| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | 3817455 = | 68 (0.840) | 4 (0.060) | 3/86 | NT | 7.0% | coding (561/2109 nt) | spoT | bifunctional (p)ppGpp synthetase II and guanosine‑3',5'‑bis pyrophosphate 3'‑pyrophosphohydrolase |
| ? | AP009048 | 3817482 = | 46 (0.640) | coding (534/2109 nt) | spoT | bifunctional (p)ppGpp synthetase II and guanosine‑3',5'‑bis pyrophosphate 3'‑pyrophosphohydrolase | |||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
CTTTACGGTTGCCGCGCGCGGCTTTCACCACTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCTATAAATTT > AP009048/3817385‑3817525 | tcgccgcatcgcccgtgaaactctcgaaatttatagcccgctggcgcaccgtttaggtatccaccacatta > 1:4296117‑M1/71‑71 (MQ=255) ttACGGTTGCCGCGCGCGGCTTTCACCACTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCaa > 1:5213755/1‑70 (MQ=255) gccgcatcgcccgtgaaactctcgaaatttatagcccgctggcgcaccgtttaggtatccaccacattaaa > 1:602867‑M1/69‑71 (MQ=255) tACGGTTGCCGCGCGCGGCTTTCACCACTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCaaa < 1:3778877/70‑1 (MQ=255) tACGGTTGCCGCGCGCGGCTTTCACCACTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCaa < 1:7097655/69‑1 (MQ=255) aCGGTTGCCGCGCGCGGCTTTCACCACTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCaaaa < 1:5225627/70‑1 (MQ=255) gcatcgcccgtgaaactctcgaaatttatagcccgctggcgcaccgtttaggtatccaccacattAAAAc < 1:7570216‑M1/5‑1 (MQ=255) tGCCGCGCGCGGCTTTCACCACTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCa > 1:4121782/1‑69 (MQ=255) gcgcgcgGCTTTCACCACTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGctc > 1:558758/1‑69 (MQ=255) gtgaaactctcgaaatttatagcccgctggcgcaccgtttaggtatccaccacattaa > 1:163687‑M1/57‑58 (MQ=255) cgcgcgGCTTTCACCACTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTc > 1:5546725/1‑71 (MQ=255) cgcgcgGCTTTCACCACTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTc > 1:843869/1‑71 (MQ=255) cgcgcgGCTTTCACCACTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTc < 1:3023164/71‑1 (MQ=255) cgGCTTTCACCACTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAg < 1:2078164/70‑1 (MQ=255) gCTTTCACCACTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGtt < 1:2057717/70‑1 (MQ=255) gCTTTCACCACTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTc < 1:1966870/71‑1 (MQ=255) cTTTCACCACTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAAcc > 1:6480514/1‑55 (MQ=255) cTTTCACCACTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAAcc > 1:388254/1‑55 (MQ=255) cTTTCACCACTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCg > 1:5386205/1‑71 (MQ=255) cTTTCACCACTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCg > 1:382265/1‑71 (MQ=255) ctcgaaatttatagcccgctggcgcaccgtttaggtatccaccacattAAAAc < 1:4347278‑M1/5‑1 (MQ=255) ttCACCACTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCaa < 1:7892511/49‑1 (MQ=255) ttCACCACTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTc > 1:7410870/1‑62 (MQ=255) ttCACCACTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGt > 1:11150/1‑71 (MQ=255) ttCACCACTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGt > 1:7888172/1‑71 (MQ=255) ttCACCACTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGt > 1:7681143/1‑71 (MQ=255) tCACCACTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCgg < 1:1979288/69‑1 (MQ=255) gaaatttatagcccgctggcgcaccgtttaggtatccaccacatta > 1:6628056‑M1/46‑46 (MQ=255) caccacTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCaaaa > 1:2470550/1‑49 (MQ=255) caccacTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTc < 1:4545402/60‑1 (MQ=255) caccacTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGttt > 1:7917959/1‑71 (MQ=255) ccacTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTa < 1:5830004/71‑1 (MQ=255) cacTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGctct > 1:3985086/1‑55 (MQ=255) cacTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTaa > 1:680133/1‑71 (MQ=255) acTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGATCTTCGAGTTCGGTTTTAAt > 1:3599416/1‑71 (MQ=255) tcttTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTc < 1:7926742/53‑1 (MQ=255) tcttTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTc < 1:1187179/53‑1 (MQ=255) tcttTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTc < 1:6268378/53‑1 (MQ=255) tcttTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCg < 1:7894170/54‑1 (MQ=255) cttTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCa > 1:5603402/1‑38 (MQ=255) cttTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCa > 1:1527859/1‑38 (MQ=255) cttTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCgg < 1:7302031/60‑1 (MQ=255) cttTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAAtgtg < 1:6711754/70‑1 (MQ=255) tttGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATgtggt > 1:1273279/1‑71 (MQ=255) ttGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATgtggtg > 1:2858575/1‑71 (MQ=255) gcccgctggcgcaccgtttaggtatccaccacattaaaa < 1:6673893‑M1/4‑1 (MQ=255) gcccgctggcgcaccgtttaggtatccaccacattaaaa < 1:3480840‑M1/4‑1 (MQ=255) tGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATgtgg < 1:5789692/68‑1 (MQ=255) tGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATgtgg < 1:1045953/68‑1 (MQ=255) gATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGa > 1:2502842/1‑71 (MQ=255) aTTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGa > 1:2690603/1‑70 (MQ=255) aTTACGAGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGAt < 1:6224359/71‑1 (MQ=255) aCGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGtttt > 1:6357356/1‑56 (MQ=255) aCGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGa > 1:4437543/1‑67 (MQ=255) cgcgATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCt < 1:2934720/71‑1 (MQ=255) cgATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTaa < 1:5258905/71‑1 (MQ=255) gATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTaaa > 1:6544312/1‑71 (MQ=255) gATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTaaa > 1:1407689/1‑71 (MQ=255) gATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTaaa < 1:6150406/71‑1 (MQ=255) aaCGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGa > 1:6187620/1‑39 (MQ=255) aaCGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGa > 1:7272239/1‑39 (MQ=255) cgtttaggtatccaccacattAAAACCCAGCTCTTCGAg > 1:483569‑M1/22‑39 (MQ=255) cgtttaggtatccaccacattAAAACCCAGCTCTTCGAg > 1:4460134‑M1/22‑39 (MQ=255) cgtttaggtatccaccacattAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGt < 1:4358368‑M1/24‑1 (MQ=255) aCGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGt < 1:7141958/71‑1 (MQ=255) aCGGTGGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGt < 1:6139640/71‑1 (MQ=255) gtttaggtatccaccacattAAAACCCAGCTCTTCGAGtt > 1:3663160‑M1/21‑40 (MQ=255) cGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTa < 1:1492628/64‑1 (MQ=255) cGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTg > 1:7457515/1‑71 (MQ=255) tGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGttt > 1:7658150/1‑42 (MQ=255) gggATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTgcgc > 1:1838603/1‑69 (MQ=255) gggATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTgcgc > 1:265050/1‑69 (MQ=255) aTACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTgcg < 1:5575493/65‑1 (MQ=255) aTACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCg < 1:603667/71‑1 (MQ=255) tACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCgg > 1:5969618/1‑71 (MQ=255) aCAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCg < 1:4474934/69‑1 (MQ=255) aGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCggg > 1:5919195/1‑69 (MQ=255) cgcCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGAt < 1:6311704/45‑1 (MQ=255) cgcCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATAc < 1:3801339/47‑1 (MQ=255) gcCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGAt > 1:6777137/1‑44 (MQ=255) gcCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGAt > 1:4962600/1‑44 (MQ=255) gcCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCtat > 1:7492486/1‑70 (MQ=255) ccTCAAAACCCAGATCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGAtata > 1:5188351/1‑70 (MQ=255) cTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCg < 1:2058546/62‑1 (MQ=255) cTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCtat < 1:1131396/68‑1 (MQ=255) tCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGc > 1:7692526/1‑64 (MQ=255) tCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGc > 1:2607528/1‑64 (MQ=255) tCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCTATAAAt > 1:5586956/1‑71 (MQ=255) tCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCTATAAAt > 1:5668486/1‑71 (MQ=255) tCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCTATAAAt > 1:2094394/1‑71 (MQ=255) cAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAAc > 1:2360926/1‑48 (MQ=255) cAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACgg > 1:5977042/1‑50 (MQ=255) AAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGa < 1:4782210‑M1/38‑1 (MQ=255) AAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTgcg < 1:7523222‑M1/53‑1 (MQ=255) AAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCTATaaa < 1:451594‑M1/68‑1 (MQ=255) AAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCTATaaa < 1:79924‑M1/68‑1 (MQ=255) AAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCTATAAAttt > 1:7765572‑M1/1‑71 (MQ=255) AAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCTATAAAttt < 1:6738908‑M1/71‑1 (MQ=255) AAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCTATAAAt > 1:7190362‑M1/1‑69 (MQ=255) AAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCTATAAAt > 1:6003007‑M1/1‑69 (MQ=255) | CTTTACGGTTGCCGCGCGCGGCTTTCACCACTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCTATAAATTT > AP009048/3817385‑3817525 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |