| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | = 2518173 | 96 (1.180) | 6 (0.090) | 3/80 | NT | 7.0% | intergenic (‑21/‑315) | mntH/nupC | manganese/divalent cation transporter/nucleoside (except guanosine) transporter |
| ? | AP009048 | = 2518177 | 80 (1.200) | intergenic (‑25/‑311) | mntH/nupC | manganese/divalent cation transporter/nucleoside (except guanosine) transporter | |||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
GCGCGCCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCT > AP009048/2518108‑2518247 | gcgcgcCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTg < 1:2007166‑M2/71‑2 (MQ=255)gcgcgcCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTg < 1:708370‑M2/71‑2 (MQ=255) cgcgcgGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTg > 1:5170467‑M2/1‑69 (MQ=255) gcgcCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTgct > 1:4034374‑M2/1‑68 (MQ=255) gccgccCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTgctat < 1:3698224‑M2/71‑6 (MQ=255) gccgccCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTgcta < 1:1299048‑M2/70‑5 (MQ=255) cgccCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTgctatgt < 1:6527865‑M2/71‑8 (MQ=255) cgccCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTgctatgt > 1:6325986‑M2/1‑64 (MQ=255) cgccCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTgctatgt < 1:1817609‑M2/71‑8 (MQ=255) cgccCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTgctatgt < 1:1369782‑M2/71‑8 (MQ=255) gccCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTgctatgtt > 1:3970309‑M2/1‑63 (MQ=255) cccGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTgctatgttt > 1:5575651‑M2/1‑62 (MQ=255) ccGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTgctatgttt < 1:1432941‑M2/70‑10 (MQ=255) ccGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTgctatgttt < 1:3369560‑M2/70‑10 (MQ=255) ccGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTgctatgttt < 1:3960356‑M2/70‑10 (MQ=255) tCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATg < 1:1196067/71‑1 (MQ=255) cGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGc < 1:3349034/70‑1 (MQ=255) cGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGc < 1:3715078/70‑1 (MQ=255) cGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGc < 1:4082479/70‑1 (MQ=255) cGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGc < 1:2416828/70‑1 (MQ=255) cGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGc < 1:2339628/70‑1 (MQ=255) cGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGc < 1:5971668/70‑1 (MQ=255) cGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCt < 1:5019841/71‑1 (MQ=255) cGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTCCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGc < 1:6360910/70‑1 (MQ=255) gctgctACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTgcta > 1:2843235‑M2/1‑55 (MQ=255) gctgctACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTa < 1:7674361/71‑1 (MQ=255) ctgctACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTgc < 1:1891435‑M2/56‑3 (MQ=255) ctgctACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTgc < 1:3794590‑M2/56‑3 (MQ=255) ctgctACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTAt < 1:549035/71‑1 (MQ=255) tgctACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTgctatgtt < 1:223317‑M2/61‑9 (MQ=255) tgctACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATg > 1:4556611/1‑71 (MQ=255) tgctACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATg > 1:7605870/1‑71 (MQ=255) tgctACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCCTTGCTATGTTTCATGCTATg > 1:4894961/1‑71 (MQ=255) tgctACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGACTTTgctatgtt < 1:3822206‑M2/61‑9 (MQ=255) ctctCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACTTAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCa < 1:4706022/69‑1 (MQ=255) ctctCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCa < 1:4507525/59‑1 (MQ=255) ctctCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCa < 1:1707330/59‑1 (MQ=255) ctctCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCa < 1:6377750/69‑1 (MQ=255) tcAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATg > 1:4942518/1‑63 (MQ=255) tcAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATg > 1:6042162/1‑63 (MQ=255) tcAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCT‑‑AACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACgag > 1:6477093/1‑70 (MQ=255) aaCGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACgaga < 1:294926/71‑1 (MQ=255) aaCGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACgag > 1:844777/1‑70 (MQ=255) aaCGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACgag > 1:1537595/1‑70 (MQ=255) cgcgATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAAt < 1:407519/71‑1 (MQ=255) gATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCa < 1:5264402/49‑1 (MQ=255) tAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTgctatgtt < 1:1062944‑M2/44‑9 (MQ=255) tAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTAt > 1:249701/1‑53 (MQ=255) tAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTa > 1:5745376/1‑71 (MQ=255) tAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTa > 1:2569144/1‑71 (MQ=255) tAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTa > 1:3516485/1‑71 (MQ=255) aGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGc < 1:7858911/49‑1 (MQ=255) aGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTAt > 1:7400287/1‑52 (MQ=255) ttCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCa < 1:441106/71‑1 (MQ=255) tCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATg < 1:7032475/50‑1 (MQ=255) cGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGc < 1:5961564/45‑1 (MQ=255) cGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCaaa > 1:2550328/1‑71 (MQ=255) gTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAAt > 1:6407366/1‑71 (MQ=255) tCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAAtt < 1:6644291/71‑1 (MQ=255) aTCTTGTGCCTCTAAAACATAGCATTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa > 1:5766788/1‑71 (MQ=255) tgtgCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTa > 1:6157790/1‑39 (MQ=255) tgtgCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATg < 1:5304499/54‑1 (MQ=255) tgtgCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGAt > 1:5165509/1‑56 (MQ=255) tgtgCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGAt > 1:6968049/1‑56 (MQ=255) tgtgCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGAt > 1:5394833/1‑56 (MQ=255) ccTCTAAAACATAGCCTTTGCTGTGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATg > 1:2873300/1‑71 (MQ=255) tctAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGa > 1:2829755/1‑71 (MQ=255) tAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAAt > 1:5797230/1‑45 (MQ=255) tAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGAtt > 1:4531750/1‑71 (MQ=255) tAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGAtt > 1:4413224/1‑71 (MQ=255) tAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATCTa < 1:3600189/63‑1 (MQ=255) taaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAAt > 1:197008/2‑44 (MQ=255) aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGa > 1:4330706/1‑46 (MQ=255) aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGa > 1:4725674/1‑46 (MQ=255) aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGAtt < 1:1628493/69‑1 (MQ=255) aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATtgt < 1:417563/71‑1 (MQ=255) aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATtgt > 1:6833801/1‑71 (MQ=255) aaaCATAGCAAAGGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCaaa < 1:3273692/53‑1 (MQ=25) aCATAGCCTTTgctatgttttagaggcacaagatgacgaacta > 1:329722‑M2/1‑11 (MQ=255) aCATAGCCTTTgctatgttttagaggcacaagatgacgaacta > 1:2147945‑M2/1‑11 (MQ=255) cATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTgtggt < 1:7271739/71‑1 (MQ=255) aTAGCCTTTgctatgttttagaggcacaagatgacgaactatc < 1:2292261‑M2/43‑35 (MQ=255) tAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACgaga > 1:7788344/1‑36 (MQ=255) aGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGAt > 1:1044805/1‑71 (MQ=255) aGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGAt > 1:2682379/1‑71 (MQ=255) gCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTa < 1:1865858/54‑1 (MQ=255) ccTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCAt < 1:3277295/50‑1 (MQ=255) ccTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTa > 1:3183726/1‑53 (MQ=255) ccTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGAttt < 1:1565127/71‑1 (MQ=255) ccTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGAttt > 1:2466831/1‑71 (MQ=255) cTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTtc < 1:1237080/71‑1 (MQ=255) tttGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTtct > 1:2227464/1‑71 (MQ=255) ttGCTATGTTTCATGCTATGCGAAACGAGAATGATTATCAAATTc < 1:6494166/45‑1 (MQ=255) ttGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTc < 1:1200468/45‑1 (MQ=255) ttGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTc < 1:3701848/45‑1 (MQ=255) ttGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCa < 1:6648099/46‑1 (MQ=255) ttGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTAATTTAAATGGAtt > 1:1921995/1‑58 (MQ=255) tGCTATGTTTCATGCTATGCGAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTtctc < 1:1474842/70‑1 (MQ=255) tGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTtctc < 1:4142181/70‑1 (MQ=255) tGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTctct > 1:6109532/1‑71 (MQ=255) | GCGCGCCGCCCGTCCGCTGCTACTCTCAACGCGATAGTTCGTCATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGATTGTGGTGATTTCTCT > AP009048/2518108‑2518247 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |