| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | 50360 = | NA (NA) | noncoding (34/37 nt) | REP5 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP5 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 532 total aligned reads displayed.
TGGAAGGCGACACCCATTTCCCGGATTACGAGCCGGATGACTGGGAATCGGTATTCAGCGAATTCCACGATGCTGATGCGCAGAACTCTCACAGCTATTGCTTTGAGATTCTGGAGCGGCGGTAATTTTGTATAGAATTTACGGCTAGCGCCGGATGCGACGCCGGTCGCGTCTTATCCGGCCTTCCTATATCAGGCTGTGTTTAAGACGCCGCCGCTTCGCCCAAATCCTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAATACTGTTTATCTTCCCAGCGCAGGCAGGTTAATGTACCACCC > NC_000913/50178‑50476 | tGGAAGGCGACACCCATTTCCCGGATTACGAGCCGGATGACTGGGAATCGGTATTCAGCGAATTCCACGATGCTGATGCGCAGAACTCTCACAGCTATTGCTTTGAGATTCTGGAGCGGCGGTAATTTTGTATAGAATTTACGGCTAgcg > 2:3305634/1‑150 (MQ=255) gtatatccgcgctggataccggctgctgctggggtggtacattaacctgcctgcgctgggaagataaacagtattttgtccagccgtcgaaccggcataaggatttgggcgaagcggcggcgtcttaaacacagcctgatataggaagGc > 1:1232624‑M1/149‑150 (MQ=255) tatatacgcgctggataccggctgctgctggggtggtacattaacctgcctgcgctgggaagataaacagtattttgtccagccgtcgaaccggcataaggatttgggcgaagcggcggcgtcttaaacacagcctgatataggaagGcc < 2:5868226‑M1/3‑1 (MQ=255) 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atacgcgctggataccggctgctgctggggtggtacattaacctgcctgcgctgggaagataaacagtattttgtccagccgtcgaaccggcataaggatttgggcgaagcggcggcgtcttaaacacagcctgatataggaagGCCGGa > 2:6794358‑M1/145‑150 (MQ=255) tacgcgctggataccggctgctgctggggtggtacattaacctgcctgcgctgggaagataaacagtattttgtccagccgtcgaaccggcataaggatttgggcgaagcggcggcgtcttaaacacagcctgatataggaagGCCGGAt > 1:4602022‑M1/144‑150 (MQ=255) tacgcgctggataccggctgctgctggggtggtacattaacctgcctgcgctgggaagataaacagtattttgtccagccgtcgaaccggcataaggatttgggcgaagcggcggcgtcttaaacacagcctgatataggaagGCCGGAt < 2:1891920‑M1/7‑1 (MQ=255) tacgcgctggataccggctgctgctggggtggtacattaacctgcctgcgctgggaagataaacagtattttgtccagccgtcgaaccggcataaggatttgggcgaagcggcggcgtcttaaacacagcctgatataggaagGCCGGAt > 2:1559902‑M1/144‑150 (MQ=255) gCGACACCCATTTCCCGGATTACGAGCCGGATGACTGGGAATCGGTATTCAGCGAATTCCACGATGCTGATGCGCAGAACTCTCACAGCTATTGCTTTGAGATTCTGGAGCGGCGGTAATTTTGTATAGAATTTACGGCTAGCGCCGGAt > 1:2078775/1‑150 (MQ=255) 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ggcggTAATTTTGTATAGAATTTACGGCTAGCGCCGGATGCGACGCCGGTCGCGTCTTATCCGGCCTTCCTATATCAGGCTGTGTTTAAGACGCCGCCGCTTCGCCCAAATCCTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAATACTGTTTAt < 1:4212478/150‑1 (MQ=255) cggTAATTTTGTATAGAATTTACGGCTAGCGCCGGATGCGACGCCGGTCGCGTCTTATCCGGCCTTCCTATATCAGGCTGTGTTTAAGACGCCGCCGCTTCGCCCAAATCCTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAATACTGTTTATCt > 1:5021848/1‑150 (MQ=255) ggTAATTTTGTATAGAATTTACGGCTAGCGCCGGATGCGACGCCGGTCGCGTCTTATCCGGCCTTCCTATATCAGGCTGTGTTTAAGACGCCGCCGCTTCGCCCAAATCCTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAATACTGTTTATCtt < 1:673144/150‑1 (MQ=255) gTAATTTTGTATAGAATTTACGGCTAGCGCCGGATGCGACGCCGGTCGCGTCTTATCCGGCCTTCCTATATCAGGCTGTGTTTAAGACGCCGCCGCTTCGCCCAAATCCTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAATACTGTTTATCTTc > 1:3047556/1‑150 (MQ=255) aTTTTGTATAGAATTTACGGCTAGCGCCGGATGCGACGCCGGTCGCGTCTTATCCGGCCTTCCTATATCAGGCTGTGTTTAAGACGCCGCCGCTTCGCCCAAATCCTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAATACTGTTTATCTTCCCa > 1:2177080/1‑150 (MQ=255) aTTTTGTATAGAATTTACGGCTAGCGCCGGATGCGACGCCGGTCGCGTCTTATCCGGCCTTCCTATATCACGCTGTGTTTAAGACGCCGCCGCTTCGCCCAAATCCTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAATACTGTTTATCTTCCCa < 1:941370/150‑1 (MQ=255) tGTATAGAATTTACGGCTAGCGCCGGATGCGACGCCGGTCGCGTCTTATCCGGCCTTCCTATATCAGGCTGTGTTTAAGACGCCGCCGCTTCGCCCAAATCCTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAATACTGTTTATCTTCCCAgcgc > 2:5315751/1‑150 (MQ=255) tGTATAGAATTTACGGCTAGCGCCGGATGCGACGCCGGTCGCGTCTTATCCGGCCTTCCTATATCAGGCTGTGTTTAAGACGCCGCCGCTTCGCCCAAATCCTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAATACTGTTTATCTTCCCAgcgc > 2:1763207/1‑150 (MQ=255) aGAATTTACGGCTAGCGCCGGATGCGACGCCGGTCGCGTCTTATCCGGCCTTCCTATATCAGGCTGTGTTTAAGACGCCGCCGCTTCGCCCAAATCCTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAATACTGTTTATCTTCCCAGCgcaggca < 1:5477886/150‑1 (MQ=255) aCGGCTAGCGCCGGATGCGACGCCGGTCGCGTCTTATCCGGCCTTCCTATATCAGGCTGTGTTTAAGACGCCGCCGCTTCGCCCAAATCCTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAATACTGTTTATCTTCCCAGCGCAGGCAGGTTAAt < 1:270048/150‑1 (MQ=255) aCGGCTAGCGCCGGATGCGACGCCGGTCGCGTCTTATCCGGCCTTCCTATATCAGGCTGTGTTTAAGACGCCGCCGCTTCGCCCAAATCCTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAATACTGTTTATCTTCCCAGCGCAGGCAGGTTAAt < 2:1840474/150‑1 (MQ=255) aCGGCTAGCGCCGGATGCGACGCCGGTCGCGTCTTATCCGGCCTTCCTATATCAGGCTGTGTTTAAGACGCCGCCGCTTCGCCCAAATCCTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAATACTGTTTATCTTCCCAGCGCAGGCAGGTTAAt < 1:4165451/150‑1 (MQ=255) gCTAGCGCCGGATGCGACGCCGGTCGCGTCTTATCCGGCCTTCCTATAACAGGCTGTGTTTAAGAAGCCGCCGCATCGCCCAAATACTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAAAACTGTTTATCTTCCCCGCGCAGGCAGGTTAATGTa > 1:5761413/1‑150 (MQ=255) cTAGCGCCGGATGCGACGCCGGTCGCGTCTTATCCGGCCTTCCTATATCAGGCTGTGTTTAAGACGCCGCCGCTTCGCCCAAATCCTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAATACTGTTTATCTTCCCAGCGCAGGCAGGTTAATGTac < 2:3045497/150‑1 (MQ=255) cTAGAGCCGGATGCGACGCCGGTCGCGTCTTATCCGGCCTTCCTATATCAGGCTGTGTTTAAGACGCCGCCGCTTCGCCCAAATCCTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAATACTGTTTATCTTCCCAGCGCAGGCAGGTTAATGTac > 2:4140184/1‑150 (MQ=255) GCCGGATGCGACGCCGGTCGCGTCTTATACGGCCTTCCTATATAAGGCTGTGTTTAAGACGCCCCCGCTTCGCCCCAATCCTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAATACTGTTTATATTACCACCGCAGGCAGGTTAATTTACCAccc < 1:3983357‑M1/150‑1 (MQ=255) | TGGAAGGCGACACCCATTTCCCGGATTACGAGCCGGATGACTGGGAATCGGTATTCAGCGAATTCCACGATGCTGATGCGCAGAACTCTCACAGCTATTGCTTTGAGATTCTGGAGCGGCGGTAATTTTGTATAGAATTTACGGCTAGCGCCGGATGCGACGCCGGTCGCGTCTTATCCGGCCTTCCTATATCAGGCTGTGTTTAAGACGCCGCCGCTTCGCCCAAATCCTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAATACTGTTTATCTTCCCAGCGCAGGCAGGTTAATGTACCACCC > NC_000913/50178‑50476 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |