| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | 1736969 = | 61 (1.040) | 3 (0.070) | 3/80 | NT | 6.5% | intergenic (+5/‑123) | ydhO/sodB | predicted lipoprotein/superoxide dismutase, Fe |
| ? | AP009048 | 1736997 = | 38 (0.830) | intergenic (+33/‑95) | ydhO/sodB | predicted lipoprotein/superoxide dismutase, Fe | |||||
CGCTCGTCGGGTAATGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGCACAATAAGGCTATTGTACGT > AP009048/1736928‑1737062 | cgcTCGTCGGGTAATGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGt < 1:2446017/71‑1 (MQ=255) cTCGTCGGGTAATGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGtt > 1:1159442/1‑70 (MQ=255) gtcgGGTAATGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCacc > 1:462337/1‑69 (MQ=255) gtcgGGTAATGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATc > 1:2120508/1‑71 (MQ=255) gggTAATGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCtt < 1:2035137/70‑1 (MQ=255) gggTAATGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTAAGGCAACAGGGTAAGTTCATCttt < 1:242861/71‑1 (MQ=255) ggTAATGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCtttt < 1:1437764/71‑1 (MQ=255) aaTGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGtc > 1:3369050/1‑71 (MQ=255) aaTGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGtc > 1:2800776/1‑71 (MQ=255) aTGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGtct < 1:5151946/71‑1 (MQ=255) aTGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGtc < 1:1319459/70‑1 (MQ=255) gACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGtt > 1:1768499/1‑57 (MQ=255) gACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCtttt > 1:5074341/1‑65 (MQ=255) gACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGtc > 1:1708319/1‑68 (MQ=255) aCCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCAc > 1:2766504/1‑71 (MQ=255) aCCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCAc < 1:4126597/71‑1 (MQ=255) cAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCttt > 1:3345306/1‑71 (MQ=255) cAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCttt > 1:1753913/1‑71 (MQ=255) cAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCttt > 1:128221/1‑71 (MQ=255) cAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTATCACCttt > 1:1511722/1‑71 (MQ=255) aaaaaCACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCa > 1:1264413/1‑65 (MQ=255) aaaaaCACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCtttt < 1:1655728/71‑1 (MQ=255) aaaaaCACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCtttt < 1:3045307/71‑1 (MQ=255) aaaaaCACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCttt > 1:2996629/1‑70 (MQ=255) aaaaaCACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCttt > 1:4069533/1‑70 (MQ=255) aaaaaCACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGAAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGtctc > 1:1920341/1‑64 (MQ=255) aaaaCACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCtttt > 1:5236178/1‑70 (MQ=255) aaaaCACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCtttt > 1:5057630/1‑70 (MQ=255) aaaaCACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTa < 1:4903906/71‑1 (MQ=255) aaaCACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCTtata > 1:3510362/1‑70 (MQ=255) acacTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAAtt > 1:5305439/1‑71 (MQ=255) acacTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAAt < 1:3871460/70‑1 (MQ=255) ttCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGc > 1:3144727/1‑70 (MQ=255) cGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTAc > 1:1779231/1‑71 (MQ=255) cGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTAc > 1:2567259/1‑71 (MQ=255) cGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTAc > 1:5311420/1‑71 (MQ=255) gCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAAttt > 1:2839103/1‑65 (MQ=255) gCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAAtt > 1:2636499/1‑64 (MQ=255) aaaaCTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTa < 1:4643102/58‑1 (MQ=255) aaaaCTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTa > 1:1336153/1‑71 (MQ=255) cTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATcc > 1:2790267/1‑70 (MQ=255) cTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATcc > 1:3354173/1‑70 (MQ=255) TTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAAt > 1:3515634‑M1/1‑54 (MQ=255) TACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCa < 1:101878‑M1/44‑1 (MQ=255) TACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCAt > 1:1944048‑M1/1‑69 (MQ=255) tgttgccgtaacaacagggtaaGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAAtt < 1:5228616‑M2/27‑1 (MQ=255) tgttgccgtaacaacagggtaaGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGcac > 1:3659016‑M2/23‑70 (MQ=255) TGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCttt < 1:1919064‑M1/44‑1 (MQ=255) TGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGcac < 1:2289403‑M1/70‑1 (MQ=255) GTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTAc > 1:3800192‑M1/1‑54 (MQ=255) TTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGcaca > 1:2404878‑M1/1‑69 (MQ=255) TTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGCACAAt > 1:3698007‑M1/1‑71 (MQ=255) tgccgtaacaacagggtaaGTTCATCTTTTGTCTCa > 1:2162059‑M2/20‑36 (MQ=255) cGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGCACAATAAGGc < 1:300884/70‑1 (MQ=255) ggCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGCACAATAAgg > 1:5100208/1‑68 (MQ=255) ggCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGCACAATAAGGCTa > 1:3649989/1‑71 (MQ=255) ggCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGCACAATAAGGCTa > 1:1008310/1‑71 (MQ=255) caacagggtaaGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTAccc < 1:3145022‑M2/35‑1 (MQ=255) caacagggtaaGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGCACAATAAGGc < 1:1497085‑M2/56‑1 (MQ=255) acagggtaaGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGCACAATAAGGCTATTGt < 1:1401689‑M2/62‑1 (MQ=255) cagggtaaGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGCACAATAAGGc < 1:471576‑M2/56‑1 (MQ=255) cagggtaaGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGCACAATAAGGCTATTGTa < 1:4955592‑M2/63‑1 (MQ=255) gggtaaGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGCACAATAAGGCTATTGTACg < 1:5161005‑M2/65‑1 (MQ=255) gggtaaGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGCACAATAAGGCTATTGTACg < 1:537272‑M2/65‑1 (MQ=255) ggtaaGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGCACAATa < 1:3690613‑M2/52‑1 (MQ=255) ggtaaGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGCACAATAAGGCTATTGTACGt < 1:1697289‑M2/66‑1 (MQ=255) gtaaGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACg < 1:1013278‑M2/45‑1 (MQ=255) taaGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGCACaa < 1:3113855‑M2/50‑1 (MQ=255) taaGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGCACaa < 1:2317448‑M2/50‑1 (MQ=255) aGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGCACaa > 1:3751062‑M2/2‑51 (MQ=255) gTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGCACAATAAgg < 1:1997957/55‑1 (MQ=255) | CGCTCGTCGGGTAATGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGCACAATAAGGCTATTGTACGT > AP009048/1736928‑1737062 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |