| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | BS168_reference_genome | 2653329 = | 56 (0.880) | 30 (0.490) | 22/222 | NT | 45.3% | pseudogene (337/471 nt) | sigKn | RNA polymerase sporulation‑specific sigma‑K factor precursor (Sigma‑27) (N‑terminal half) |
| ? | BS168_reference_genome | = 2701361 | 19 (0.310) | pseudogene (24/417 nt) | sigKc | RNA polymerase sporulation‑specific sigma‑K factor precursor (Sigma‑27) (C‑terminal fragment) | |||||
ATGTAGCTTGGTTATTTAAGGTATCCCCTTCATTCGCTAAGAAACGTTTAAGCATTTATTACAGGAAACTGACTCAACATTTATTTAGTCAAACTGTTACGGGAAATTTATGCCCCCCCTTTTTGTAATGAATAATGAAATCCTCATGCATTTGCGCGCATTGAAAAAAACAAAAAA‑AGACGTCTCCCTTCACGATCCGATCGGGCAGGATAAGGAAGGGAATGAAATAAGCCTGATTGACGTTTTGAAATCAGAAAACGAAGACG > BS168_reference_genome/2701229‑2701494 | aTGTAGCTTGGTTATTTAAGGTATCCCCTTCATTCGCTAAGAAACGTTTAAGCATTTATTACAGGAAACTGACTCAACATTTATTTAGTCAAACTGTTACGGGAAATTTATGCCCCCCCTTTTTGtaatgaataatgaa < 1:325955/139‑1 (MQ=255) gTTATTTAAGGTATCCCCTTCATTCGCTAAGAAACGTTTAAGCATTTATTACAGGAAACTGACTCAACATTTATTTAGTCAAACTGTTACGGGAAATTTATGCCCCCCCTTTTTGTAATGAATaatgagattgtaatta > 3:315124‑M2/1‑123 (MQ=255) aTTTAAGGTATCCCCTTCATTCGCTAAGAAACGTTTAAGCATTTATTACAGGAAACTGACTCAACATTTATTTAGTCAAACTGTTACGGGAAATTTATGCCCCCCCTTTTTGTAATGAATAATGAAATCCTCATGCAtt > 7:341095/1‑139 (MQ=255) tAAGGTATCCCCTTCATTCGCTAAGAAACGTTTAAGCATTTATTACAGGAAACTGACTCAACATTTATTTAGTCAAACTGTTACGGGAAATTTATGCCCCCCCTTTTTGtaatgaataatgaa > 6:2366/1‑123 (MQ=255) 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(MQ=255) | ATGTAGCTTGGTTATTTAAGGTATCCCCTTCATTCGCTAAGAAACGTTTAAGCATTTATTACAGGAAACTGACTCAACATTTATTTAGTCAAACTGTTACGGGAAATTTATGCCCCCCCTTTTTGTAATGAATAATGAAATCCTCATGCATTTGCGCGCATTGAAAAAAACAAAAAA‑AGACGTCTCCCTTCACGATCCGATCGGGCAGGATAAGGAAGGGAATGAAATAAGCCTGATTGACGTTTTGAAATCAGAAAACGAAGACG > BS168_reference_genome/2701229‑2701494 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |