| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | = 4547465 | 51 (0.870) | 3 (0.060) | 3/90 | NT | 6.2% | intergenic (+152/‑330) | fimE/fimA | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA/major type 1 subunit fimbrin |
| ? | AP009048 | = 4547479 | 45 (0.870) | intergenic (+166/‑316) | fimE/fimA | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA/major type 1 subunit fimbrin | |||||
TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGCA > AP009048/4547401‑4547534 | tttttCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTa > 1:108991/1‑71 (MQ=255)tttttCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTa > 1:4231685/1‑71 (MQ=255) ttttCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTAt > 1:1009681/1‑71 (MQ=255) ttttCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTAt > 1:2028208/1‑71 (MQ=255) ttttCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTAt > 1:1777915/1‑71 (MQ=255) ttttCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTA > 1:1872306‑M1/1‑64 (MQ=255) ctcAAGCATAAAAATATTAAAACACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGt < 1:3906806/70‑1 (MQ=255) aaGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTa < 1:2296487/68‑1 (MQ=255) aaGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAaat > 1:2830406/1‑71 (MQ=255) aaGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAaat < 1:1757907/71‑1 (MQ=255) gCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAattatt > 1:2235510/1‑57 (MQ=255) gCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATta > 1:265565‑M2/1‑69 (MQ=255) gCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATt < 1:2747869‑M2/70‑2 (MQ=255) cATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATtaa < 1:490449‑M2/71‑4 (MQ=255) aaaaaTATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAattat < 1:2391315/52‑1 (MQ=255) aaaaaTATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAaat > 1:4322902/1‑65 (MQ=255) aaaTATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTca > 1:3359703/1‑71 (MQ=255) aaaTATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTA > 1:2939205‑M1/1‑49 (MQ=255) tatTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTAatttacaatagaaat > 1:2155879‑M1/1‑46 (MQ=255) atTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACAt > 1:3449101/1‑70 (MQ=255) ttAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGt < 1:1219489/54‑1 (MQ=255) ttAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTcaca < 1:2569909/68‑1 (MQ=255) tAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCAc > 1:5322744/1‑71 (MQ=255) aaaaaCGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATt < 1:795013‑M2/56‑2 (MQ=255) aaaaaCGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCAcc < 1:3240860/70‑1 (MQ=255) aCGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATt > 1:4102539‑M2/1‑51 (MQ=255) cGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTAatttacaatagaaataatttac > 1:4992172‑M1/1‑36 (MQ=255) cGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATtaattt > 1:1537999‑M2/1‑50 (MQ=255) cGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGc > 1:3788528/1‑70 (MQ=255) cGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGc > 1:4988250/1‑70 (MQ=255) aCAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTca > 1:2428533/1‑56 (MQ=255) aCAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCtat > 1:104425/1‑71 (MQ=255) cAAAATGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCtata > 1:5026584/1‑71 (MQ=255) cAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTATTTTCACATCACCTcc > 1:3180314/1‑65 (MQ=255) aaaaGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATg > 1:3709270/1‑71 (MQ=255) aaaGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTAatttacaatagaaataatt > 1:1580588‑M1/1‑30 (MQ=255) aaaGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTaa < 1:3787587/42‑1 (MQ=255) aaaGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGt < 1:4053123/71‑1 (MQ=255) aaGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATtaa > 1:4883532‑M2/1‑43 (MQ=255) aaGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCtata < 1:423619/67‑1 (MQ=255) aaGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTa < 1:2504692/71‑1 (MQ=255) aGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTca > 1:1821468/1‑50 (MQ=255) aGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTaa < 1:2520917/71‑1 (MQ=255) aGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTa > 1:86744/1‑70 (MQ=255) cATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAg < 1:4065222/71‑1 (MQ=255) cATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTACTGTAAATtaatt > 1:658777‑M2/1‑40 (MQ=255) aTCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATtaattt > 1:2459604‑M2/1‑39 (MQ=255) aTCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGc > 1:5218959/1‑71 (MQ=255) aTCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGc > 1:671470/1‑71 (MQ=255) cTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCt > 1:2522753/1‑70 (MQ=255) tAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTaaa > 1:391547/1‑35 (MQ=255) tAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTaaa > 1:837171/1‑35 (MQ=255) tAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATtaat > 1:3776303‑M2/1‑36 (MQ=255) tAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTcaca > 1:2688806/1‑46 (MQ=255) aCTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCAc < 1:4060529/48‑1 (MQ=255) aCTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTa < 1:5141773/68‑1 (MQ=255) cTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTcaca < 1:2334635/43‑1 (MQ=255) cTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTc > 1:1558194/1‑40 (MQ=255) cTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGt < 1:492689/71‑1 (MQ=255) tGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGtt > 1:3788951/1‑71 (MQ=255) gTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGttt > 1:2428044/1‑71 (MQ=255) tttGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTatat > 1:1704064/1‑55 (MQ=255) tttGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTatat > 1:1251942/1‑55 (MQ=255) gATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCtg < 1:4194097/70‑1 (MQ=255) gATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCt < 1:449286/69‑1 (MQ=255) atGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGc > 1:670528/1‑71 (MQ=255) gTAAATTATTTCTATTGTAAATtaatttacatatcaaacagttagatgctttttgtcg > 1:4992172‑M2/1‑22 (MQ=255) tAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTc < 1:2531171/70‑1 (MQ=255) aaaTTAatttacaatagaaataatttacatatcaaacagttagatgctttttgtcg > 1:1537999‑M1/1‑6 (MQ=255) aaaTTAatttacaatagaaataatttacatatcaaacagttagat > 1:2459604‑M1/1‑6 (MQ=255) aaaTTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGa > 1:5009614/1‑71 (MQ=255) aattaatttacagtagaaataatttacatatcaaacagttagatg > 1:658777‑M1/1‑5 (MQ=255) aaTTATTTCTATTGTAAATtaatttacatatcaaacagttagatgcttt > 1:1580588‑M2/1‑19 (MQ=255) aaTTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGAc < 1:2404335/71‑1 (MQ=255) attattTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCtat > 1:1567846/1‑41 (MQ=255) attaatttacaatagaaataatttacatatcaaacagtta > 1:3776303‑M1/1‑4 (MQ=255) ttattTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTaa < 1:4672858/52‑1 (MQ=255) ttattTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACg > 1:310132/1‑70 (MQ=255) ttattTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACg > 1:534253/1‑70 (MQ=255) ttaatttacaatagaaataatttacatatcaaacagttagatgctttttgtcgttttttaatatttttatg < 1:490449‑M1/71‑69 (MQ=255) ttaatttacaatagaaataatttacatatcaaacagttagatgctt > 1:4883532‑M1/1‑3 (MQ=255) taatttacaatagaaataatttacatatcaaacagttagatgctttttgtcgttttttaatatttttatgc > 1:265565‑M1/1‑2 (MQ=255) attTCTATTGTAAATtaatttacatatcaaacagttagatgctttttgtcgttttttaata > 1:2155879‑M2/1‑15 (MQ=255) aatttacaatagaaataatttacatatcaaacagttagatgctttttgtcgttttttaatatttttatgc < 1:2747869‑M1/70‑70 (MQ=255) aatttacaatagaaataatttacatatcaaacagttagatgctttttgtcgttttt < 1:795013‑M1/56‑56 (MQ=255) aatttacaatagaaataatttacatatcaaacagttagatgctttttgtcgt > 1:4102539‑M1/1‑1 (MQ=255) | TTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAGCTAACGTTTCTGTGGCTCGACGCA > AP009048/4547401‑4547534 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |