| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | Exported | = 436833 | 114 (1.070) | 150 (1.410) | 39/98 | NT | 57.1% | coding (546/546 nt) | seqA | regulatory protein for replication initiation |
| ? | Exported | 1803907 = | 111 (1.040) | intergenic (+63/‑28) | ygaH/mprA | predicted inner membrane protein/DNA‑binding transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 319 total aligned reads displayed.
TATATAACCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTC > Exported/1803838‑1803977 | atataACCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCgg > 1:6291243/1‑71 (MQ=255) acacatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGa < 1:1783699‑M2/7‑1 (MQ=255) aaCCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTg > 1:2519625/1‑70 (MQ=255) cacatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGaa < 1:1952967‑M2/8‑1 (MQ=255) cacatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGaa < 1:5659675‑M2/8‑1 (MQ=255) cacaAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAAtt < 1:6085828/71‑1 (MQ=255) cacaAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAAtt < 1:6922337/71‑1 (MQ=255) atcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAAt > 1:4300054‑M2/61‑70 (MQ=255) atcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAAt > 1:3743547‑M2/61‑70 (MQ=255) tcatgcagtcgatgcaattcccgtcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTa < 1:1441355‑M2/12‑1 (MQ=255) tcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTa < 1:4996969‑M2/12‑1 (MQ=255) catgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTa < 1:5806863‑M2/12‑1 (MQ=255) atgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAAt > 1:3980688‑M2/58‑71 (MQ=255) aGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGc > 1:1529599/1‑60 (MQ=255) aGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAAt > 1:1654666/1‑70 (MQ=255) aGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATg < 1:5577895/71‑1 (MQ=255) aTTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCa < 1:2808145/71‑1 (MQ=255) tttttCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCa < 1:1988389/70‑1 (MQ=255) tttttCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAACGAGGTCa < 1:1192091/70‑1 (MQ=255) gatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCa < 1:5154802‑M2/21‑1 (MQ=255) atgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCa < 1:5470543‑M2/21‑1 (MQ=255) tttCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGaaaat > 1:6678442/1‑56 (MQ=255) tttCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAAtt > 1:3219215/1‑58 (MQ=255) tgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTaa > 1:4532147‑M2/48‑60 (MQ=255) tCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATAcc > 1:1717810/1‑70 (MQ=255) tAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAAt < 1:6016944/57‑1 (MQ=255) ttcccggcggaattgattgagaaggtttgggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCa > 1:6368197‑M2/42‑62 (MQ=255) aaaCAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATa > 1:1086927/1‑64 (MQ=255) aaaCAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCaa < 1:1844437/69‑1 (MQ=255) cccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATg > 1:1468127‑M2/41‑71 (MQ=255) ccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTa > 1:6599374‑M2/40‑51 (MQ=255) ccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATg > 1:5622539‑M2/40‑70 (MQ=255) ggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATg < 1:5514217‑M2/15‑1 (MQ=255) ggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATg < 1:4461211‑M2/15‑1 (MQ=255) ggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATg < 1:707751‑M2/15‑1 (MQ=255) cATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGt < 1:6528919/52‑1 (MQ=255) cATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGt < 1:6549570/52‑1 (MQ=255) cATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCaaa > 1:3204430/1‑62 (MQ=255) cATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCaaa > 1:3254607/1‑62 (MQ=255) cATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCaaa > 1:6400865/1‑62 (MQ=255) aTTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTc < 1:2306745/71‑1 (MQ=255) aTTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTc < 1:3069208/71‑1 (MQ=255) ttgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTaa > 1:3094691‑M2/31‑43 (MQ=255) ttgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTaa > 1:3448353‑M2/31‑43 (MQ=255) ttgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGt < 1:3184019‑M2/41‑1 (MQ=255) ttgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGt < 1:1752626‑M2/41‑1 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCa > 1:3923721‑M2/29‑49 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCa > 1:2666402‑M2/29‑49 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCa > 1:5212804‑M2/29‑49 (MQ=255) attgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:2069204‑M2/42‑1 (MQ=255) attgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTa < 1:4123999‑M2/44‑1 (MQ=255) tttATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAAtt < 1:544191/37‑1 (MQ=255) ttgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCaaa > 1:563183‑M2/27‑55 (MQ=255) ttgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCaaa > 1:4537951‑M2/27‑55 (MQ=255) ttgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCaaa > 1:4605317‑M2/27‑55 (MQ=255) ttATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACg > 1:1011271/1‑71 (MQ=255) tgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACg > 1:5114957‑M2/26‑71 (MQ=255) gagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAAt < 1:3844733‑M2/14‑1 (MQ=255) tttGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGcc < 1:1383416/70‑1 (MQ=255) tttGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGcc < 1:4366243/70‑1 (MQ=255) tttGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGcc < 1:6615801/70‑1 (MQ=255) gaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATg < 1:6726692‑M2/15‑1 (MQ=255) ttGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCa < 1:6241333/48‑1 (MQ=255) aggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCa > 1:1557246‑M2/21‑41 (MQ=255) aggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCa > 1:638909‑M2/21‑41 (MQ=255) ttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCaaa > 1:1303993‑M2/17‑45 (MQ=255) ttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCaaa > 1:1897479‑M2/17‑45 (MQ=255) tgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGAt < 1:808752‑M2/34‑1 (MQ=255) tgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGAt < 1:2422286‑M2/34‑1 (MQ=255) tgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGAt < 1:3672974‑M2/34‑1 (MQ=255) tGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCa < 1:2215689/41‑1 (MQ=255) tGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCa < 1:2823109/41‑1 (MQ=255) tGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCa < 1:363575/41‑1 (MQ=255) cggaactatgtaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACaa < 1:6801606‑M2/58‑1 (MQ=255) cggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACaa < 1:2466149‑M2/58‑1 (MQ=255) cggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACaa < 1:3310832‑M2/58‑1 (MQ=255) tctttACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACa < 1:2994929/66‑1 (MQ=255) tCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:2874350/54‑1 (MQ=255) tCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAAc < 1:4073343/68‑1 (MQ=255) gaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGa < 1:4635920‑M2/33‑1 (MQ=255) gaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGa < 1:3372135‑M2/33‑1 (MQ=255) cGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAAt > 1:4816596/1‑71 (MQ=255) gTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:5022386/52‑1 (MQ=255) aCTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGc > 1:2931225/1‑69 (MQ=255) cTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCg < 1:2596669/46‑1 (MQ=255) cTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCg < 1:6329013/46‑1 (MQ=255) atctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTa > 1:5315004‑M2/7‑70 (MQ=255) tctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTaa < 1:1491010‑M2/65‑1 (MQ=255) ctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGa > 1:6193646‑M2/5‑37 (MQ=255) ctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGa > 1:5886148‑M2/5‑37 (MQ=255) ctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGa > 1:2763313‑M2/5‑37 (MQ=255) ctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGa > 1:1602267‑M2/5‑37 (MQ=255) ctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTaaaa > 1:1559854‑M2/5‑71 (MQ=255) tatCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTaaa < 1:6869049/69‑1 (MQ=255) atCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAtt > 1:4321190/1‑71 (MQ=255) aaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAtt > 1:5707935‑M2/3‑71 (MQ=255) aCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTa > 1:4672716‑M2/2‑45 (MQ=255) aCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAtt < 1:4892992‑M2/69‑1 (MQ=255) aCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAt < 1:4268450‑M2/68‑1 (MQ=255) cGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTc < 1:2157851/71‑1 (MQ=255) | TATATAACCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTTC > Exported/1803838‑1803977 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |