| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | = 4042486 | 88 (1.040) | coding (72/987 nt) | srkA | Cpx stress response Thr/Ser protein kinase; MazF antagonist protein | |||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
AAGCTTGTAAGCGGCGCCACCAAAATCATCGTGAAATGATATCCTTCGTCATTCGTAATGTTTTCCGGATGATGGGATGAATAACAGCGCTTTTACTTTCCAGACACTACACCCGGATACCATCATGGACGCTCTGTTTGAGCATGGGATCCGGGTGGATTCCGGTCTTACCCCGCTTAACAGCTATGAAAACCGTGTCTATCAATTTCAGGACGAAGATCGTCGACGTTTTGTCGTCAAATTTTATCGCCCTGAACGTTGGACAGCCGATCAAATCCTCGAAGAACATCAATTTG > NC_000913/4042339‑4042634 | aGCTTGTAAGCGGCGCCACCAAAATCATCGTGAAATGATATCCTTCGTCATTCGTAATGTTTTCCGGATGATGGGATGAATAACAGCGCTTTTACTTTCCAGACACTACACCCGGATACCATCATGGACGCTCTGTTTGAGCATGGGat < 2:697640‑M2/149‑3 (MQ=255) aGCTTGTAAGCGGCGCCACCAAAATCATCGTGAAATGATATCCTTCGTCATTCGTAATGTTTTCCGGATGATGGGATGAATAACAGCGCTTTTACTTTCCAGACACTACACCCGGATACCATCATGGACGCTCTGTTTGAGCATGGGat > 2:1272535‑M2/1‑147 (MQ=255) gttgTAAGCGGCGCCACCAAAATCATCGTGAAATGATATCCTTCGTCATTCGTAATGTTTTCCGGATGATGGGATGAATAACATCGCTTTTACTTTCCAGACACTACACCCGTATACCATCATGGACGCTCTGTTTGAGCATGGGatcc > 1:762753‑M2/2‑145 (MQ=255) tAAGCGGCGCCACCAAAATCATCGTGAAATGATATCCTTCGTCATTCGTAATGTTTTCCGGATGATGGGATGAATAACAGCGCTTTTACTTTCCAGACACTACACCCGGATACCATCATGGACGCTCTGTTTGAGCATGGGatccgggt > 1:1130471‑M2/1‑141 (MQ=255) aGCGGCGCCACCAAAATCATCGTGAAATGATATCCTTCGTCATTCGTAATGTTTTCCGGATGATGGGATGAATAACAGCGCTTTTACTTTCCAGACACTACACCCGGATACCATCATGGACGCTCTGTTTGAGCATGGGATCCGGGTgg > 1:213087/1‑149 (MQ=255) gcgcCACCAAAATCATCGTGAAATGATATCCTTCGTCATTCGTAATGTTTTCCGGATGATGGGATGAATAACAGCGCTTTTACTTTCCAGACCCTACACCCGGATACCATCATGGACGCTCTGTTTGAGCATGGGATCCGGTTGGATTc > 2:323624/1‑149 (MQ=255) gcCACCAAAATCATCGTGAAATGATATCCTTCGTCATTCGTAATGTTTTCCGGATGATGGGATGAATAACAGCGCTTTTACTTTCCAGACACTACACCCGGATACCATCATGGACGCTCTGTTTGAGCATGGGATCCGGGTGGATTCCg > 2:879972/1‑149 (MQ=255) ccaccaAAATCATCGTGAAATGATATCCTTCGTCATTCGTAATGTTTTCCGGATGATGGGATGAATAACAGCGCTTTTACTTTCCAGACACTACACCCGGATACCATCATGGACGCTCTGTTTGAGCATGGGATCCGGGTGGATTCCgg > 1:510593/1‑149 (MQ=255) accaAAATCATCGTGAAATGATATCCTTCGTCATTCGTAATGTTTTCCGGATGATGGGATGAATAACAGCGCTTTTACTTTCCAGACACTACACCCGGATACCATCATGGACGCTCTGTTTGAGCATGGGATCCGGGTGGATTCCGGTc < 1:1012237/149‑1 (MQ=255) caAAATCATCGTGAAATGATATCCTTCGTCATTCGTAATGTTTTCCGGATGATGGGATGAATAACAGCGCTTTTACTTTCCAGACACTACACCCGGATACCATCATGGACGCTCTGTTTGAGCATGGGATCCGGGTGGATTCCGGTCtt > 1:920672/1‑149 (MQ=255) atcGTGAAATGATATCCTTCGTCATTCGTAATGTTTTCCGGATGATGGGATGAATAACAGCGCTTTTACTTTCCAGACACTACACCCGGATACCATCATGGACGCTCTGTTTGAGCATGGGATCCGGGTGGATTCCGGTCTTACCCCGc < 2:1000459/149‑1 (MQ=255) tcGTGAACTGATATCCTTCGGCATTCGTAATGGATGCCGGATGATGGGAGGAATAACAGCGCTTTTACTTTCCAGACTCTCCACCCGGATACCATCATGGACGCTCTGTTTGAGCATGGGATCCGGGTGGATTCCGGTCTTACCCCGCt < 1:261758/149‑1 (MQ=255) tcGTGAAATGATATCCTTCGTCATTCGTAATGTTTTCCGGATGATGGGATGAATAACAGCGCTTTTACTTTCCAGACACTACACCCGGATACCATCATGGACGGTCTGTTTGAGCATGGGATCCGGGTGGATTCCGGTCTTACCCCGCt > 2:124994/1‑149 (MQ=255) 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aGCATGGTATCCGGGTGGATTCCGGTCTTACCCCGCTTAACAGCTATGAAATCCGTGTCTATCAATTTCAGGACGAAGATCGTCGACGTTTTGTCGTCAAATTTTATCGCCCTGATCGTTGGACAGCCGATCAATTCCTCGAAGAACAt < 1:390228/149‑1 (MQ=255) aGCATGGGATCCGGGTGGATTCCGGTCTTACCCCGCTTAACAGCTATGAAAACCGTGTCTATCAATTTCAGGACGAAGATCGTCGACGTTTTGTCGTCAAATTTTATCGCCCTGAACGTTGGACAGCCGATCAAATCCTCGAAGAACAt < 2:840609/149‑1 (MQ=255) cATGGGATCCGGGTGGATTCCGGTCTTACCCCGCTTAACAGCTATGAAAACCGTGTCTATCAATTTCAGGACGAAGATCGTCGACGTTTTGTCGTCAAATTTTATCGCCCTGAACGTTGGACAGCCGATCAAATCCTCGAAGAACATCa > 1:317321/1‑149 (MQ=255) cATGGGATCCGGGTGGATTCCGGTCTTACCCCGCTTAACAGCTATGAAAACCGTGTCTATCAATTTCAGGACGAAGATCGTCGACGTTTTGTCGTCAAATTTTATCGCCCTGAACGTTGGACAGCCGATCAAATCCTCGAAGAACATCa > 1:1274392/1‑149 (MQ=255) aTGGGATCCGGGTGGATTCCGGTCTTACCCCGCTTAACAGCTATGAAAACCGTGTCTATCAATTTCAGGACGAAGATCGTCGACGTTTTGTCGTCAAATTTTATCGCCCTGAACGTTGGACAGCCGATCAAATCCTCGAAGAACATCaa < 1:1113610/149‑1 (MQ=255) gggATCCGGGTGGATTCCGGTCTTACCCCGCTTAACAGCTATGAAAACCGTGTCTATCAATTTCAGGACGAAGATCGTCGACGTTTTGTCGTCAAATTTTATCGCCCTGAACGTTGGACAGCCGATCAAATCCTCGAAGAACAt < 2:802164/144‑1 (MQ=255) gggATCCGGGTGGATTCCGGTCTTACCCCGCTTAACAGCTATGAAAACCGTGTCTATCAATTTCAGGACGAAGATCGTCGACGTTTTGTCGTCAAATTTTATCGCCCTGAACGTTGGACAGCCGATCAAATCCTCGAAGAACAt > 1:802164/1‑144 (MQ=255) gggATCCGGGTGGATTCCGGTCTTACCCCGCTTAACAGCTATGAAAACCGTGTCTATCAATTTCAGGACGAAGATCGTCGACGTTTTGTCGTCAAATTTTATCGCCCTGAACGTTGGACAGCCGATCAAATCCTCGAAGAACATCAAtt > 1:1300048/1‑149 (MQ=255) ggATCCGGGTGGATTCCGGTCTTACCCCGCTTAACAGCTATGAAAACCGTGTCTATCAATTTCAGGACGAAGATCGTCGACGTTTTGTCGTCAAATTTTATCGCCCTGAACGTTGGACAGCCGATCAAATCCACGAAGAACATAAAttt > 2:843874/1‑149 (MQ=255) gATCCGGGTGGATTCCGGTCTTACCCCGCTTAACAGCTATGAAAACCGTGTCTATCAATTTCAGGACGAAGATCGTCGACGTTTTGTCGTCAAATTTTATCGCCCTGAACGTTGGACAGCCGATCAAATCCTCGAAGAACATCAATTTg < 1:497/149‑1 (MQ=255) gATCCGGGTGGATTCCGGTCTTACCCCGCTTAACAGCTATGAAAACCGTGTCTATCAATTTCAGGACGAAGATCGTCGACGTTTTGTCGTCAAATTTTATCGCCCGGACCGTTGGACAGCCGATCAAATCCTCGAAGAACATCAATTTg > 2:147961/1‑149 (MQ=255) | AAGCTTGTAAGCGGCGCCACCAAAATCATCGTGAAATGATATCCTTCGTCATTCGTAATGTTTTCCGGATGATGGGATGAATAACAGCGCTTTTACTTTCCAGACACTACACCCGGATACCATCATGGACGCTCTGTTTGAGCATGGGATCCGGGTGGATTCCGGTCTTACCCCGCTTAACAGCTATGAAAACCGTGTCTATCAATTTCAGGACGAAGATCGTCGACGTTTTGTCGTCAAATTTTATCGCCCTGAACGTTGGACAGCCGATCAAATCCTCGAAGAACATCAATTTG > NC_000913/4042339‑4042634 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |