| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | 713380 = | 34 (0.680) | 52 (1.130) | 37/94 | NT | 63.3% | intergenic (‑156/‑29) | ybfF/seqA | conserved hypothetical protein/regulatory protein for replication initiation |
| ? | AP009048 | = 4125338 | 29 (0.630) | coding (836/837 nt) | dam | DNA adenine methylase | |||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
AGTTTTTCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGCTATA > AP009048/713311‑713448 | cacacgtaaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataat < 1:3174088‑M1/2‑1 (MQ=255) gTTTTTCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTAtt > 1:3539905/1‑71 (MQ=255) acacgtaaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataat < 1:2045864‑M1/2‑1 (MQ=255) tttttCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTa < 1:2926928/68‑1 (MQ=255) cacgtaaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataAtt < 1:1726336‑M1/3‑1 (MQ=255) ttttCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTAtt > 1:1941041/1‑69 (MQ=255) acgtaaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataAtt < 1:3938842‑M1/3‑1 (MQ=255) tttCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAg > 1:2909728/1‑71 (MQ=255) ttCTGCAAGCAAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGc > 1:1656989/1‑71 (MQ=255) cTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCt < 1:3541742/70‑1 (MQ=255) cTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCt < 1:3198503/70‑1 (MQ=255) cTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCt < 1:3746445/70‑1 (MQ=255) cTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCt > 1:2106831/1‑70 (MQ=255) aaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCt < 1:3658980‑M1/8‑1 (MQ=255) aaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCa < 1:1721534‑M1/5‑1 (MQ=255) aaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTa > 1:4395300‑M1/62‑70 (MQ=255) gCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTAtt < 1:2010434/63‑1 (MQ=255) aaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAg > 1:419368‑M1/61‑71 (MQ=255) cAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGa > 1:939088/1‑71 (MQ=255) aaGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGa > 1:4537319/1‑70 (MQ=255) aGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGaca < 1:1754081/71‑1 (MQ=255) gCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGacac > 1:1348939/1‑71 (MQ=255) gaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGAcactgcact < 1:4310501‑M1/21‑1 (MQ=255) aactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGAcactgcactg < 1:753494‑M1/22‑1 (MQ=255) actgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTc > 1:2236747‑M1/49‑52 (MQ=255) actgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCt < 1:2911606‑M1/8‑1 (MQ=255) ctgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGacac < 1:3959625‑M1/15‑1 (MQ=255) gctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGAt < 1:2318786‑M1/25‑1 (MQ=255) gctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGAt < 1:3382843‑M1/25‑1 (MQ=255) cGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAg > 1:2369647/1‑51 (MQ=255) cGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAg > 1:2359233/1‑51 (MQ=255) gCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTa < 1:1456035/71‑1 (MQ=255) ctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGAtt < 1:1806268‑M1/26‑1 (MQ=255) tggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCa > 1:4190234‑M1/44‑48 (MQ=255) ggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGAcact < 1:3507058‑M1/16‑1 (MQ=255) tCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGAt < 1:903779/71‑1 (MQ=255) tttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGAt < 1:4223820‑M1/31‑1 (MQ=255) tgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATg > 1:3041808‑M1/38‑69 (MQ=255) acaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAAc < 1:1003140‑M1/37‑1 (MQ=255) ccGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAAc > 1:3063734/1‑70 (MQ=255) ccGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACg < 1:4434358/71‑1 (MQ=255) caaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGaaaa < 1:431329‑M1/36‑1 (MQ=255) caaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAAc < 1:3892385‑M1/37‑1 (MQ=255) caaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAAc < 1:349544‑M1/37‑1 (MQ=255) caaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAAc < 1:3439299‑M1/37‑1 (MQ=255) cGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGa < 1:3767479/71‑1 (MQ=255) gggATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGAt > 1:190098/1‑71 (MQ=255) accaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGAtt < 1:3638232‑M1/41‑1 (MQ=255) accaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGAtt < 1:1757810‑M1/41‑1 (MQ=255) caggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTg < 1:4143455‑M1/42‑1 (MQ=255) tttATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGa < 1:4037921/70‑1 (MQ=255) ttATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGa > 1:758255/1‑59 (MQ=255) agtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGacac < 1:237014‑M1/15‑1 (MQ=255) ttCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGtt < 1:4110451/70‑1 (MQ=255) gtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGAcactgc < 1:1344326‑M1/18‑1 (MQ=255) gtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTa > 1:2159816‑M1/24‑50 (MQ=255) gtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGtt < 1:1994727‑M1/47‑1 (MQ=255) gtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGtt < 1:141621‑M1/47‑1 (MQ=255) tcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGAcactgcact > 1:4588514‑M1/23‑43 (MQ=255) tcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAAc > 1:2359504‑M1/23‑59 (MQ=255) cgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgat < 1:2861906‑M1/50‑1 (MQ=255) cATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtga < 1:246218/70‑1 (MQ=255) gtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGAcactg > 1:3346223‑M1/21‑37 (MQ=255) atatACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGAcactgca > 1:3546737/1‑39 (MQ=255) atatACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgat < 1:2556884/70‑1 (MQ=255) ataCTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGAcactgc < 1:1049942/36‑1 (MQ=255) tcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACg < 1:245619‑M1/38‑1 (MQ=255) tcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgatgat > 1:2101154‑M1/18‑70 (MQ=255) tcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgatgat < 1:4527961‑M1/53‑1 (MQ=255) tcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgatgat > 1:1856581‑M1/18‑70 (MQ=255) tcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgatgat < 1:1771449‑M1/53‑1 (MQ=255) tcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgatgat < 1:249279‑M1/53‑1 (MQ=255) taCTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGAcactgcac > 1:1880050/1‑37 (MQ=255) cacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTg > 1:2446264‑M1/17‑58 (MQ=255) ccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAAct < 1:1405294‑M1/58‑1 (MQ=255) acgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGaa < 1:1052163‑M1/56‑1 (MQ=255) cgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAActc < 1:4454403‑M1/59‑1 (MQ=255) cTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGaa > 1:4396322/1‑68 (MQ=255) cTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAActc < 1:3721074/71‑1 (MQ=255) cTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAActc > 1:2427290/1‑71 (MQ=255) gcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgatg > 1:559606‑M1/12‑62 (MQ=255) gcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAActct > 1:2413532‑M1/12‑71 (MQ=255) gcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAActc < 1:3622268‑M1/59‑1 (MQ=255) cgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTa < 1:1626805‑M1/61‑1 (MQ=255) aaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGaa > 1:835267‑M1/8‑41 (MQ=255) aaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAg < 1:1361344‑M1/64‑1 (MQ=255) aaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAActc > 1:1048446‑M1/7‑65 (MQ=255) aCTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGaa < 1:1796520/40‑1 (MQ=255) cTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGc > 1:2742061/1‑70 (MQ=255) aaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTg > 1:3151213‑M1/6‑47 (MQ=255) aaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGCt > 1:2699948‑M1/6‑71 (MQ=255) ttGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgatgatg < 1:1082405/58‑1 (MQ=255) aataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgatga > 1:4145231‑M1/5‑56 (MQ=255) gTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGaa < 1:316262/46‑1 (MQ=255) gTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAg > 1:1405131/1‑47 (MQ=255) gTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGCtata > 1:3919364/1‑71 (MQ=255) gTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGCtata > 1:1141566/1‑71 (MQ=255) gTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATCGAAGTTGATGATGAACTCTACAGCtata > 1:2173534/1‑71 (MQ=255) tATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgatgatg < 1:2979660/55‑1 (MQ=255) ATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAg < 1:1148419‑M1/45‑1 (MQ=255) | AGTTTTTCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGCTATA > AP009048/713311‑713448 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |