| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | Exported | = 436833 | 87 (1.620) | 118 (2.200) | 47/100 | NT | 61.6% | coding (546/546 nt) | seqA | regulatory protein for replication initiation |
| ? | Exported | 1803907 = | 60 (1.120) | intergenic (+63/‑28) | ygaH/mprA | predicted inner membrane protein/DNA‑binding transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
ATCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTGCAGGCCAACCTGCACAACAGAGTGA > Exported/436765‑436902 | aTCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTaaaa > 1:3411634/1‑71 (MQ=255)aTCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTaaaa > 1:1177661/1‑71 (MQ=255)aTCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTaaaa > 1:1667482/1‑71 (MQ=255)aTCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcg > 1:935603‑M1/1‑69 (MQ=255)aTCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAc < 1:1494743‑M1/70‑2 (MQ=255) gAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGt > 1:1124356/1‑71 (MQ=255) acacATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTaa > 1:3256123/1‑64 (MQ=255) acacATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctga < 1:522139‑M1/71‑8 (MQ=255) acacATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctga < 1:2171735‑M1/71‑8 (MQ=255) acacATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctga < 1:77811‑M1/71‑8 (MQ=255) acacATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctg > 1:1885204‑M1/1‑64 (MQ=255) acacATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTg > 1:3021182/1‑71 (MQ=255) acacATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTg < 1:307561/71‑1 (MQ=255) atcatGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAga > 1:2649798/1‑71 (MQ=255) atcatGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAga > 1:3078867/1‑71 (MQ=255) atcatGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAga > 1:1384856/1‑71 (MQ=255) catGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattag > 1:3063289‑M1/1‑58 (MQ=255) catGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAgac > 1:402220/1‑70 (MQ=255) atGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAgacaa < 1:3214451/71‑1 (MQ=255) atGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAgacaa < 1:215547/71‑1 (MQ=255) atGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAgaca < 1:3335052/70‑1 (MQ=255) atGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAg > 1:2224256/1‑67 (MQ=255) tGCAGTCGATGGAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAgaca > 1:3379262/1‑69 (MQ=255) tGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatg < 1:1434723‑M1/71‑16 (MQ=255) tGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatg < 1:2813490‑M1/71‑16 (MQ=255) tGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatg < 1:1096783‑M1/71‑16 (MQ=255) tGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaat < 1:2385214‑M1/70‑15 (MQ=255) tGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAgaca > 1:1572317/1‑69 (MQ=255) cAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgag > 1:1007916‑M1/1‑54 (MQ=255) aGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatga > 1:2549991‑M1/1‑53 (MQ=255) aGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatga > 1:570628‑M1/1‑53 (MQ=255) tCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctga < 1:1052178‑M1/58‑8 (MQ=255) gATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcat < 1:2916677‑M1/71‑23 (MQ=255) gATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcat < 1:2847527‑M1/71‑23 (MQ=255) gATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtca > 1:1458113‑M1/1‑49 (MQ=255) gATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAgacaaaggaca > 1:353513/1‑69 (MQ=255) gATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAgacaaaggaca > 1:442704/1‑69 (MQ=255) gATGCAATTCCCCGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAgacaaaggaca > 1:1263275/1‑69 (MQ=255) tGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatac > 1:2516594‑M1/1‑47 (MQ=255) tGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAgacaaaggacaaag > 1:3161343/1‑70 (MQ=255) tGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGc < 1:2003872/71‑1 (MQ=255) aaTTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcataccca < 1:1711428‑M1/71‑28 (MQ=255) aaTTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAAt > 1:411761/1‑71 (MQ=255) ttCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAgacaaaggacaaa > 1:3330222/1‑64 (MQ=255) ttCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATg > 1:499342/1‑70 (MQ=255) tCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATgg > 1:3443412/1‑70 (MQ=255) cccGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatg > 1:888402‑M1/1‑40 (MQ=255) cccGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatg > 1:2739853‑M1/1‑40 (MQ=255) cccGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaat < 1:588895‑M1/70‑31 (MQ=255) cccGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtca > 1:2990085‑M1/1‑40 (MQ=255) cccGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGc > 1:67333/1‑70 (MQ=255) ccGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatg < 1:3055061‑M1/70‑32 (MQ=255) ggAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcataccca < 1:755053‑M1/61‑28 (MQ=255) ggAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAgacaaag > 1:122927/1‑50 (MQ=255) ggAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCca > 1:824157/1‑70 (MQ=255) ggAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCca > 1:197503/1‑70 (MQ=255) ttgattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgt < 1:2882022‑M1/71‑42 (MQ=255) ttgattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaatta < 1:1603275‑M1/42‑13 (MQ=255) ttgattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAgacaaa > 1:3474470/1‑45 (MQ=255) ttgattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAgacaaa > 1:2087083/1‑45 (MQ=255) ttgattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATc < 1:1370844/71‑1 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtt < 1:1145099‑M1/70‑43 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcg > 1:2180803‑M1/1‑28 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcg > 1:2278937‑M1/1‑28 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatacttcgtt < 1:450213‑M1/70‑43 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGt > 1:967306/1‑71 (MQ=255) gattgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGt > 1:3396515/1‑71 (MQ=255) attgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgttt < 1:2365515‑M1/70‑44 (MQ=255) ttgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaa > 1:856809‑M1/1‑26 (MQ=255) ttgaGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaa > 1:262153‑M1/1‑26 (MQ=255) gagaAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtt < 1:3313939‑M1/66‑43 (MQ=255) ataaGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTGCAgg < 1:978147/69‑1 (MQ=255) agaAGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTGCAg < 1:2829572/70‑1 (MQ=255) gaAGGTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgccc < 1:739822‑M1/71‑50 (MQ=255) aaGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTGc > 1:1836978/1‑66 (MQ=255) aaGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTGCa > 1:2525702/1‑67 (MQ=255) aGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTGCAGGcc > 1:1136653/1‑70 (MQ=255) aGGTTTGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTGCAGGcc > 1:1778911/1‑70 (MQ=255) ggTTTGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatac > 1:992160‑M1/1‑19 (MQ=255) tttGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcataccca < 1:1280423‑M1/44‑28 (MQ=255) tttGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcataccca < 1:269856‑M1/44‑28 (MQ=255) ttGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtt < 1:148097‑M1/58‑43 (MQ=255) ttGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtt < 1:1700453‑M1/58‑43 (MQ=255) ttGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcataccc > 1:3467754‑M1/1‑16 (MQ=255) tGCGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttac > 1:1994599‑M1/1‑15 (MQ=255) tGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCca > 1:655444/1‑51 (MQ=255) tGCGGAACTATCTAAAACGTTGCAGACAAAGGACAAAGCAATGGCAATCCACAATCGTGCAGGCCAACCTg > 1:666843/1‑71 (MQ=255) cGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaaca < 1:701450‑M1/70‑58 (MQ=255) cGGAACTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaaca < 1:2893229‑M1/70‑58 (MQ=255) cTATCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtt < 1:1684556‑M1/50‑43 (MQ=255) aTCTAAcggctgaaattaatgaggtcatacccaaatggatagttcgtttacgcccattgaacaaa > 1:232396‑M1/1‑6 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |