| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | BS168_reference_genome | 2653329 = | 56 (0.880) | 30 (0.490) | 22/222 | NT | 45.3% | pseudogene (337/471 nt) | sigKn | RNA polymerase sporulation‑specific sigma‑K factor precursor (Sigma‑27) (N‑terminal half) |
| ? | BS168_reference_genome | = 2701361 | 19 (0.310) | pseudogene (24/417 nt) | sigKc | RNA polymerase sporulation‑specific sigma‑K factor precursor (Sigma‑27) (C‑terminal fragment) | |||||
TGAAAAAGTTCGAAAATACAGGTGAGGATGCAGAGGACTTAATCTCCATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTCAATATATATGGTGTCAGAATCCACAATGGTAACTTCTTTCACGATAAAGTTAACAATTGTTTTTTTATCTTCAAGAGT > BS168_reference_genome/2653192‑2653460 | tgAAAAAGTTCGAAAATACAGGTGAGGATGCAGAGGACTTAATCTCCATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAACGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAA > 2:332144‑M1/1‑139 (MQ=255) taaaaagTTCGAAAAAACAGGTGAGGATTCAGAGGACTTAATCTCCATCGTAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAA < 2:161668‑M1/137‑1 (MQ=255) aaaaaGTTCGAAAATACAGGTGAGGATGCAGAGGACTTAATCTCCATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAAT > 1:201091‑M1/1‑138 (MQ=255) aaaaaGTTCGAAAATACAGGTGAGGATGCAGAGGACTTAATCTCCATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAAT > 1:322479‑M1/1‑138 (MQ=255) aaaaTACAGGTGAGGATGCAGAGGACTTAATCTCCATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAATGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAAt < 4:36595/139‑1 (MQ=255) gttatttaaggtatccccttcattcgctaagaaacgtttaagcatttattacaggaaactgactcaacatttatttagtcaaactgttacgggaaatttatgccccccctttttgtaatgaatAATGAGATTGTAATTa > 3:315124‑M1/124‑139 (MQ=255) gTGAGGATGCAGAGGACTTAATCTCCATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAgg < 5:352081/139‑1 (MQ=255) gTGAGGATGCAGAGGACTTAATCTCCATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAgg < 3:126818/139‑1 (MQ=255) aggtatccccttcattcgctaagaaacgtttaagcatttattacaggaaactgactcaacatttatttagtcaaactgttacgggaaatttatgccccccctttttgtaatgaatAATGAGATTGTAATTACAAAAgg > 7:55305‑M1/116‑138 (MQ=255) gAGGATGCAGAGGACTAACTCTCAATCGGAACGATCGGGCTTAATAAAGGAATTTAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAgggg < 1:226550/139‑1 (MQ=255) aGGATGCAGAGGACTTAATCTCCATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAgggg < 3:356811/138‑1 (MQ=255) aGGATGCAGAGGACTTAATCTCCATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAgggg < 3:140054/138‑1 (MQ=255) gATGCAGAGGACTTAATCTCCATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAaatcctcatgcatttgcgcgcat > 3:10627‑M1/1‑116 (MQ=255) gATGCAGAGGACTTAATCTCCATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAAt < 4:31517/125‑1 (MQ=255) gATGCAGAGGACTTAATCTCCATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAAt > 3:31517/1‑125 (MQ=255) tccccttcattcgctaagaaacgtttaagcatttattacaggaaactgactcaacatttatttagtcaaactgttacgggaaatttatgccccccctttttgtaatgaaaACTGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGt > 5:278534‑M1/111‑138 (MQ=255) tccccttcattcgctaagaaacgtttaagcatttattacaggaaactgactcaacatttatttagtcaaactgttacgggaaatttatgccccacctttttgtaatgaatAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTg < 6:278534‑M1/29‑1 (MQ=255) ccccttcattcgctaagaaacgtttaagcatttattacaggaaactgactcaacatttatttagtcaaactgttacgggaaatttatgccccccctttttgtaatgaatAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGt < 8:66436‑M1/28‑1 (MQ=255) ccccttcattcgctaagaaacgtttaagcatttattacaggaaactgactcaacatttatttagtcaaactgttacgggaaatttatgccccccctttttgtaatgaatAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGt > 7:66436‑M1/110‑137 (MQ=255) ccccttcattcgctaagaaacgtttaagcatttattacaggaaactgactcaacatttatttagtcaaactgatacgggaaatttatgcaccccctttttgtaatgaatAATGATATTGTAATTACAAAAGGGGGGTg < 3:103817‑M1/29‑1 (MQ=255) agagGACTTAATCTCCATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATa < 8:299682/139‑1 (MQ=255) ggACTTAATCTCCATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGGGCATacac < 6:89316/139‑1 (MQ=255) attcgctaagaaacgtttaagcatttattacaggaaactgactcaacatttatttagtcaaactgttacggtaaatttatgccccccctttttgtaatgaatAATTAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACAcc > 2:288102‑M1/103‑139 (MQ=255) ttcgctaagaaacgtttaagcatttattacaggaaactgactcaacatttatttagtcaaactgttacgggaaatttatgccccccctttttgtaatgaatAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACAccc > 1:26803‑M1/102‑139 (MQ=255) ttcgctaagaaacgtttaagcatttattacaggaaactgactcaacatttatttagtcaaactgttacgggaaatttatgccccccctttttgtaatgaatAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACAccc > 5:124693‑M1/102‑139 (MQ=255) acctcaTCACCATCGCAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACACAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACAccc < 7:188862/134‑1 (MQ=255) aattAATCTCCATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAATGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACAccc < 5:257008/137‑1 (MQ=255) aatataTCTCACTCGGAACGCTCGGTTTTTTTAAGCTCTTTCAAAGCTATTCCGCTGAAAAAGTGCCAACGCTGGCGAGTTTTGGCGGGTGGTGTTTTTAAAATTCGTTTGAAATAACAAACGGGGGGTGCATACAccc < 2:180393/134‑1 (MQ=255) aCTTAATCTCCATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACAccc < 5:71665/139‑1 (MQ=255) aCTTAATCTCCATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACAccc < 3:296969/139‑1 (MQ=255) ttAATCTCCATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCGGGAAAAGGGACAAAGCGGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCct < 6:88670/139‑1 (MQ=255) aaTCTCCATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCctct > 8:329214/1‑139 (MQ=255) aaTCTCCATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCctct > 7:132250/1‑139 (MQ=255) aaTCTCCATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCctct > 7:105136/1‑139 (MQ=255) aaTCTCCATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCct < 8:254556/137‑1 (MQ=255) aaTCTCCATCGGAACGAGCGGGAGTATTAAAGGAATTGAAAGCTAATCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCct < 6:88673/137‑1 (MQ=255) taagaaacgtttaagcatttattacaggaaactgactcaacatttatttagtcaaactgttacgggaaatttatgccccccctttttttaatgaatATTGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCct > 4:334550‑M1/97‑136 (MQ=255) taagaaacgtttaagcatttattacaggaaactgactcaacatttatttagtcaaactgttacgggaaatttatgccccccctttttgtaatgaatAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACAcccc < 4:65628‑M1/39‑1 (MQ=255) taagaaacgtttaagcatttattacaggaaactgactcaacatttatttagtcaaactgttacgggaaatttatgccccccctttttgtaatgaatAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACAcccc > 3:65628‑M1/97‑135 (MQ=255) ccATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAACAGGGGGGTGCATACACCCCTCTGTaa > 5:54315/1‑138 (MQ=255) cATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAaatcctcatgcatttgcgcgcattgaaaaaaacaaaaaaagac > 1:96802‑M1/1‑96 (MQ=255) cATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATa > 2:11830/1‑124 (MQ=255) cATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATa < 8:105136/139‑1 (MQ=255) cATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGAATGTAATTACAAACGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATa < 6:128875/139‑1 (MQ=255) cATCGGAACGATCGGGATTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGGGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATa < 1:11830/124‑1 (MQ=255) ggAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAATGCTATTCCGCTGCAAAAGGGACAAAGCTGGGGAGGTATGCAGCGAGGTGTATTTAAAATGAGATTGTATTTACAAATGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGt < 2:333697/138‑1 (MQ=255) 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cTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAaatcctcatgcatttgcgcgcattgaaaaaaacaaaaaaagacgtctcccttcacgatc > 4:139053‑M1/1‑80 (MQ=255) cTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTCAATATATATg > 1:100578/1‑139 (MQ=255) cTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTCAATATATATg > 6:1376/1‑139 (MQ=255) ggaaactgactcaacatttatttagtcaaactgttacgggaaatttatgccccccctttttgtaatgaatAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTCAATATATATGgtgt < 5:32347‑M1/68‑1 (MQ=255) gaaactgactcaacatttatttagtcaaactgttacgggaaatttatgccccccctttttgtaatgaatAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTc < 6:108204‑M1/54‑1 (MQ=255) gaaactgactcaacatttatttagtcaaactgttacgggaaatttatgccccccctttttgtaatgaatAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTc > 5:108204‑M1/70‑123 (MQ=255) 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actcaacatttatttagtcaaactgttacgggaaatttatgccccccctttttgtaatgaatAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACAccc < 5:193137‑M1/38‑1 (MQ=255) tGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTCAATATATATGGTGTCAGAATCca > 3:223491/1‑138 (MQ=255) aaaGCTATTCCGCTGGAATAGGGAAAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGATGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTCAATATATATGGTGTCAGAATCcaca < 7:279124/138‑1 (MQ=255) atttatttagtcaaactgttacgggaaatttatgccccccctttttgtaatgaatAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTCAATATATATGGTGTCAGAATCCACAATGGt > 4:297517‑M1/56‑139 (MQ=255) tATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAaatcctcatgcatttgcg > 1:35379‑M1/1‑59 (MQ=255) tATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAaatcctcatgcatttgcg < 2:35379‑M1/77‑19 (MQ=255) ttCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAa < 7:303203‑M1/58‑2 (MQ=255) ttCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAa > 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gAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACAccc > 7:321129/1‑82 (MQ=255) gAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACAccc < 3:317682/82‑1 (MQ=255) aaGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTCAATATATATGGTGTCAGAATCCACAATGGTAACTTCTTTCACGa < 2:322479/139‑1 (MQ=255) ttacgggaaatttatgccccccctttttgtaatgaatAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTCAATATATATGGTGTCAGAATCCACAATGGTAACTTCTTTCACGATaaa < 8:302456‑M1/102‑1 (MQ=255) aaaGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTCAATATATATGGTGTCAGAATCCACAATGGTAACTTCTTTCACGATAAAGt > 4:227087/1‑138 (MQ=255) gCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTCAATATATATGGTGTCAGAATCCACAATGGTAACTTCTTTCACGATAAAGTTAACAAtt > 5:333192/1‑139 (MQ=255) tATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTCAATATATATGGTGTCAGAATCCACAATGGTAACTTCTTTCACGATAAATTTAACAATTGttttt > 8:112478/1‑139 (MQ=255) tGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGttt > 8:61224/1‑72 (MQ=255) tGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGttt < 7:61224/72‑1 (MQ=255) gCAGCGAGTTGTATTGAAAATGACATTGTAATTACAAAATGGGTGAGCATACACCACTCTTTAATACTTTTCAATATATATGGTGTCAGAATCCACAATGGTAACTTCTTTCACGATAAAGTTAACAATTGttttttt < 6:281812/138‑1 (MQ=255) aGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTCAATATATATGGTGTCAGAATCCACAATGGTAACTTCTTTCACGATAAAGTTAACAATTGTTTTTTTATCTTc > 8:315208/1‑138 (MQ=255) gtgtATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTCAATATATATGGTGTCAGAATCCACAATGGTAACTTCTTTCACGATAAAGTTAACAATTGTTTTTTTATCTTc > 1:247756/1‑136 (MQ=255) tATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTCAATATATATGGTGTCAGAATCCACAATGGTAACTTCTTTCACGATAAAGTTAACAATTGTTTTTTTATCTTCAAGagt > 7:109565/1‑139 (MQ=255) | TGAAAAAGTTCGAAAATACAGGTGAGGATGCAGAGGACTTAATCTCCATCGGAACGATCGGGCTTATTAAAGGAATTGAAAGCTATTCCGCTGGAAAAGGGACAAAGCTGGCGACGTATGCAGCGAGGTGTATTGAAAATGAGATTGTAATTACAAAAGGGGGGTGCATACACCCCTCTTTAATACGTTTCAATATATATGGTGTCAGAATCCACAATGGTAACTTCTTTCACGATAAAGTTAACAATTGTTTTTTTATCTTCAAGAGT > BS168_reference_genome/2653192‑2653460 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |