| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | = 3574516 | 58 (0.990) | 5 (0.100) | 5/90 | NT | 8.3% | intergenic (‑82/+20) | yihN/yihM | predicted transporter/predicted sugar phosphate isomerase |
| ? | AP009048 | = 3574523 | 60 (1.160) | intergenic (‑89/+13) | yihN/yihM | predicted transporter/predicted sugar phosphate isomerase | |||||
TAAAATCACTGTTTTAAAGGCAATAAGATACCGACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCCTCTTGTTTGATTTGTTGTAGTACGTTACGCACA > AP009048/3574455‑3574593 | taaaacagtgattttaaaGGCAATAAGATACAGACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCTTATGAg > 1:720371‑M2/19‑71 (MQ=255)tAAAATCACTGTTTTAAAGGCAATAAGATACCGACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGag < 1:1613970‑M2/71‑3 (MQ=255) aaaaTCACTGTTTTAAAGGCAATAAGATACCGACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGagt < 1:774956‑M2/71‑4 (MQ=255) tCACTGTTTTAAAGGCAATAAGATACCGACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGagttaa < 1:4358117‑M2/70‑7 (MQ=255) tCACTGTTTTAAAGGCAATAAGATACCGACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTaaa < 1:4023093/71‑1 (MQ=255) cTGTTTTAAAGGCAATAAGATACCGACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGagttaa > 1:601356‑M2/1‑61 (MQ=255) cTGTTTTAAAGGCAATAAGATACCGACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACt > 1:3672574/1‑71 (MQ=255) tGTTTTAAAGGCAATAAGATACCGACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACt > 1:2303784/1‑70 (MQ=255) gTTTTAAAGGCAATAAGATACCGACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACtta > 1:4332051/1‑71 (MQ=255) ttttaaaGGCAATAAGATACCGACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTaaaa < 1:1339659‑M2/59‑1 (MQ=255) ttttaaaGGCAATAAGATACCGACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACttat < 1:469923‑M2/64‑1 (MQ=255) ttttaaaGGCAATAAGATACCGACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACtta < 1:811960‑M2/63‑1 (MQ=255) ttttaaaGGCAATAAGATACCGACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACtt < 1:1882962‑M2/62‑1 (MQ=255) ttttaaaGGCAATAAGATACCGACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACtt < 1:485601‑M2/62‑1 (MQ=255) tttaaaGGCAATAAGATACCGACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACtt < 1:3555968‑M2/62‑1 (MQ=255) ttaaaGGCAATAAGATACCGACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACttatt < 1:2207735‑M2/65‑1 (MQ=255) aGGCAATAAGATACCGACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTgg < 1:1914962‑M2/70‑1 (MQ=255) gCAATAAGATACCGACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGtt > 1:1821069/1‑71 (MQ=255) aaTAAGATACCGACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGtt > 1:4916262/1‑69 (MQ=255) aTAAGATACCGACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTc < 1:3404767/69‑1 (MQ=255) tAAGATACCGACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCag > 1:2552711/1‑70 (MQ=255) aaGATACCGACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCag > 1:4936560/1‑69 (MQ=255) aaGATACCGACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCag > 1:4067559/1‑69 (MQ=255) aGATACCGACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTgg > 1:269547/1‑63 (MQ=255) aGATACCGACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCagaag < 1:5056164/71‑1 (MQ=255) aGATACCGACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCagaag < 1:1560194/71‑1 (MQ=255) aGATACCGACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCag > 1:2320396/1‑68 (MQ=255) gATACCGACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGTGTTAAAACTTATTAGTGGtt < 1:1452850/64‑1 (MQ=255) aTACCGACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACt < 1:3061173/52‑1 (MQ=255) aTACCGACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGAt < 1:1850293/71‑1 (MQ=255) aTACCGACCATTAATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGAt > 1:3614956/1‑71 (MQ=255) tACCGACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATg < 1:933756/41‑1 (MQ=255) tACCGACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGagttaa > 1:2912592‑M2/1‑41 (MQ=255) tACCGACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATg < 1:1335932/71‑1 (MQ=255) ccGACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCagaaga < 1:3967569/67‑1 (MQ=255) gACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGa < 1:304129‑M2/38‑2 (MQ=255) aCCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGttt < 1:3705519/70‑1 (MQ=255) aCCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTg > 1:2614855/1‑71 (MQ=255) aCCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTg > 1:1612403/1‑71 (MQ=255) ccATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCagaaga > 1:1388899/1‑63 (MQ=255) ccATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGc > 1:52941/1‑71 (MQ=255) ccATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGc > 1:1759402/1‑71 (MQ=255) cATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGcc < 1:1157224/71‑1 (MQ=255) ttCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTAAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCctc > 1:1934939/1‑71 (MQ=255) tCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCctct > 1:3026577/1‑71 (MQ=255) tCATATGGAATGGTTTTATTAACTACGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCctct > 1:1491147/1‑71 (MQ=255) cATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTg > 1:1256518/1‑48 (MQ=255) cATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTc > 1:3667138/1‑52 (MQ=255) cATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCctct < 1:454656/70‑1 (MQ=255) atatGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCCTCTTg < 1:4399792/71‑1 (MQ=255) tatGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCCTCTTGt < 1:554681/71‑1 (MQ=255) tatGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCCTCTTGt < 1:2933336/71‑1 (MQ=255) atGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACttat < 1:1405616/40‑1 (MQ=255) atGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAg < 1:857913/43‑1 (MQ=255) atGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAg < 1:2565620/43‑1 (MQ=255) atGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCCTCTTGtt > 1:3684682/1‑71 (MQ=255) tGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCCTCTTGttt > 1:3882825/1‑71 (MQ=255) gAATGGTTTTATTAACTTCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCCTCTTGTTTg < 1:3617271/70‑1 (MQ=255) gAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCCTCTTGTTTGa > 1:289045/1‑71 (MQ=255) aaTGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCCTCTTGttt > 1:4091391/1‑68 (MQ=255) aTGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCCTCtt > 1:1845754/1‑63 (MQ=255) aTGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCCTCTTGTTTGAtt > 1:4881024/1‑71 (MQ=255) tGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCCTCTTGTTTGAttt > 1:4248118/1‑71 (MQ=255) gTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCCTCTTGTTTGATttg < 1:1607909/70‑1 (MQ=255) ttttATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGt < 1:3948028/50‑1 (MQ=255) ttttATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCCTCTTGTTTGATttgtt < 1:1401235/71‑1 (MQ=255) ttattaACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCagaa > 1:332014/1‑42 (MQ=255) ttattaACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCCTCTTGTTTg > 1:1356060/1‑62 (MQ=255) ttattaACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCCTCTTGTTTGATttgttg < 1:1590039/70‑1 (MQ=255) ttattaACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCCTCTTGTTTGATttgttg > 1:4976439/1‑70 (MQ=255) attaACTGCGTATGagttaataaaaccattcaatatgaatggtcggtatcttattgc < 1:3434586‑M2/57‑44 (MQ=255) attaACTGCGTATGagttaaaaaaaccattccatatgaa > 1:4249595‑M2/1‑14 (MQ=255) attaACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCCTCTTGtt > 1:4952617/1‑58 (MQ=255) attaACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCCTCTTGTTTGATttgttg > 1:2593875/1‑68 (MQ=255) ttaACTGCGTATGagttaataaaaccattcatatg < 1:1983161‑M2/35‑23 (MQ=255) ttaACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCCTCTTGTTTGATTTGTTgtag < 1:2545424/70‑1 (MQ=255) taACTGCGTATGagttaataaaaccattccatatgaatggtcggtatcttattgcctttaaaacagtgatt < 1:4514511‑M2/71‑60 (MQ=255) aCTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCCTCTTGTTTGATTTGTTGTAGTAc < 1:3179086/70‑1 (MQ=255) aCTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCCTCTTGTTTGATTTGTTGTAGTACg < 1:3311631/71‑1 (MQ=255) aCTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCCTCTTGTTTGATTTGTTGTAGTACg > 1:5368043/1‑71 (MQ=255) cTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCCTCTTGttt < 1:1378348/54‑1 (MQ=255) cTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCCTCTTGTTTGATTTGTTGTAGTACGt < 1:2768897/71‑1 (MQ=255) gCGTATTAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGtt > 1:3889248/1‑40 (MQ=255) cGTATGagttaataaaaccattccatatgaatggtcggtatcttattgcctttaaaacagtgatttta > 1:2653689‑M2/1‑6 (MQ=255) cGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCCTCTTGTTTGATTTGTTGTAGTACGtt < 1:2818926/69‑1 (MQ=255) gTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCCTCTTGTTTGATttg < 1:1890991/56‑1 (MQ=255) tATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCCTCTTGtt > 1:620375/1‑48 (MQ=255) tATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCCTCTTGTTTGATttgttg < 1:3377583/58‑1 (MQ=255) aTGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCCTCTTGTTTGATTTGTTgtag < 1:4904310/60‑1 (MQ=255) aTGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCCTCTTGTTTGATTTGTTGTAGTACGTTACGc > 1:3274401/1‑70 (MQ=255) tGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCCTCTTGTTTGATTTGTTGTAGTACGTTACGcac < 1:1413573/71‑1 (MQ=255) gAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCCTCTTGt < 1:2855690/44‑1 (MQ=255) gAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCCTCTTGTTTGATTTGTTGTAGTACGTTACGcaca > 1:263554/1‑71 (MQ=255) | TAAAATCACTGTTTTAAAGGCAATAAGATACCGACCATTCATATGGAATGGTTTTATTAACTGCGTATGAGTTAAAACTTATTAGTGGTTCAGAAGATGGTTTGCCTCTTGTTTGATTTGTTGTAGTACGTTACGCACA > AP009048/3574455‑3574593 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |