| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP006881 | 3304613 = | 1 (0.020) | 26 (0.030) +ACTGCGTCAATACACGTTGACACTCTTTTGAAAGTGTGTTAAATTATCAG |
18/132 | NT | 5.1% | intergenic (+1/+48) | U712_16995/U712_17000 | Arabinose metabolism transcriptional repressor/Uncharacterized protein yvbT |
| ? | pSIJ663_pHT315_araE_xy | 9781 = | 1704 (0.630) | intergenic (+5050/–) | ampR/– | –/– | |||||
CCGAAATCAGTGCTTGGAAAAGCAGCCGCCAAATATGTCATTGACTGCTTAGAGCATAAAAAGCCGAAGCAAGAGGATGTCATATTTGAGCCTGAGTTGATCATTCGCCAGTCCGCACGAAAACTGAATGAATAAAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGTTTCTGAGTTAACCATAATTTCGT > CP006881/3304478‑3304749 | ccattgaatggcttcttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtaaa > 3:166574‑M1/136‑138 (MQ=255) attgaatggcttcttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAg > 5:288469‑M1/134‑139 (MQ=255) gaatggcttcttgttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCa > 1:124627‑M1/131‑138 (MQ=255) gttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacatactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGtct > 1:90403‑M1/119‑138 (MQ=255) gttacaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGt > 7:152837‑M1/119‑136 (MQ=255) acaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTcccc < 2:64775‑M1/24‑1 (MQ=255) acaggaacatttggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTccc > 7:15368‑M1/116‑138 (MQ=255) ggttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCt > 7:198546‑M1/104‑138 (MQ=255) ggttctaattgagctggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgacaacgtgtcatgacgcagtAAAAAGCAATGTAAGGGGCGCCCCGCTACATTGCtt > 5:168202‑M1/104‑139 (MQ=255) gttctaattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataaattaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCttt > 1:232062‑M1/103‑139 (MQ=255) aattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGt > 6:32275‑M1/98‑115 (MQ=255) aattgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGt < 5:32275‑M1/18‑1 (MQ=255) attgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTta > 6:66644‑M1/97‑138 (MQ=255) attgagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtggcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTta > 8:181080‑M1/97‑138 (MQ=255) gagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAg > 1:64775‑M1/94‑138 (MQ=255) gagttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAg > 2:174580‑M1/94‑138 (MQ=255) gttggagtattcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTg < 4:80625‑M1/48‑1 (MQ=255) ttcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGt > 8:23150‑M1/83‑138 (MQ=255) ttcttcattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGt > 2:214405‑M1/83‑138 (MQ=255) cattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGt < 4:223131‑M1/18‑1 (MQ=255) cattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGt < 4:20595‑M1/18‑1 (MQ=255) cattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGt > 3:223131‑M1/78‑95 (MQ=255) cattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGt > 3:20595‑M1/78‑95 (MQ=255) cattttcaaatacttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTc < 3:122242‑M1/61‑1 (MQ=255) gAAGCAAGAGGATGTCATATTTGAGCCTGAGTTGATCATTCGCCAGTCCGCACGAAAGCTGAATGAATAAAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGt > 7:19185/1‑138 (MQ=255) cttcctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCg > 3:157848‑M1/66‑138 (MQ=255) cctttcatgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCgatga < 8:112378‑M1/77‑1 (MQ=255) atgtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCa > 3:171950‑M1/57‑138 (MQ=255) gtcactgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTtcaacc < 2:235958‑M1/85‑3 (MQ=255) actgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAaacgaa > 2:279843‑M1/52‑139 (MQ=255) actgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATAGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAaacgaa < 5:194661‑M1/88‑1 (MQ=255) ctgataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAaacgaac > 3:80625‑M1/51‑139 (MQ=255) ataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCa > 4:122242‑M1/48‑139 (MQ=255) ataatttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTAGGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCa > 6:188866‑M1/48‑139 (MQ=255) atttaacacactttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCAtt > 2:90744‑M1/45‑138 (MQ=255) acactttctaatgagtgtcaacgtgtattgagtcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGc > 3:244086‑M1/38‑139 (MQ=255) tttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAaacgaa < 2:178801‑M1/88‑1 (MQ=255) tttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAaacgaa > 1:178801‑M1/34‑121 (MQ=255) tttcaaaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCgtgt < 8:291972‑M1/106‑1 (MQ=255) aaagagtgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCaaa > 1:143202‑M1/29‑139 (MQ=255) tgtcaacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGTTTc < 2:23460‑M1/117‑1 (MQ=255) caacgtgtattgacgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGTTTCt < 7:130063‑M1/118‑1 (MQ=255) cgcagtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATATCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGTTGCTGAGTTAACCATAAtt < 5:163314‑M1/133‑1 (MQ=255) agtACAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGTTTCTGAGTTAACCATAATTTCg > 8:14226‑M1/4‑139 (MQ=255) agtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGTTTCTGAGTTAACCATAATTTCg > 2:113712‑M1/4‑139 (MQ=255) gtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGTTTCTGAGTTAACCATAATTTCGt < 7:139032‑M1/137‑1 (MQ=255) gtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGTTTCTGAGTTAACCATAATTTCGt < 2:69970‑M1/137‑1 (MQ=255) gtAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTATTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGAGGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGTTTCTGAGTTAAACATAATTTCGt < 2:118359‑M1/137‑1 (MQ=255) | CCGAAATCAGTGCTTGGAAAAGCAGCCGCCAAATATGTCATTGACTGCTTAGAGCATAAAAAGCCGAAGCAAGAGGATGTCATATTTGAGCCTGAGTTGATCATTCGCCAGTCCGCACGAAAACTGAATGAATAAAAAAAGCAATGTATGGGTCTCCCCGCTACATTGCTTTTTTTATAGCTGTTATCTGTTTTTCCAAACGTCAGCGATGATTTCAAACGAACGCATTCTGTCTGCGTGTTCAAAGGTTTCTGAGTTAACCATAATTTCGT > CP006881/3304478‑3304749 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |