| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | Exported | 436259 = | 48 (0.780) | 66 (1.170) | 29/92 | NT | 63.7% | intergenic (‑156/‑29) | ybfF/seqA | conserved hypothetical protein/regulatory protein for replication initiation |
| ? | Exported | = 2706018 | 31 (0.550) | coding (836/837 nt) | dam | DNA adenine methylase | |||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
GAGTTTTTCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGCTATATT > Exported/436189‑436329 | gcacacgtaaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataa < 1:1060937‑M1/1‑1 (MQ=255)gcacacgtaaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataa > 1:770707‑M1/71‑71 (MQ=255)gAGTTTTTCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTa > 1:1426567/1‑71 (MQ=255) aGTTTTTCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTAt < 1:400536/71‑1 (MQ=255) gTTTTTCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTAtt > 1:3400331/1‑71 (MQ=255) gTTTTTCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTAtt > 1:2651305/1‑71 (MQ=255) acacgtaaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataAtt < 1:2906349‑M1/3‑1 (MQ=255) acacgtaaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataAtt < 1:1475844‑M1/3‑1 (MQ=255) acgtaaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTc < 1:3008721‑M1/4‑1 (MQ=255) tttCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAg > 1:2468741/1‑71 (MQ=255) ttCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAg < 1:953746/70‑1 (MQ=255) gtaaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataa < 1:2293090‑M1/1‑1 (MQ=255) gtaaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGc > 1:1377773‑M1/65‑71 (MQ=255) gtaaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGc < 1:3679034‑M1/7‑1 (MQ=255) tCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGc > 1:1810726/1‑70 (MQ=255) cTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCt < 1:69992/70‑1 (MQ=255) aaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGa > 1:3111100‑M1/60‑71 (MQ=255) aaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGa < 1:3489185‑M1/12‑1 (MQ=255) gtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGacac > 1:1187838‑M1/57‑71 (MQ=255) ctggCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGAcactg > 1:2650203/3‑71 (MQ=255) ctggCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGAcactg > 1:535506/3‑71 (MQ=255) gacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCt > 1:121612‑M1/54‑61 (MQ=255) cgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGAcactgcac < 1:1657033‑M1/20‑1 (MQ=255) ttGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGAcactgcactg > 1:3726244/1‑71 (MQ=255) ttGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGAcactgcactg > 1:1479285/1‑71 (MQ=255) ctgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTc < 1:1553849‑M1/4‑1 (MQ=255) gctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataa < 1:3426311‑M1/1‑1 (MQ=255) gctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataa < 1:3297204‑M1/1‑1 (MQ=255) gctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataa < 1:2476429‑M1/1‑1 (MQ=255) cTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTaa < 1:2389911/71‑1 (MQ=255) gctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGAcactg < 1:1634739‑M1/17‑1 (MQ=255) gctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTaa > 1:1582643‑M1/42‑69 (MQ=255) gctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTaa > 1:378735‑M1/42‑69 (MQ=255) gctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTaa > 1:3466894‑M1/42‑69 (MQ=255) gctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTaa > 1:1288448‑M1/42‑69 (MQ=255) tttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCt > 1:948464‑M1/40‑47 (MQ=255) ccGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTa > 1:2070099/1‑40 (MQ=255) ttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCt > 1:3166824‑M1/39‑46 (MQ=255) gtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGaa > 1:3687833‑M1/37‑70 (MQ=255) gtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGaa > 1:1226192‑M1/37‑70 (MQ=255) tacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataat < 1:2976529‑M1/2‑1 (MQ=255) tacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataAtt > 1:3601504‑M1/36‑38 (MQ=255) tacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataAtt > 1:850443‑M1/36‑38 (MQ=255) gCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGAcact > 1:3254637/1‑50 (MQ=255) gCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGAcact > 1:2933075/1‑50 (MQ=255) gCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGAcact > 1:2593401/1‑50 (MQ=255) gggATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGaca > 1:1577020/1‑45 (MQ=255) aTTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGa < 1:2308467/58‑1 (MQ=255) ggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAg > 1:911307‑M1/27‑71 (MQ=255) ggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAg > 1:2339178‑M1/27‑71 (MQ=255) tATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGt > 1:724900/1‑71 (MQ=255) gtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGtt < 1:3608947‑M1/47‑1 (MQ=255) gtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtg > 1:3032987‑M1/24‑71 (MQ=255) tcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTTCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtga < 1:3073717‑M1/49‑1 (MQ=255) tcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtga > 1:3218480‑M1/23‑71 (MQ=255) gtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTaa < 1:2615717‑M1/28‑1 (MQ=255) gtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTaa < 1:3161979‑M1/28‑1 (MQ=255) gtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgat < 1:2768431‑M1/50‑1 (MQ=255) atatACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgat > 1:3813775/1‑70 (MQ=255) atatACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgat > 1:1334954/1‑70 (MQ=255) ttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgatgat < 1:2880513‑M1/53‑1 (MQ=255) tcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTg < 1:3243408‑M1/42‑1 (MQ=255) tcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTg < 1:2662274‑M1/42‑1 (MQ=255) tcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTg < 1:1696520‑M1/42‑1 (MQ=255) tcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgatga < 1:1726543‑M1/52‑1 (MQ=255) tcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgatg < 1:2061715‑M1/51‑1 (MQ=255) taCTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGAtt > 1:547636/1‑58 (MQ=255) taCTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGAtt > 1:1507118/1‑58 (MQ=255) taCTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGAtt > 1:3555255/1‑58 (MQ=255) taCTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgaagat > 1:2112018/1‑70 (MQ=255) cacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGaaaa < 1:441532‑M1/36‑1 (MQ=255) cacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGaaaa < 1:3497707‑M1/36‑1 (MQ=255) ccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAAct > 1:693062‑M1/14‑71 (MQ=255) ccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAAct < 1:2697972‑M1/58‑1 (MQ=255) cTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGa > 1:1785681/1‑42 (MQ=255) tGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGa < 1:3577357/54‑1 (MQ=255) tGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGa < 1:3763445/54‑1 (MQ=255) gcgaaaaaataATTCAGCTAAGCCACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAActc < 1:29244‑M1/59‑1 (MQ=255) gcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGa < 1:1132361‑M1/39‑1 (MQ=255) gcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAActc < 1:2221739‑M1/59‑1 (MQ=255) cgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTa < 1:3222361‑M1/61‑1 (MQ=255) cgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTa < 1:3111756‑M1/61‑1 (MQ=255) gaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATg > 1:510647‑M1/10‑41 (MQ=255) gaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTa < 1:3041188‑M1/61‑1 (MQ=255) gaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTa < 1:634147‑M1/61‑1 (MQ=255) aaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgatgatg > 1:431175‑M1/8‑61 (MQ=255) aaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAAc < 1:3652892‑M1/37‑1 (MQ=255) aaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGaa < 1:3134492‑M1/56‑1 (MQ=255) aCTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAAc < 1:3782763/63‑1 (MQ=255) aCTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAAc < 1:1455824/63‑1 (MQ=255) aCTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAAc < 1:3007531/63‑1 (MQ=255) ttGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAActc > 1:1992474/1‑63 (MQ=255) ttGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGCta > 1:1058825/1‑71 (MQ=255) ttGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGCta > 1:642164/1‑71 (MQ=255) ttGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGCt > 1:2380124/1‑70 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |