| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | = 2412225 | NA (NA) | 67 (1.340) | 46/102 | NT | 94.4% | intergenic (‑55/‑782) | insA/yfbQ | IS1 element protein/predicted aminotransferase |
| ? | AP009048 | = 3748805 | 4 (0.080) | coding (176/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity | |||||
Only 100 of 151 total aligned reads displayed.
CCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAGGCACC > AP009048/3748736‑3748875 | ccGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAg > 1:899318‑M2/1‑70 (MQ=255) caaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaataa < 1:3380503‑M1/13‑1 (MQ=255) aTTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt < 1:3356267‑M2/70‑4 (MQ=255) aTTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt < 1:1808541‑M2/70‑4 (MQ=255) aaTCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatg > 1:311493‑M2/1‑63 (MQ=255) tcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCgg > 1:1338357‑M1/54‑71 (MQ=255) aTCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgct > 1:2468881‑M2/1‑62 (MQ=255) tCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctg < 1:1690443‑M2/71‑11 (MQ=255) catcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCgg < 1:2996192‑M1/18‑1 (MQ=255) atcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCcgt < 1:1176561‑M1/18‑2 (MQ=255) tttGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgc < 1:55759‑M2/70‑12 (MQ=255) cgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAAt < 1:3651603‑M1/21‑1 (MQ=255) gggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATg > 1:4036614‑M1/49‑70 (MQ=255) tGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaactt > 1:1545168‑M2/1‑54 (MQ=255) cattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGc > 1:3924462‑M1/46‑71 (MQ=255) aTGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttac < 1:2464647‑M2/71‑20 (MQ=255) tatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCAt < 1:4125060‑M1/28‑1 (MQ=255) tatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCAt < 1:631006‑M1/28‑1 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataaca > 1:2985610‑M1/42‑50 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCAtt > 1:652991‑M1/42‑70 (MQ=255) tctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTg < 1:1622237‑M1/30‑1 (MQ=255) tctgaacataaaacactatcaataagctggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTg > 1:1179913‑M1/41‑70 (MQ=255) gtgtTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactga > 1:248457‑M2/1‑49 (MQ=255) gtTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgat < 1:2136674‑M2/70‑24 (MQ=255) ttAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatt < 1:3827380‑M2/70‑25 (MQ=255) ttAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatt < 1:139475‑M2/70‑25 (MQ=255) ttAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatt > 1:2614241‑M2/1‑46 (MQ=255) tAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactg > 1:2859590‑M2/1‑45 (MQ=255) 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1:1548200‑M2/1‑32 (MQ=255) gACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaactta > 1:3904259‑M2/1‑32 (MQ=255) atcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAg > 1:4606322‑M1/24‑48 (MQ=255) atcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAg > 1:3510322‑M1/24‑48 (MQ=255) aCGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgt < 1:1735076‑M2/71‑41 (MQ=255) cGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgt < 1:1247746‑M2/60‑31 (MQ=255) gggATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttt < 1:262659‑M2/71‑43 (MQ=255) taagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGAt < 1:747469‑M1/52‑1 (MQ=255) taagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa > 1:1858984‑M1/19‑71 (MQ=255) gATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 1:2940029‑M2/1‑27 (MQ=255) aagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGaa < 1:1879905‑M1/20‑1 (MQ=255) aTAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:2004066‑M2/1‑26 (MQ=255) tAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgattt > 1:1482847‑M2/1‑25 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaa > 1:2447891‑M1/17‑70 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaa > 1:4345169‑M1/17‑70 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaa > 1:3057099‑M1/17‑70 (MQ=255) aaTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgag < 1:4237507‑M2/71‑48 (MQ=255) ttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAgg < 1:572700‑M1/57‑1 (MQ=255) aTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgagg > 1:4555488‑M2/1‑23 (MQ=255) aTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatg < 1:492859‑M2/59‑37 (MQ=255) aTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaact > 1:4190338‑M2/1‑23 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatga < 1:3870004‑M2/54‑35 (MQ=255) 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1:1628770‑M2/1‑6 (MQ=255) taacaataacCCGGAATGAAGCGTTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAgg > 1:894359/1‑71 (MQ=255) taaCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgt < 1:2761667‑M2/71‑67 (MQ=255) taaCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgt > 1:280826‑M2/1‑5 (MQ=255) aacaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGAT‑AAGGCACCCCAGAAAAACCAGGCa > 1:2274270/1‑71 (MQ=255) aaCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggt < 1:2365087‑M2/42‑39 (MQ=255) aggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttct > 1:4440314‑M2/1‑1 (MQ=255) aggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtt > 1:1654999‑M2/1‑1 (MQ=255) aggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggt < 1:2925017‑M2/39‑39 (MQ=255) | CCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAGGCACC > AP009048/3748736‑3748875 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |