210/1‑65 (MQ=255) tAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAATCCCTACCCTTAc < 1:3010969/56‑1 (MQ=255) aaGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGcattacatta > 1:7649227/1‑37 (MQ=255) aaGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAATCCCTACCCTTACTGCATTAGGCACAGcc > 1:700936/1‑71 (MQ=255) aaGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAATCCCTACCCTTACTGCATTAGGCACAGcc > 1:3047844/1‑71 (MQ=255) aaGCATTGCTTAAAATTCTCCTATGCGcattacatta > 1:7577020/1‑37 (MQ=255) cATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGc < 1:2054145/37‑1 (MQ=255) | GACGGATCCCGATGCGATTTTTTTGTTAATGGCCTGCTCTATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAATCCCTACCCTTACTGCATTAGGCACAGCC > AP009048/1421884‑1422020 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |