| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | Exported | = 436833 | 87 (1.620) | 118 (2.200) | 47/100 | NT | 61.6% | coding (546/546 nt) | seqA | regulatory protein for replication initiation |
| ? | Exported | 1803907 = | 60 (1.120) | intergenic (+63/‑28) | ygaH/mprA | predicted inner membrane protein/DNA‑binding transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
TTATATAACCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATT > Exported/1803837‑1803975 | tatataACCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCg > 1:605034/1‑71 (MQ=255) tatataACCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCg > 1:2803614/1‑71 (MQ=255) atcgaacacatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcgtaactatctaac < 1:478143‑M2/1‑1 (MQ=255) atcgaacacatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCg > 1:3217498‑M2/70‑71 (MQ=255) tcgaacacatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCgg < 1:3470675‑M2/3‑1 (MQ=255) aacacatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCt > 1:1279327‑M2/66‑70 (MQ=255) aacacatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTg < 1:762200‑M2/6‑1 (MQ=255) acacatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGa < 1:2171735‑M2/7‑1 (MQ=255) acacatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGa < 1:2519424‑M2/7‑1 (MQ=255) acacatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGa < 1:522139‑M2/7‑1 (MQ=255) aCCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGa > 1:175892/1‑70 (MQ=255) aCCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGa > 1:1446185/1‑70 (MQ=255) acatcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGaaa < 1:2160304‑M2/9‑1 (MQ=255) tcatgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAAtt > 1:282610‑M2/60‑70 (MQ=255) tgcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATg < 1:1434723‑M2/15‑1 (MQ=255) aGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAAt > 1:2891933/1‑70 (MQ=255) aGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAAt > 1:3097319/1‑70 (MQ=255) aGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAAt > 1:1672438/1‑70 (MQ=255) gcagtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATg < 1:2566685‑M2/15‑1 (MQ=255) agtcgatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGa > 1:570628‑M2/54‑69 (MQ=255) tCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGt > 1:2629304/1‑71 (MQ=255) aTTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATg < 1:1660824/65‑1 (MQ=255) gatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCa > 1:1458113‑M2/50‑70 (MQ=255) gatgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCa < 1:3384803‑M2/21‑1 (MQ=255) atgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatcttaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATa > 1:728305‑M2/49‑71 (MQ=255) tttCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATAc > 1:1507914/1‑71 (MQ=255) tttCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATAc > 1:3161168/1‑71 (MQ=255) tgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATAc > 1:2411925‑M2/48‑71 (MQ=255) tgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATAc < 1:3465680‑M2/24‑1 (MQ=255) tgcaattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATAc > 1:351133‑M2/48‑71 (MQ=255) caattcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCAt > 1:3431802‑M2/46‑67 (MQ=255) tcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAAt > 1:1172614‑M2/42‑71 (MQ=255) tcccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAAt > 1:1707120‑M2/42‑71 (MQ=255) aaaCAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCa < 1:3140941/68‑1 (MQ=255) aaaCAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCa < 1:2510265/68‑1 (MQ=255) cccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCa > 1:2990085‑M2/41‑61 (MQ=255) cccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATg > 1:2276876‑M2/41‑71 (MQ=255) cccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATg > 1:2739853‑M2/41‑71 (MQ=255) ccggcggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATg < 1:3055061‑M2/31‑1 (MQ=255) aCAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATg > 1:743299/1‑70 (MQ=255) aaTACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATTTGGGCTGAAATTATTGAGGTCATACCCa < 1:3016129/64‑1 (MQ=255) aaTACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCAt > 1:2776252/1‑59 (MQ=255) aaTACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATa > 1:1093657/1‑60 (MQ=255) aaTACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGAt < 1:433726/71‑1 (MQ=255) aaTACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGAt < 1:259629/71‑1 (MQ=255) ggaattgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCa < 1:258123‑M2/27‑1 (MQ=255) attgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCg > 1:1572283‑M2/32‑71 (MQ=255) ttgattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGt < 1:2882022‑M2/41‑1 (MQ=255) tACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt > 1:2683662/1‑71 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGa > 1:1881678‑M2/29‑44 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGa > 1:664043‑M2/29‑44 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGa > 1:1998237‑M2/29‑44 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCg > 1:1601097‑M2/29‑68 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:3067698‑M2/42‑1 (MQ=255) gattgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:1145099‑M2/42‑1 (MQ=255) tttATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAAtt < 1:3300926/37‑1 (MQ=255) ttgagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCaaa > 1:856809‑M2/27‑55 (MQ=255) gagaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:3313939‑M2/42‑1 (MQ=255) agaaggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCa < 1:972885‑M2/21‑1 (MQ=255) ggtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCaaa < 1:915232‑M2/29‑1 (MQ=255) gTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:2562011/61‑1 (MQ=255) gtttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTg < 1:1981169‑M2/53‑1 (MQ=255) tttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCa < 1:269856‑M2/27‑1 (MQ=255) cACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCttt < 1:2347647/59‑1 (MQ=255) ttgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:148097‑M2/42‑1 (MQ=255) tgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTAc > 1:873446‑M2/16‑60 (MQ=255) tgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGaa < 1:2865511‑M2/55‑1 (MQ=255) tgcggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGaa > 1:2541228‑M2/16‑70 (MQ=255) cggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACa < 1:2072563‑M2/57‑1 (MQ=255) cggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACa < 1:819008‑M2/57‑1 (MQ=255) cggaactatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACa < 1:701450‑M2/57‑1 (MQ=255) tCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACaaa < 1:3362056/71‑1 (MQ=255) tCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACaaa < 1:768505/71‑1 (MQ=255) gTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTa > 1:3337371/1‑54 (MQ=255) gTTACTATATCGACTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTa > 1:1039127/1‑54 (MQ=255) actatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCGAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGc > 1:2220973‑M2/10‑71 (MQ=255) ctatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGccc < 1:1053358‑M2/49‑1 (MQ=255) ctatctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCt < 1:1692164‑M2/63‑1 (MQ=255) cTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCg < 1:1956426/46‑1 (MQ=255) atctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACaaa > 1:232396‑M2/7‑65 (MQ=255) atctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCt > 1:1136390‑M2/7‑69 (MQ=255) tctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTaa > 1:1569141‑M2/6‑70 (MQ=255) tctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTaa > 1:2241441‑M2/6‑70 (MQ=255) ctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:636385‑M2/42‑1 (MQ=255) ctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:1098592‑M2/42‑1 (MQ=255) ctaaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:938540‑M2/42‑1 (MQ=255) tatCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAt < 1:1002328/71‑1 (MQ=255) taaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:3276076‑M2/42‑1 (MQ=255) aaCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAtt > 1:2904933‑M2/3‑71 (MQ=255) tCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAtt < 1:1803989/70‑1 (MQ=255) aCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTa > 1:926761‑M2/2‑45 (MQ=255) aCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTa > 1:404447‑M2/2‑45 (MQ=255) aCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAtt < 1:82567‑M2/69‑1 (MQ=255) aCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAt < 1:989284‑M2/68‑1 (MQ=255) aCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAt < 1:1868698‑M2/68‑1 (MQ=255) aCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAt < 1:1900038‑M2/68‑1 (MQ=255) aCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAt < 1:628186‑M2/68‑1 (MQ=255) cGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:1317146/42‑1 (MQ=255) cGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:1748944/42‑1 (MQ=255) cGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGtt < 1:2939405/42‑1 (MQ=255) | TTATATAACCCACAAGAATCATTTTTCTAAAACAATACATTTACTTTATTTGTCACTGTCGTTACTATATCGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATT > Exported/1803837‑1803975 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |