| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | 2155855 = | 81 (0.990) | 15 (0.210) | 5/84 | NT | 18.5% | intergenic (‑590/‑298) | yegL/mdtA | conserved hypothetical protein/multidrug efflux system, subunit A |
| ? | AP009048 | 2155875 = | 63 (0.900) | intergenic (‑610/‑278) | yegL/mdtA | conserved hypothetical protein/multidrug efflux system, subunit A | |||||
GCCCTGGTAGTCTTAGTAAGCGGGGAAGCTTATGACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCGGGAGGGGCTTTCCCGTTTCAGCGTCCCGCTGAAATCGTC > AP009048/2155806‑2155944 | gCCCTGGTAGTCTTAGTAAGCGGGGAAGCTTATGACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGa < 1:6435001/71‑1 (MQ=255) ggTAGTCTTAGTAAGCGGGGAAGCTTATGACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGAc > 1:1215506/1‑67 (MQ=255) gTAGTCTTAGTAAGCGGGGAAGCTTATGACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCttt > 1:6737394/1‑71 (MQ=255) tCTTAGTAAGCGGGTAAGCTTATGACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCtt < 1:2999805/71‑1 (MQ=255) tCTTAGTAAGCGGGGAAGCTTATGACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCtt < 1:2856494/71‑1 (MQ=255) tCTTAGTAAGCGGGGAAGCTTATGACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCtt < 1:6515092/71‑1 (MQ=255) ttAGTAAGCGGGGAAGCTTATGACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCttat > 1:5230030/1‑71 (MQ=255) aGTAAGCGGGGAAGCTTATGACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCattatt > 1:1434976/1‑70 (MQ=255) aGTAAGCGGGGAAGCTTATGACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCttatt > 1:1173359/1‑70 (MQ=255) aGTAAGCGGGGAAGCTTATGACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCttatt > 1:5268245/1‑70 (MQ=255) aGTAAGCGGGGAAGCTTATGACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCttatt > 1:2031520/1‑70 (MQ=255) gTAAGCGGGGAAGCTTATGACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCttattta < 1:543961/71‑1 (MQ=255) tAAGCGGGGAAGCTTATGACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCttatttat > 1:7506355/1‑71 (MQ=255) aGCGGGGAAGCTTATGACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATg > 1:2452498/1‑52 (MQ=255) cGGGTAAGCTTATGACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATTACCCTTTCCTTATTTATg < 1:6166732/68‑1 (MQ=255) cGGGGAAGCTTATGACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATg > 1:7432475/1‑50 (MQ=255) cGGGGAAGCTTATGACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCttatt < 1:5281665/64‑1 (MQ=255) cGGGGAAGCTTATGACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCttatt < 1:4437495/64‑1 (MQ=255) ggggAAGCTTATGACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGccc > 1:2930902/1‑71 (MQ=255) aaGCTTATGACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCttatttat < 1:2622384/62‑1 (MQ=255) aaGCTTATGACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCttatttat < 1:1566689/62‑1 (MQ=255) aaGCTTATGACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCttatttat < 1:1380556/62‑1 (MQ=255) aaGCTTATGACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTc > 1:1010376/1‑71 (MQ=255) aaGCTTATGACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTc > 1:7379285/1‑71 (MQ=255) aaGCTTATGACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTc > 1:7157619/1‑71 (MQ=255) aGCTTATGACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGcc > 1:4281120/1‑65 (MQ=255) aGCTTATGACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGcc > 1:2251515/1‑65 (MQ=255) ttATGACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCtta < 1:2521463/53‑1 (MQ=255) ttATGACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATg > 1:1155111/1‑59 (MQ=255) tATGACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGa > 1:6392607/1‑41 (MQ=255) tATGACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGa > 1:3338799/1‑41 (MQ=255) aTGACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCgg < 1:255685/70‑1 (MQ=255) aTGACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCgg > 1:6993419/1‑70 (MQ=255) tGACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACACTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCGGGa < 1:3505172/71‑1 (MQ=255) gACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGAcc > 1:1521705/1‑40 (MQ=255) aCTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCGGGAg < 1:6995784/70‑1 (MQ=255) agagCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCtt > 1:4553885/1‑38 (MQ=255) agagCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCtt > 1:4096751/1‑38 (MQ=255) agagCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCtt > 1:6140878/1‑38 (MQ=255) agagCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCt > 1:3168393/1‑60 (MQ=255) agagCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCt > 1:4983551/1‑60 (MQ=255) agagCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCGGGAGGGGCt > 1:518540/1‑71 (MQ=255) agagCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCGGGAGGGGCt > 1:4867537/1‑71 (MQ=255) agagCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCGGGAGGGGCt > 1:4283906/1‑71 (MQ=255) gagCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCGGGAGGGGCtt < 1:6811288/71‑1 (MQ=255) gCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCttattta > 1:6685023/1‑45 (MQ=255) gCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCttat > 1:1087488/1‑42 (MQ=255) gCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCtta > 1:845522/1‑41 (MQ=255) gCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCGGGAGGGGCTTTc < 1:1043378/71‑1 (MQ=255) caccacGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCt < 1:6290809/38‑1 (MQ=255) ccacGATGATGAGTAGCTTCATCATGCCCCTTTCCttattta > 1:2314232/1‑42 (MQ=255) ccacGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCttattta > 1:3685550/1‑42 (MQ=255) ccacGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCttattta > 1:949098/1‑42 (MQ=255) ccacGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCttattta > 1:7461513/1‑42 (MQ=255) ccacGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCttattta > 1:7651207/1‑42 (MQ=255) ccacGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCGGGAggg < 1:2938621/62‑1 (MQ=255) ccacGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCGGGAggg < 1:2947896/62‑1 (MQ=255) ccacGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCGGGAGGGGCTTTCCCg > 1:2633745/1‑71 (MQ=255) cacGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCGGGAGGGGCTTTCCCg < 1:3344140/70‑1 (MQ=255) cacGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCGGGAGGGGCTTTCCCGt < 1:2314873/71‑1 (MQ=255) atgatgaagctactcatcatcgtGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCGGGAGGGGCtt > 1:3742658‑M2/24‑64 (MQ=255) atgatgaagctactcatcatcgtGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCGGGAGGGGCTTTCCCGtt > 1:187532‑M2/24‑71 (MQ=255) atgatgaagctactcatcatcgtGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCGGGAGGGGCTTTCCCGtt > 1:6837280‑M2/24‑71 (MQ=255) atgatgaagctactcatcatcgtGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCGGGAGGGGCTTTCCCGtt < 1:3877172‑M2/48‑1 (MQ=255) atgatgaagctactcatcatcgtGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCGGGAGGGGCTTTCCCGtt > 1:7939094‑M2/24‑71 (MQ=255) acGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGccc < 1:685090/46‑1 (MQ=255) acGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGccc < 1:7677412/46‑1 (MQ=255) acGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGccc < 1:1777615/46‑1 (MQ=255) cGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCttatttat < 1:2754575/40‑1 (MQ=255) cGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCg > 1:3183088/1‑53 (MQ=255) cGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCGGGAGGGGCTTTCCCGttt > 1:1833042/1‑71 (MQ=255) cGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCATATTTATGGCCCCTTCCTCGGGAGGGGCtt > 1:1964951/1‑63 (MQ=255) gatgatGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGcc > 1:1338480/1‑43 (MQ=255) gatgatGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGcc > 1:2892418/1‑43 (MQ=255) gatgatGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCt > 1:4909373/1‑46 (MQ=255) atgatgaagctactcatcatGACCCTTTCCTTATTTATGGcc < 1:2997094‑M2/22‑1 (MQ=255) atgatgaagctactcatcatGACCCTTTCCTTATTTATGGcc < 1:4112948‑M2/22‑1 (MQ=255) atgatgaagctactcatcatGACCCTTTCCTTATTTATGGcc < 1:6395127‑M2/22‑1 (MQ=255) atgatgaagctactcatcatGACCCTTTCCTTATTTATGGcc < 1:6389568‑M2/22‑1 (MQ=255) atgatgaagctactcatcatGACCCTTTCCTTATTTATGGcc < 1:5390580‑M2/22‑1 (MQ=255) ATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCGGGAGGGGCTTTCCCGttt < 1:6259333‑M1/69‑1 (MQ=255) ATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCGGGAGGGGCTTTCCCGTTTCa > 1:7532957‑M1/1‑71 (MQ=255) tgatgaagctactcatcatGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCGGGAggg > 1:2878019‑M2/20‑56 (MQ=255) tgatgaagctactcatcatGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCGGGAggg > 1:4847802‑M2/20‑56 (MQ=255) tgatgaagctactcatcatGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCGGGAggg > 1:5527224‑M2/20‑56 (MQ=255) gatgaagctactcatcatGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCGGGAgg > 1:4017562‑M2/19‑54 (MQ=255) gatgaagctactcatcatGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCGGGAgg > 1:5351889‑M2/19‑54 (MQ=255) ATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCGGGAGGGGCTTTCCCGTTTCAGCg < 1:6423644‑M1/71‑1 (MQ=255) TGAGTAGCTTCATCATTACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCGGGAGGGGCTTTCCCGTTTCAGcgg > 1:2870265‑M1/1‑70 (MQ=255) aGCTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCGGGAGGGGCTTTCCCGTTTCa > 1:8885/1‑62 (MQ=255) cTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCgg < 1:3193875/41‑1 (MQ=255) cTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCgg < 1:1197941/41‑1 (MQ=255) cTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCgg < 1:934193/41‑1 (MQ=255) tcatcatGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCGGGa > 1:7125343‑M2/8‑41 (MQ=255) tcatcatGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCGGGa > 1:3600271‑M2/8‑41 (MQ=255) catGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCgg < 1:7371161‑M2/32‑1 (MQ=255) catGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCgg < 1:3618537‑M2/32‑1 (MQ=255) atGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCGGGAGGGGCTTTCCCGTTTCAGCGTCCCGCTGAAAtcgt > 1:6252741‑M2/3‑71 (MQ=255) atGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCGGGAGGGGCTTTCCCGTTTCAGCGTCCCGCTGAAAtcgt < 1:764558‑M2/69‑1 (MQ=255) tGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCGGGAGGGGCTTTCCCGTTTCAGCGTCCCGCTGAAAtcgtc < 1:5100592‑M2/70‑1 (MQ=255) | GCCCTGGTAGTCTTAGTAAGCGGGGAAGCTTATGACTAAGAGCACCACGATGATGAGTAGCTTCATCATGACCCTTTCCTTATTTATGGCCCCTTCCTCGGGAGGGGCTTTCCCGTTTCAGCGTCCCGCTGAAATCGTC > AP009048/2155806‑2155944 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |