New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | NC_000913 | 4574406 = | 109 (1.210) | 3 (0.030) | 3/262 | NT | 2.9% | pseudogene (488/2937 nt) | yjiV | pseudogene; conserved hypothetical protein |
? | NC_000913 | 4574441 = | 95 (1.100) | pseudogene (523/2937 nt) | yjiV | pseudogene; conserved hypothetical protein | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
GAAGTACCTGTTGAACATGACGCTACAGAAGAAAAAGTCGAAAAAGAGAACAGTTTTCAGCCTCCGTTGATTATTGCCGCAGGAGAGACCAGCGAGGCAGGTTATACCCTACAACGCCTCGACCGTCAGACGCGCCGTATTGGCGTTATTAACAATGACAGCATTCCGCTGATTATTAATGATATTGAACAGGTTTGTAGTGCCAGTGGCTGTGGCTACAGAGGCATGAGTGGGAAACAGCCCTTCCGGCGTGCACTATTAGGTGGGCCATTTTACGTTACTAATATCGTGCC > NC_000913/4574294‑4574586 | gAAGTACCTGTTGAACATGACGCTACAGAAGAAAAAGTCGAAAAAGAGAACAGTTTTCAGCCTCCGTTGATTATTGCCGCAGGAGAGACCAGCGAGGCAGGTTATACCCTACAACGCCTCGACCGTCAGACGCGCCGTATTGGCGttat < 2:857765/149‑1 (MQ=255) aaGTACCTGTTGAACATGACGCTACAGAAGAAAAAGTCGAAAAAGAGAACAGTTTTCAGCCTCCGTTGATTATTGCCGCAGGAGAGACCAGCGAGGCAGGTTATACCCTACAACGCCTCGACCGTCAGACGCGCCGTATTGGCGttatt < 1:876543/149‑1 (MQ=255) gTACCTGTTGAACATGACGCTACAGAAGAAAAAGTCGAAAAAGAGAACAGTTATCAGCCTCCGTTGATTATTGCCGCAGGAGAGACCAGCGAGGCAGGTTATACCCTACAACGCCTCGACCGTCAGACGCGCCGTATTGGCGTTATTaa < 1:48704/149‑1 (MQ=255) tACCTGTTGAACATGACGCTACAGAAGAAAAAGTCGAAAAAGAGAACAGTTTTCAGCCTCCGTTGATTATTGCCGCAGGAGAGACCAGCGAGGCAGGTTATACCCTACAACGCCTCGACCGTCAGACGCGCCGTATTGGCGTTATTAAc < 2:1048651/149‑1 (MQ=255) ccTGTTGAACATGACGCTACAGAAGAAAAAGTCGAAAAAGAGAACAGTTTTCAGCCTCCGTTGATTATTGCCGCAGGAGAGACCAGCGAGGCAGGTTATACCCTACAACGCCTCGACCGTCAGACGCGCCGTATTGGCGTTATTAACaa < 1:605992/149‑1 (MQ=255) cacgccggaagggctgtttcccactcatgcctctgtagccacagccactggcactacaaacctgttcaatatcattaataatcagcggaatgctgtcattgttaatAACGCCTCGACCGTCAGACGCGCCGTATTGGCGTTATTAACaa > 1:881860‑M1/107‑149 (MQ=255) cTGTTGAACATGACGCTACAGAAGAAAAAGTCGAAAAAGAGAACAGTTTTCAGCCTCCGTTGATTATTGCCGCAGGAGAGACCAGCGAGGCAGGTTATACCCTACAACGCCTCGACCGTCAGACGCGCCGTATTGGCGTTATTAACAAt < 1:581181/149‑1 (MQ=255) acgccggaagggctgtttcccactcatgcctctgtagccacagccactggcactacaaacctgttcaatatcattaataatcagcggaatgctgtcattgttaatAACGCCTCGACCGTCAGACGCGCCGTATTGGCGTTATTAACAAt > 1:375596‑M1/106‑149 (MQ=255) gAACATGACGCTACAGAAGAAAAAGTCGAAAACGAGAACAGTTTTCAGCCTCCGTTGATTATTGCCGCAGGAGAGACCAGCGAGGCAGGTTATACCCTACAACGCCTCGACCGTCAGACGCGCCGTATTGGCGTTATTAACAATGACAg < 2:1394688/149‑1 (MQ=255) 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cTACAACGCCTCGACCGTCAGACGCGCCGTATTGGCGTTATTAACAATGACAGCATTCCGCTGATTATTAATGATATTGAACAGGTTTGTAGTGCCAGTGGCTGTGGCTACAGAGGCATGAGTGGGAAACAGCCCTTCCGGCGTGCACt > 1:1383030/1‑149 (MQ=255) ataacgccaatacggcgcgtctgacggtcgaggcgttATTAACAATGACAGCATTCCGCTGATTATTAATGATATTGAACAGGTTTGTAGTGCCAGTGGCTGTGGCTACATATGCATGAGTGGGAAACAGCCCTTCCGGCGTGCACTAt > 2:1319784‑M2/38‑149 (MQ=255) aCAACGCCTCGACCGTCAGACGCGCCGTATTGGCGTTATTAACAATGACAGCATTCCGCTGATTATTAATGATATTGAACAGGTTTGTAGTGCCAGTGGCTGTGGCTACAGAGGCATGAGTGGGAAACAGCCCTTCCGGCGTGCACTAt < 1:1397598/149‑1 (MQ=255) cAACGCCTCGACCGTCAGACGCGCCGTATTGGCGTTATTAACAATGACAGCATTCCGCTGATTATTAATGATATTGAACAGGTTTGTAGTGCCAGTGGCTGTGGCTACAGAGGCATGAGTGGGAAACAGCCCTTCCGGCGTGCACTAtt < 1:902582/149‑1 (MQ=255) CCTCGACCGTCAGACGCGCCGTATTGGTGTTATTAACAATGACAGCATTCCGCTGATTATTAATGATATTGAACAGGTTTGTAGTGCCAGTGGCTGTGGCTACAGAGGCATGAGTGGGTAACAGCCCTTCCGGGGTGCACTATTAGGTg < 2:259469‑M1/149‑1 (MQ=255) CTCGACCGTCAGACGCGCCGTATTGGCGTTATTAACAATGACAGCATTCCGCTGATTATTAATGATATTGAACAGGTTTGTAGTGCCAGTGGCTGTGGCTACAGAGGCATGAGTGGGAAACAGCCCTTCCGGCGTGCACTATTAGGTgg > 2:840360‑M1/1‑149 (MQ=255) CTCGACCGTCAGACGCGCCGTATTGGCGTTATTAACAATGACAGCATTCCGCTGATTATTAATGATATTGAACAGGTTTGTAGTGCCAGTGGCTGTGGCTACAGAGGCATGAGTGGGAAACAGCCCTTCCGGCGTGCACTATTAGGTgg > 1:357278‑M1/1‑149 (MQ=255) gACCGTCAGACGCGCCGTATTGGCGTTATTAACAATGACAGCATTCCGCTGATTATTAATGATATTGAACAGGTTTGTAGTGCCAGTGGCTGTGGCTACAGAGGCATGAGTGGGAAACAGCCCTTCCGGCGTGCACTATTAGGTTGGcc < 1:1554268/149‑1 (MQ=255) aCCGTCAGACGCGCCGTATTGGCGTTATTAACAATGACAGCATTCCGCTGATTATTAATGATATTGAACAGGTTTGTAGTGCCAGTGGCTGTGGCTACAGAGGCATGAGTGGGAAACAGCCCTTCCGGCGTGCACTATTAGGTGGGCCa > 2:1055221/1‑149 (MQ=255) ccGTCAGACGCGCCGTATTGGCGTTATTAACAATGACAGCATTCCGCTGATTATTAATGATATTGAACAGGTTTGTAGTGCCAGTGGCTGTGGCTACAGAGGCATGAGTGGGAAACAGCCCTTCCGGCGTGCACTATTAGGTGGGCCAt < 2:454192/149‑1 (MQ=255) gTCAGACGCGCCGTATTGGCGTTATTAACAATGACAGCATTCCGCTGATTATTAATGATATTGAACAGGTTTGTAGTGCCAGTGGCTGTGGCTACAGAGGCATGAGTGGGAAACAGCCCTTCCGGCGAGCACTATTAGGTGGGCCAttt > 2:1489785/1‑149 (MQ=255) gTCAGACGCGCCGTATTGGCGTTATTAACAATGACAGCATTCCGCTGATTATTAATGATATTGAACAGGTTTGTAGTGCCAGAGGCTGTGGCTACAGAGGCATGAGTGGGAAACAGCCCTTCCGGCGTGCACTATTAGGTGGGCCAttt > 1:813385/1‑149 (MQ=255) cAGACGCGCCGTATTGGCGTTATTAACAATGACAGCATTCCGCTGATTATTAATGATATTGAACAGGTTTGTAGTGCCAGTGGCTGTGGCTACAGAGGCATGAGTGGGAAACAGCCCTTCCGGCGTGCACTATTAGGTGGGCCATTTTa < 1:1028816/149‑1 (MQ=255) aGACGCGCCGTATTGGCGTTATTAACAATGACAGCATTCCGCTGATTATTAATGATATTGAACAGGTTTGTAGTGCCAGTGGCTGTGGCTACAGAGGCATGAGTGGGAAACAGCCCTTCCGGCGTGCACTATTAGGTGGGCCATTTTAc < 1:68035/149‑1 (MQ=255) aCGCGCCGTATTGGCGTTATTAACAATGACAGCATTCCGCTGATTATTAATGATATTGAACAGGTTTGTAGTGCCAGTGGGTGTGCGTACTGAGGCTTGAGTGGGAAACAGCCCTTCCGGCGTGCACTTTTGGGTGGGCCAttaacgtt > 2:1177385/1‑143 (MQ=255) gcCGTATTGGCGTTATTAACAATGACAGCATTCCGCTGATTATTAATGATATTGAACAGGTTTGTAGTGCCAGTGGTTGTGGCTACAGAGGCATGAGTGGGAAACAGCCCTTCCGGCGTGCACTATTAGGTGGGCCATTTTACGTTACt < 1:541508/149‑1 (MQ=255) ttGGCGTTATTAACAATGACAGCATTCCGCTGATTATTAATGATATTGAACAGGCTTCTAGTGCCAGTGGCTGTGGCTACAGAGGCATGAGTGGGAAACAGCCCTTCCGGCGTGCACTATTAGGTGGGCCATTTTACGTTACTAATATc < 1:665819/149‑1 (MQ=255) ggcgttATTAACAATGACAGCATTCCGCTGATTATTAATGATATTGAACAGGTTTGTAGTGCCAGTGGCTGTGGCTACAGAGGCATGAGTGGGAAACAGCCCTTCCGGCGTGCACTATTAGGTGGGCCATTTTACGTTACTAATATCGt < 2:1393745‑M2/143‑1 (MQ=255) gcgttATTAACAATGACAGCATTCCGCTGATTATTAATGATATTGAACAGGTTTGTAGTGCCAGTGGCTGTGGCTACAGAGGCATGAGTGGGAAACAGCCCTTCCGGCGTGCACTATTAGGTGGGCCATTTTACGTTACTAATATCGTg < 2:1470068‑M2/144‑1 (MQ=255) cgttATTAACAATGACAGCATTCCGCTGATTATTAATGATATTGAACAGGTTTGTAGTGCCAGTGGCTGTGGCTACAGAGGCATGAGTGGGAAACAGCCCTTCCGGCGTGCACTATTAGGTGGGCCATTTTACGTTACTAATATCGTGc < 2:1479543‑M2/145‑1 (MQ=255) gttATTAACAATGACAGCATTCCGCTGATTAATAATGATATTGAACAGGTTTGTAGTGCCAGTGGCTGTGGCTACAGAGGCATGAGTGGGAAACAGCCCTTCCGGCGTGCACTATTAGGTGGGCAATTTTACGTTACTAATATCGTGcc > 1:1020675‑M2/4‑149 (MQ=255) | GAAGTACCTGTTGAACATGACGCTACAGAAGAAAAAGTCGAAAAAGAGAACAGTTTTCAGCCTCCGTTGATTATTGCCGCAGGAGAGACCAGCGAGGCAGGTTATACCCTACAACGCCTCGACCGTCAGACGCGCCGTATTGGCGTTATTAACAATGACAGCATTCCGCTGATTATTAATGATATTGAACAGGTTTGTAGTGCCAGTGGCTGTGGCTACAGAGGCATGAGTGGGAAACAGCCCTTCCGGCGTGCACTATTAGGTGGGCCATTTTACGTTACTAATATCGTGCC > NC_000913/4574294‑4574586 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |