| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | = 2173565 | NA (NA) | 83 (1.020) | 49/98 | NT | 100% | pseudogene (306/2041 nt) pseudogene (306/339 nt) |
gatR gatR |
DNA‑binding transcriptional regulator; ECK2083:JW5340+JW2074:b4498 DNA‑binding transcriptional regulator, C‑ter fragment; ECK2083:JW2074:b2090 |
| ? | AP009048 | = 3932931 | 0 (0.000) | coding (222/1608 nt) | dppA | dipeptide transporter | |||||
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
CCACCTATGACGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCTATACCTTCCATCTGCGTA > AP009048/3932861‑3932998 | cACCTATGACGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGt > 1:877224‑M2/1‑70 (MQ=255) cTATGACGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtga < 1:5673007‑M2/70‑4 (MQ=255) cTATGACGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtga < 1:5149239‑M2/70‑4 (MQ=255) agtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATccc < 1:538678‑M2/9‑1 (MQ=255) aTGACGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcc < 1:7194707‑M2/71‑7 (MQ=255) tcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCggg < 1:2949503‑M2/12‑1 (MQ=255) acctctgactgagagtttactcacttagcctcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGcc > 1:1441231‑M2/58‑71 (MQ=255) ctctTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccac < 1:3914268‑M2/71‑14 (MQ=255) ctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGc > 1:5527783‑M2/54‑71 (MQ=255) ttCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacg < 1:4167140‑M2/69‑15 (MQ=255) tCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaa < 1:6409661‑M2/71‑18 (MQ=255) actgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTg < 1:4764437‑M2/20‑1 (MQ=255) ccGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaa > 1:5186788‑M2/1‑53 (MQ=255) ccGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaa < 1:4591735‑M2/70‑18 (MQ=255) ccGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaa > 1:7491076‑M2/1‑53 (MQ=255) tgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGaa < 1:2579435‑M2/22‑1 (MQ=255) agagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAg < 1:2903641‑M2/25‑1 (MQ=255) agagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAg < 1:689119‑M2/25‑1 (MQ=255) ccGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaata < 1:4683148‑M2/67‑20 (MQ=255) gtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAg < 1:2694865‑M2/25‑1 (MQ=255) ttATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgat > 1:6155342‑M2/1‑43 (MQ=255) tataACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacag > 1:2189319‑M2/1‑42 (MQ=255) tataACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacag > 1:6030459‑M2/1‑42 (MQ=255) ataACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacagg > 1:7800323‑M2/1‑41 (MQ=255) ataACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacag > 1:6218933‑M2/1‑41 (MQ=255) ataACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacag > 1:7865912‑M2/1‑41 (MQ=255) taACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcc < 1:6383266‑M2/71‑32 (MQ=255) acttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGaaaa > 1:6104001‑M2/36‑59 (MQ=255) acttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTc < 1:2353241‑M2/34‑1 (MQ=255) acttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCa < 1:3566720‑M2/35‑1 (MQ=255) acttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAg > 1:1007154‑M2/36‑71 (MQ=255) cttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCggg < 1:1901581‑M2/12‑1 (MQ=255) aCCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggccta > 1:4278751‑M2/1‑38 (MQ=255) aCCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcct > 1:3629520‑M2/1‑38 (MQ=255) ccGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaa > 1:2229583‑M2/1‑37 (MQ=255) tCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagc < 1:6999456‑M2/70‑37 (MQ=255) tCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgta > 1:2015444‑M2/1‑34 (MQ=255) tCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatc > 1:2981067‑M2/1‑34 (MQ=255) tCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatc > 1:7480102‑M2/1‑34 (MQ=255) gccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGaa < 1:960850‑M2/40‑1 (MQ=255) gccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGaa < 1:765972‑M2/40‑1 (MQ=255) tGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgag < 1:7623913‑M2/71‑40 (MQ=255) tGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcga > 1:6662026‑M2/1‑32 (MQ=255) ggTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctaccca > 1:1200500‑M2/1‑31 (MQ=255) ggTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctaccca > 1:7280578‑M2/1‑31 (MQ=255) gcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGAc < 1:4708710‑M2/43‑1 (MQ=255) gTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggt < 1:7023446‑M2/71‑42 (MQ=255) gTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctac < 1:7744713‑M2/39‑10 (MQ=255) ttGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcg > 1:5620341‑M2/1‑29 (MQ=255) tGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcct > 1:2810375‑M2/1‑28 (MQ=255) gAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttct < 1:7760029‑M2/71‑45 (MQ=255) gAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttc > 1:4164839‑M2/1‑27 (MQ=255) aaTTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttctt < 1:7399256‑M2/71‑46 (MQ=255) aTTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaataaggacacaggcctaag < 1:5559099‑M2/60‑36 (MQ=255) tttAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgt > 1:582519‑M2/1‑24 (MQ=255) tttAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaat > 1:5125788‑M2/1‑24 (MQ=255) tttAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaa > 1:4706619‑M2/1‑24 (MQ=255) ttAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgtt < 1:2933636‑M2/71‑49 (MQ=255) ttAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgtt < 1:2302801‑M2/71‑49 (MQ=255) tAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacg < 1:3042055‑M2/36‑15 (MQ=255) tAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacg < 1:816439‑M2/36‑15 (MQ=255) ctattgctgggtaagttcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAAcc < 1:1763576‑M2/52‑1 (MQ=255) ctattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCg < 1:1210763‑M2/17‑1 (MQ=255) ctattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCg < 1:6148177‑M2/17‑1 (MQ=255) ctattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGaa < 1:3478331‑M2/22‑1 (MQ=255) ctattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGaa < 1:1864251‑M2/22‑1 (MQ=255) ctattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCt < 1:5552508‑M2/53‑1 (MQ=255) ctattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCt < 1:4557755‑M2/53‑1 (MQ=255) ctattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCt < 1:1358549‑M2/53‑1 (MQ=255) tattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCta > 1:2278180‑M2/18‑71 (MQ=255) tattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGCCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCta > 1:5788398‑M2/18‑71 (MQ=255) aaaTCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgtttt > 1:4907999‑M2/1‑20 (MQ=255) aaaTCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacagg < 1:740336‑M2/49‑30 (MQ=255) aaaTCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacagg < 1:2778295‑M2/49‑30 (MQ=255) aaaTCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacagg < 1:4412672‑M2/49‑30 (MQ=255) ttgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCtata > 1:6700125‑M2/16‑71 (MQ=255) ttgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCtata > 1:1492616‑M2/16‑71 (MQ=255) ttgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCtat < 1:6444467‑M2/55‑1 (MQ=255) aaTCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttttc < 1:5900576‑M2/70‑52 (MQ=255) aaTCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcga > 1:2047667‑M2/1‑19 (MQ=255) aaTCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcga > 1:1994723‑M2/1‑19 (MQ=255) aaTCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcga > 1:4938065‑M2/1‑19 (MQ=255) aaTCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcga > 1:1668014‑M2/1‑19 (MQ=255) ggCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgag < 1:178869‑M2/54‑40 (MQ=255) gCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttttcaaattg > 1:7566200‑M2/1‑14 (MQ=255) accaccGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttttcaaattgtt > 1:3174590‑M2/1‑12 (MQ=255) taagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCTATACCTTCCAt > 1:6115845‑M2/8‑71 (MQ=255) taagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCTATACCTTCCAt > 1:1157240‑M2/8‑71 (MQ=255) ccaccGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggt > 1:4077667‑M2/1‑11 (MQ=255) aagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGa > 1:215982‑M2/7‑48 (MQ=255) aagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGa > 1:3642668‑M2/7‑48 (MQ=255) tccgAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaag > 1:1599437‑M2/2‑9 (MQ=255) agatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCTATACCTTCCATCt > 1:536524‑M2/6‑71 (MQ=255) atcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTaaaa > 1:3488544‑M2/4‑53 (MQ=255) cAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCTATAc > 1:1009293‑M2/2‑58 (MQ=255) aGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCTATACCTTCCATCTGCGt > 1:3001406/1‑70 (MQ=255) gTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCg < 1:5393317/37‑1 (MQ=255) gTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAg > 1:6350103/1‑40 (MQ=255) gTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCt < 1:5448253/52‑1 (MQ=255) gTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGCAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACATATACATTCCATCTGCGTa > 1:488417/1‑70 (MQ=255) | CCACCTATGACGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCTATACCTTCCATCTGCGTA > AP009048/3932861‑3932998 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |