| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | = 2139625 | 52 (0.920) | 4 (0.080) | 4/92 | NT | 8.3% | intergenic (‑245/‑414) | wza/yegH | lipoprotein required for capsular polysaccharide translocation through the outer membrane/fused predicted membrane proteins |
| ? | AP009048 | = 2139640 | 42 (0.830) | intergenic (‑260/‑399) | wza/yegH | lipoprotein required for capsular polysaccharide translocation through the outer membrane/fused predicted membrane proteins | |||||
AGACACGCTACCGCCCCTGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGT > AP009048/2139556‑2139693 | aGACACGCTACCGCCCCTGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAg < 1:4110055/71‑1 (MQ=255)aGACACGCTACCGCCCCTGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAg < 1:4115900/71‑1 (MQ=255)aGACACGCTACCGCCCCTGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAg < 1:4557114/71‑1 (MQ=255) gACACGCTACCGCCCCTGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGc < 1:633021/71‑1 (MQ=255) acacGCTACCGCCCCTGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCa > 1:812571/1‑71 (MQ=255) cTACCGCCCCTGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAg < 1:4916954/71‑1 (MQ=255) tACCGCCCCTGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGt > 1:1118750/1‑71 (MQ=255) cGCCCCTGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGt < 1:3562307/71‑1 (MQ=255) cGCCCCTGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGt > 1:2945993/1‑71 (MQ=255) gCCCCTGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGtt > 1:4146591/1‑71 (MQ=255) gCCCCTGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGtt > 1:3761107/1‑71 (MQ=255) cccTGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAtcaacgactgcatgc < 1:4345265‑M1/71‑16 (MQ=255) cccTGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTtga < 1:1558148/71‑1 (MQ=255) cccTGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTtga < 1:1573216/71‑1 (MQ=255) cccTGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTtga > 1:2712183/1‑71 (MQ=255) tGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTtg < 1:2823504/67‑1 (MQ=255) tGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTtg < 1:4324242/67‑1 (MQ=255) ggCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGAt < 1:4732103‑M2/68‑2 (MQ=255) gCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAtcaacgactgcatgctga < 1:3068538‑M1/69‑19 (MQ=255) gCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGAtgaga > 1:271295‑M2/1‑66 (MQ=255) cTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGAtgag < 1:3776577‑M2/69‑5 (MQ=255) tttttAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAtcaacgactgcatgct < 1:5045203‑M1/65‑17 (MQ=255) tttttAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGAtgaga < 1:537495‑M2/69‑6 (MQ=255) ttttAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCAt < 1:4828909/52‑1 (MQ=255) tttAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGaaa < 1:3841791/69‑1 (MQ=255) tttAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAgg > 1:2818365/1‑71 (MQ=255) tttAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAgg > 1:2327925/1‑71 (MQ=255) tttAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAg < 1:3743137/70‑1 (MQ=255) ttAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTc < 1:4958160/56‑1 (MQ=255) ttAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAggg > 1:2427634/1‑71 (MQ=255) tAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGc > 1:4505248/1‑47 (MQ=255) aGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCA < 1:846788‑M1/44‑1 (MQ=255) cTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGc > 1:1300101/1‑44 (MQ=255) tACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGttat > 1:1676207/1‑70 (MQ=255) ccAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAtcaacgactgcatgctgagagggtgtgaaa < 1:3419615‑M1/69‑31 (MQ=255) ccAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTc < 1:3502048/49‑1 (MQ=255) cAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACg < 1:2447712/71‑1 (MQ=255) cAATACACTGATTTAGTATAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACg > 1:2080253/1‑71 (MQ=255) aTACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAg < 1:98395/37‑1 (MQ=255) aTACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGAtgaga < 1:2731322‑M2/56‑6 (MQ=255) aTACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGtta > 1:403550/1‑64 (MQ=255) aTACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACgg > 1:3176609/1‑70 (MQ=255) aTACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTAGTTGAtgaga < 1:3422107‑M2/56‑6 (MQ=255) tACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGAt < 1:1566866‑M2/51‑2 (MQ=255) tACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGa > 1:5172690/1‑70 (MQ=255) cacTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAAt > 1:3292412/1‑71 (MQ=255) cacTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAAt > 1:29323/1‑71 (MQ=255) cacTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAAt > 1:1899997/1‑71 (MQ=255) acTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAgg > 1:1448496/1‑56 (MQ=255) acTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAAtt < 1:2843047/71‑1 (MQ=255) tGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTaa > 1:1765432/1‑71 (MQ=255) aTTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGTAGTCGTTGATGAGAAAGGGttatt < 1:320443/58‑1 (MQ=255) aTTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGa > 1:4461581/1‑63 (MQ=255) aTTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACt < 1:2607308/71‑1 (MQ=255) ttAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTtga > 1:2645013/1‑41 (MQ=255) ttAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGAt > 1:1327638‑M2/1‑41 (MQ=255) ttAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGttatt < 1:4373246/56‑1 (MQ=255) ttAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTc > 1:5039114/1‑71 (MQ=255) ttAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTc > 1:915801/1‑71 (MQ=255) gTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCg < 1:2520103/70‑1 (MQ=255) tttAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGtt < 1:427103/35‑1 (MQ=255) tttAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGttatt < 1:2514115/52‑1 (MQ=255) tttAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACg < 1:4363214/55‑1 (MQ=255) tttAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACg < 1:4942073/55‑1 (MQ=255) tAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTc > 1:4575358/1‑65 (MQ=255) tAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGAAGTCGTTGATGAGaaa > 1:1115677/1‑42 (MQ=255) aTTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAata < 1:63411/69‑1 (MQ=255) aTTTTTCACAACCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAatat < 1:2672407/70‑1 (MQ=255) tttttCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAAtata < 1:1068743/70‑1 (MQ=255) ttttCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAAg > 1:2147483/1‑71 (MQ=255) tttCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGAtgagagggtgtgaaaaattaaactaaatcagtgtattgg < 1:3419615‑M2/69‑40 (MQ=255) tttCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGa > 1:4989218/1‑63 (MQ=255) tttCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAAg > 1:1076807/1‑70 (MQ=255) cccTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGaa > 1:3739681/1‑57 (MQ=255) cccTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACAt > 1:813932/1‑70 (MQ=255) tctcAtcaactactgcatgctgagagggtgtgaaaaattaaactaaatcagtgtat < 1:3422107‑M1/56‑52 (MQ=255) tctcAtcaacgactgcatgctgagagggtgtgaaaaattaaactaaatcagtgtattggtagctaaaaagc > 1:271295‑M1/1‑5 (MQ=255) tctcAtcaacgactgcatgctgagagggtgtgaaaaattaaactaaatcagtgtattggtagctaaaaa < 1:537495‑M1/69‑65 (MQ=255) tctcAtcaacgactgcatgctgagagggtgtgaaaaattaaactaaatcagtgtat < 1:2731322‑M1/56‑52 (MQ=255) ctcAtcaacgactgcatgctgagagggtgtgaaaaattaaactaaatcagtgtattggtagctaaaaag < 1:3776577‑M1/69‑66 (MQ=255) ctcAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGa < 1:3620333/39‑1 (MQ=255) tcAGCATGCAGTCGTTGAtgagagggtgtgaaaaattaaactaaatcagtgtattggtagctaaaaagc < 1:3068538‑M2/69‑52 (MQ=255) tcAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATgg > 1:508727/1‑70 (MQ=255) tcAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATgg > 1:2877532/1‑70 (MQ=255) cAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGt > 1:4138913/1‑70 (MQ=255) atcaacgactgcatgctgagagggtgtgaaaaattaaactaaatcagtgtattggtagctaaaaagcc < 1:4732103‑M1/68‑68 (MQ=255) atcaacgactgcatgctgagagggtgtgaaaaattaaactaaatcagtgta < 1:1566866‑M1/51‑51 (MQ=255) atcaacgactgcatgctgagagggtgtgaaaaattaaactaa > 1:1327638‑M1/1‑1 (MQ=255) aGCATGCAGTCGTTGAtgagagggtgtgaaaaattaaactaaatcagtgtattggtagctaaaaa < 1:5045203‑M2/65‑50 (MQ=255) aGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAAc < 1:875199/43‑1 (MQ=255) | AGACACGCTACCGCCCCTGGCTTTTTAGCTACCAATACACTGATTTAGTTTAATTTTTCACACCCTCTCAGCATGCAGTCGTTGATGAGAAAGGGTTATTACGGAAATTAACTTCCGAATATAAGGTGACATTATGGT > AP009048/2139556‑2139693 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |