| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | 483431 = | 128 (1.570) | 5 (0.080) | 4/76 | NT | 5.1% | coding (197/3150 nt) | acrB | multidrug efflux system protein |
| ? | AP009048 | = 3415101 | 88 (1.390) | coding (214/3105 nt) | acrF | multidrug efflux system protein | |||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
ATCCGGGCGCTGATGCGCAGACCGTGCAGGATACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTCCGCCGGTAGCGTGACAATTACCCTTACCT > AP009048/3415033‑3415167 | tCCGGGCGCTGATGCGCAGACCGTGCAGGATACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTAtc < 1:214651‑M2/70‑3 (MQ=255) ccGGGCGCTGATGCGCAGACCGTGCAGGATACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTAtcga < 1:7270956‑M2/71‑5 (MQ=255) cGGGCGCTGATGCGCAAACCGTGCAGGATACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTAtcgat > 1:4490250‑M2/1‑66 (MQ=255) gggCGCTGATGCGGAGACCGTGCAGGATACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTAtcgat < 1:6545446‑M2/70‑6 (MQ=255) gggCGCTGATGCGCAGACCGTGCAGGATACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTAtcgat < 1:1415078‑M2/70‑6 (MQ=255) gggCGCTGATGCGCAGACCGTGCAGGATACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTAt < 1:7732783‑M2/66‑2 (MQ=255) gggCGCTGATGCGCAGACCGTGCAGGATACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTAt < 1:961325‑M2/66‑2 (MQ=255) gggCGCTGATGCGCAGACCGTGCAGGATACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTAt < 1:6618366‑M2/66‑2 (MQ=255) cgcTGATGCGCAGACCGTGCAGGATACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTAtcgataacc > 1:7195233‑M2/1‑62 (MQ=255) gcTGATGCGCAGACCGTGCAGGATACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTAtcgataacct < 1:5705908‑M2/71‑11 (MQ=255) tGATGCGCAGACCGTGCAGGATACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGATCGGTATCGATAACCTGa > 1:5901748/1‑71 (MQ=255) aTGCGCAGACCGTGCAGGATACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTAtcgataacct > 1:7821072‑M2/1‑57 (MQ=255) aTGCGCAGACCGTGCAGGATACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTAtcgataacct > 1:3808149‑M2/1‑57 (MQ=255) aTGCGCAGACCGTGCAGGATACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATg > 1:2508732/1‑71 (MQ=255) tGCGCAGACCGTGCAGGATACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATg > 1:559880/1‑70 (MQ=255) gcgcAGACCGTGCAGGATACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTAtcg < 1:7320169‑M2/58‑4 (MQ=255) gcgcAGACCGTGCAGGATACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTAtcg < 1:7685387‑M2/58‑4 (MQ=255) gcgcAGACCGTGCAGGATACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTAtcg < 1:3688617‑M2/58‑4 (MQ=255) cgcAGACCGTGCAGGATACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGtat < 1:4342080/71‑1 (MQ=255) gcAGACCGTGCAGGATACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGtata < 1:5695373/71‑1 (MQ=255) aGACCGTGCAGGATACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATTTATATg < 1:10669/71‑1 (MQ=255) gACCGTGCAGGATACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGt > 1:4128868/1‑71 (MQ=255) gACCGTGCAGGATACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGt > 1:4480241/1‑71 (MQ=255) aCCGTGCAGGATACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGAt > 1:4734171/1‑62 (MQ=255) aCCGTGCAGGATACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGtc < 1:813372/71‑1 (MQ=255) cGTGCAGGATACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATg > 1:3402271/1‑67 (MQ=255) cGTGCAGGATACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATg > 1:4366020/1‑67 (MQ=255) tGCAGGATACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTAtcgataacctg > 1:7721504‑M2/1‑45 (MQ=255) tGCAGGATACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTAtcgataacctg > 1:7091955‑M2/1‑45 (MQ=255) cAGGATACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTAtcg > 1:4936803‑M2/1‑43 (MQ=255) cAGGATACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTccac < 1:2212439/71‑1 (MQ=255) ggATACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTccacca < 1:2954787/71‑1 (MQ=255) gATACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAg < 1:1205088/71‑1 (MQ=255) gATACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAg > 1:3065074/1‑71 (MQ=255) tACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTAtcgataac < 1:6515938‑M2/46‑9 (MQ=255) tACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTAtcgataac < 1:7282605‑M2/46‑9 (MQ=255) aCGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTAtcg > 1:2596240‑M2/1‑37 (MQ=255) aCGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGa > 1:6892583/1‑71 (MQ=255) cGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGa < 1:776255/70‑1 (MQ=255) cGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGa < 1:6249270/70‑1 (MQ=255) ggTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTatat > 1:607848/1‑54 (MQ=255) tGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTcc > 1:2436018/1‑71 (MQ=255) tGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTcc > 1:7049988/1‑71 (MQ=255) tGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTcc > 1:2760922/1‑71 (MQ=255) cGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTccgcc < 1:2478729/71‑1 (MQ=255) cGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTccgcc > 1:6794806/1‑71 (MQ=255) cGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTccgcc < 1:316335/71‑1 (MQ=255) gCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTAtcgata < 1:1336298‑M2/35‑7 (MQ=255) gCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTccgccg > 1:6225338/1‑71 (MQ=255) cAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTAtcgataa > 1:4338329‑M2/1‑28 (MQ=255) cAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTCCGCCgg > 1:7657587/1‑71 (MQ=255) aGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTAtcgataacctgcgtcaccgtatcctgcacggtctgcgcatcagc < 1:3904285‑M2/71‑45 (MQ=255) aGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTAtcgataacctgcgtcaccgtatcctgcacggtctgcgcatcagc < 1:3904270‑M2/71‑45 (MQ=255) aGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTAtcgataacct < 1:4052190‑M2/37‑11 (MQ=255) aGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTCCGCCgg > 1:3364700/1‑70 (MQ=255) aGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTCCGCCgg > 1:2297699/1‑70 (MQ=255) ggTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGtata < 1:7381978/44‑1 (MQ=35) ggTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGtcct < 1:2014210/50‑1 (MQ=38) ggTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTcc > 1:4286377/1‑64 (MQ=255) ggTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTCCGCCgg > 1:839175/1‑69 (MQ=255) ggTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTCCGCCGGTa < 1:6544196/71‑1 (MQ=255) gTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGtcct < 1:4286982/49‑1 (MQ=38) gTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGAtt < 1:5093250/61‑1 (MQ=255) ttATCGATCAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTCCGCCGGTAGc < 1:2181881/71‑1 (MQ=255) ttATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGtcctcc > 1:7400840/1‑50 (MQ=40) ttATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGtcctcc > 1:3109799/1‑50 (MQ=40) ttATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTCCGCCGGTAg < 1:5625101/70‑1 (MQ=255) ttATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTCCGCCGGTAGc < 1:7128451/71‑1 (MQ=255) ttATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTCCGCCGGTAGc < 1:6254498/71‑1 (MQ=255) tATCGAACAGAATATGAACGGTAtcgataacctgtgtcaccgtgtcctgcactgttttcgcatcagcgcc > 1:6183857‑M2/1‑23 (MQ=255) tATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTCCGCCGGTAGCg > 1:1120172/1‑71 (MQ=255) aTCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCg < 1:4384881/55‑1 (MQ=255) aTCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCg < 1:5725841/55‑1 (MQ=255) tCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTCCGCCGGTAGCGt < 1:4762006/70‑1 (MQ=255) tCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTCCGCCGGTAGCGTg < 1:7341726/71‑1 (MQ=255) gAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTccgc > 1:3978976/1‑59 (MQ=255) gAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTCCGCCGGTAGCGTg > 1:5202628/1‑69 (MQ=255) aaCAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTccgc < 1:652825/58‑1 (MQ=255) aaCAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTccgc < 1:5455813/58‑1 (MQ=255) aaCAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTCCGCCGGTAGCGTGAc > 1:1637371/1‑70 (MQ=255) aaCAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTCCGCCGGTAGCGTGACa < 1:7021962/71‑1 (MQ=255) aCAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTCCGCCGGTAGCGTGACaa > 1:348962/1‑71 (MQ=255) cAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTCCGCCGGTAGCGTGACAAt > 1:6461642/1‑71 (MQ=255) gAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTCCGCCGGTAGCGTGACaa < 1:5134323/68‑1 (MQ=255) aaTATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTCCGCCGGTAGCGTGACAATTAc < 1:1612118/71‑1 (MQ=255) aaTATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTCCGCCGGTAGCGTGACAATTAc < 1:6646277/71‑1 (MQ=255) atatGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTCCGCCGGTAGCGTGACAATTAcc < 1:5368108/71‑1 (MQ=255) atatGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTCCGCCGGTAGCGTGACAATTAcc > 1:6290701/1‑71 (MQ=255) atatGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTCCGCCGGTAGCGTGACAATTAc < 1:1254078/70‑1 (MQ=255) tGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTCCGCCGGTAGCGTGACAATTACCCtt < 1:7231979/71‑1 (MQ=255) tGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTCCGCCGGTAGCGTGACAATTACCCtt < 1:378503/71‑1 (MQ=255) gAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTCCGCCGGTAGCGTGACAATTACCCTTa > 1:6953318/1‑71 (MQ=255) gAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTCCGCCGGTAGCGTGACAATTACCCTTa > 1:286058/1‑71 (MQ=255) aaCGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGAtt > 1:1955995/1‑43 (MQ=255) aaCGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGAtt > 1:484137/1‑43 (MQ=255) cGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGa < 1:3521180/39‑1 (MQ=255) cGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGa < 1:7106519/39‑1 (MQ=255) cGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTCCGCCGGTAGCGTGACAATTACCCTTACCt < 1:5770819/71‑1 (MQ=255) aTCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTCCGCCgg < 1:6292357/44‑1 (MQ=255) aTCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTCCGCCGGTAGCGt > 1:6718919/1‑50 (MQ=255) | ATCCGGGCGCTGATGCGCAGACCGTGCAGGATACGGTGACGCAGGTTATCGAACAGAATATGAACGGTATCGATAACCTGATGTATATGTCCTCCACCAGCGATTCCGCCGGTAGCGTGACAATTACCCTTACCT > AP009048/3415033‑3415167 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |