| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | = 4627296 | 110 (1.350) | 5 (0.070) | 3/92 | NT | 5.0% | coding (848/1332 nt) | yjjJ | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| ? | AP009048 | = 4627312 | 85 (1.110) | coding (864/1332 nt) | yjjJ | predicted DNA‑binding transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
GTAACAAGTAACAGGCAGGTATTCCTCGAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAGAGTGAGTTTATCTCTTCTCCGGGATCGTGGCCGCAGGCAATGC > AP009048/4627244‑4627382 | gTAACAAGTAACAGGCAGGTATTCCTCGAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGcc < 1:2362468‑M2/71‑3 (MQ=255)gTAACAAGTAACAGGCAGGTATTCCTCGAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGcc < 1:4420650‑M2/71‑3 (MQ=255)gTAACAAGTAACAGGCAGGTATTCCTCGAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGcc < 1:2882676‑M2/71‑3 (MQ=255)gTAACAAGTAACAGGCAGGTATTCCTCGAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGcc < 1:1846645‑M2/71‑3 (MQ=255) tAACAAGTAACAGGCAGGTATTCCTCGAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGcc > 1:6921850‑M2/1‑68 (MQ=255) aCAAGTAACAGGCAGGTATTCCTCGAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTa < 1:4176721/70‑1 (MQ=255) aCAAGTAACAGGCAGGTATTCCTCGAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTa < 1:5632943/70‑1 (MQ=255) aaGTAACAGGCAGGTATTCCTCGAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATtg > 1:6739551/1‑71 (MQ=255) aGTAACAGGCAGGTATTCCTCGAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATtgt > 1:7774882/1‑71 (MQ=255) aGTAACAGGCAGGTATTCCTCGAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATtgt < 1:5316368/71‑1 (MQ=255) aGTAACAGGCAGGTATTCCTCGAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATtgt > 1:3984777/1‑71 (MQ=255) aGTAACAGGCAGGTATTCCTCGAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATtgt < 1:4638411/71‑1 (MQ=255) tAACAGGCAGGTATTCCTCGAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATtgt > 1:7574192/1‑69 (MQ=255) tAACAGGCAGGTATTCCTCGAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATtgt > 1:2941827/1‑69 (MQ=255) aCAGGCAGGTATTCCTCGAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTg > 1:5550369/1‑59 (MQ=255) aCAGGCAGGTATTCCTCGAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCg > 1:5657489/1‑71 (MQ=255) caggcaggTATTCCTCGAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGc < 1:1755235/71‑1 (MQ=255) aggcaggTATTCCTCGAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCt < 1:1070516/71‑1 (MQ=255) aggTATTCCTCGAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAg < 1:7014042/71‑1 (MQ=255) aggTATTCCTCGAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAg > 1:4708697/1‑71 (MQ=255) aggTATTCCTCGAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAg > 1:6956606/1‑71 (MQ=255) aggTATTCCTCGAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAg < 1:5166475/71‑1 (MQ=255) gttATTCCTCGAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTa < 1:4431610/54‑1 (MQ=255) gTATTCCTCGAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCg < 1:3177015/63‑1 (MQ=255) aTTCCTCGAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTgtgt > 1:4945251/1‑59 (MQ=255) aTTCCTCGAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGc > 1:7173755/1‑62 (MQ=255) ttCCTCGAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCt < 1:7828839/62‑1 (MQ=255) ttCCTCGAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCgg < 1:5563186/70‑1 (MQ=255) ccTCGAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGcct > 1:197020‑M2/1‑46 (MQ=255) ccTCGAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGa > 1:6887684/1‑63 (MQ=255) ccTCGAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTg < 1:529183/70‑1 (MQ=255) cTCGAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTg > 1:4357874/1‑69 (MQ=255) cTCGAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCa < 1:4814605/71‑1 (MQ=255) cGAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCg > 1:828142/1‑55 (MQ=255) gAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCgg > 1:1426645/1‑64 (MQ=255) gAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCaga < 1:7494886/70‑1 (MQ=255) gAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCaga < 1:7249031/70‑1 (MQ=255) gAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCaga < 1:7309866/70‑1 (MQ=255) gAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCag < 1:739965/69‑1 (MQ=255) aaGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAgagt < 1:3723911/71‑1 (MQ=255) aGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAgagt > 1:699307/1‑70 (MQ=255) ggAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATtgt < 1:822333/45‑1 (MQ=255) ggAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAgagtgagt < 1:7770475/71‑1 (MQ=255) ggAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAgagtgagt < 1:5874882/71‑1 (MQ=255) gAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATtgt < 1:4440825/44‑1 (MQ=255) gAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAgagtgagt < 1:3271187/70‑1 (MQ=255) gAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAGAGTGAGtt > 1:5944219/1‑71 (MQ=255) aaCGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAgagtgag < 1:3875448/68‑1 (MQ=255) aaCGCTTTGACTGCAAAGGTAACCATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAGAGTGAGttt < 1:1232705/71‑1 (MQ=255) aCGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTgtgt > 1:5207848/1‑44 (MQ=255) aCGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTgtgt > 1:913890/1‑44 (MQ=255) aCGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTgtgt > 1:1685901/1‑44 (MQ=255) aCGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTgtgt > 1:3657959/1‑44 (MQ=255) aCGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAgagtgagt < 1:1960644/68‑1 (MQ=255) aCGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAgagtgag < 1:5177393/67‑1 (MQ=255) aCGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAGAGTGAGTTTa > 1:2217260/1‑71 (MQ=255) cTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCaga > 1:573506/1‑59 (MQ=255) cTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCaga > 1:682030/1‑59 (MQ=255) ttGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGa > 1:5283224/1‑46 (MQ=255) ttGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCa < 1:6510815/55‑1 (MQ=255) ttGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCa < 1:2766744/55‑1 (MQ=255) ttGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAgagtga > 1:6821679/1‑61 (MQ=255) tGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAGAGTGAGTTTAtctc < 1:3463158/69‑1 (MQ=255) tGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAGAGTGAGTTTATctct < 1:1963211/70‑1 (MQ=255) gACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAGAGTGAGTTTATCtcttc > 1:5516392/1‑71 (MQ=255) gACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAGAGTGAGTTTATCtctt < 1:4998395/70‑1 (MQ=255) aCTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGcctttgcagtcaaagcgttccgcttcgaggaatacctgcctgtta < 1:3085999‑M2/71‑46 (MQ=255) cTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCa < 1:4940272/51‑1 (MQ=255) cTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAGAGTGAGTTTATCTCTtctc < 1:2048388/71‑1 (MQ=255) tGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGc < 1:2038384/44‑1 (MQ=255) tGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAGAGTGAGTTTATCtcttc > 1:3355422/1‑68 (MQ=255) tGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAGAGTGAGTTTATCtcttc > 1:4049275/1‑68 (MQ=255) tGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAGAGTGAGTTTATCTCTTCTcc > 1:7192280/1‑71 (MQ=255) cAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAGAGTGAGTTTATCTCTTCTCCgg > 1:2817671/1‑71 (MQ=255) aaaGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTg < 1:6976421/36‑1 (MQ=255) aaaGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTg < 1:4974322/36‑1 (MQ=255) aaaGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTg < 1:5319184/36‑1 (MQ=255) aGGTAACGATGGTCGCTTGcctttgcagtcaaagcgttccgcttcgaggaatacctgcct > 1:2659426‑M2/1‑19 (MQ=255) aGGTAACGATGGTCGCTTGcctttgcagtcaaagcgttccgcttc < 1:3911946‑M2/45‑27 (MQ=255) aGGTAACGATGGTCGCTTGcctttgcagtcaaagcgttccgcttc < 1:3705010‑M2/45‑27 (MQ=255) gTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAGAGTGAGTTTATCTCTTCTCCGGGATCg < 1:3547692/71‑1 (MQ=255) aaCGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAGAGTGAGTTTATCTCTTCTCCGGGATCGTg > 1:1387371/1‑71 (MQ=255) aaCGATGGTAGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAGAGTGAGTTTATCTCTTCTCCGGGATCGTg > 1:2714381/1‑71 (MQ=255) cGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAGAGTGAGTTTAt < 1:1273196/51‑1 (MQ=255) gATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAGAGTGAGTTTAt > 1:598155/1‑50 (MQ=255) gATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAGAGTGAGTTTATCtctt > 1:2026657/1‑55 (MQ=255) tGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAGAGTGAGTTTATCTCTTCTCCGGGATCGTGGCCg > 1:2929576/1‑70 (MQ=255) ggTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAGAGTGAGTTTATCTCTTCTCCGGGATCGTGGCCGc < 1:3366461/70‑1 (MQ=255) gTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAGAGTGAGTTTATCTCTTCTCCGGGATCGTGGCCGCa < 1:5256069/70‑1 (MQ=255) gTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAGAGTGAGTTTATCTCTTCTCCGGGATCGTGGCCGCa < 1:2008605/70‑1 (MQ=255) gTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAGAGTGAGTTTATCTCTTCTCCGGGATCGTGGCCGCa < 1:2674231/70‑1 (MQ=255) gTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAGAGTGAGTGTATCTCTTCTCCGGGATCGTGGCCg < 1:6515075/68‑1 (MQ=255) gCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAGAGTGAGTTTATCTCTTCTCCGGGATCGTGGCCGCAGGc < 1:1063654/70‑1 (MQ=255) gCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAGAGTGAGTTTATCTCTTCTCCGGGATCGTGGCCGCAGGc > 1:2179417/1‑70 (MQ=255) gCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAGAGTGAGTTTATCTCTTCTCCGGGATCGTGGCCGCAGGc > 1:644551/1‑70 (MQ=255) cTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAGAGTGAGTTTAtct > 1:7206660/1‑44 (MQ=255) cTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAGAGTGAGTTTATCTCTTCTCCGGGATCGTGGCCGCAGGCaa > 1:3167366/1‑71 (MQ=255) tGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAGAGTGAGTTTATCTCTTCTCCg > 1:5656789/1‑50 (MQ=255) tGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAGAGTGAGTTTATCTCTTCTCCg > 1:6043566/1‑50 (MQ=255) gCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAGAGTGAGTTTATCTCTTCTCCGGGATCGTGGCCGCAGGCAATgc > 1:5668258/1‑71 (MQ=255) | GTAACAAGTAACAGGCAGGTATTCCTCGAAGCGGAACGCTTTGACTGCAAAGGTAACGATGGTCGCTTGCCTATTGTGTCGCTGGAGGCGGTGCAGAGTGAGTTTATCTCTTCTCCGGGATCGTGGCCGCAGGCAATGC > AP009048/4627244‑4627382 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |