| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | 50360 = | NA (NA) | noncoding (34/37 nt) | REP5 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP5 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 507 total aligned reads displayed.
CGGATGACTGGGAATCGGTATTCAGCGAATTCCACGATGCTGATGCGCAGAACTCTCACAGCTATTGCTTTGAGATTCTGGAGCGGCGGTAATTTTGTATAGAATTTACGGCTAGCGCCGGATGCGACGCCGGTCGCGTCTTATCCGGCCTTCCTATATCAGGCTGTGTTTAAGACGCCGCCGCTTCGCCCAAATCCTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAATACTGTTTATCTTCCCAGCGCAGGCAGGTTAATGTACCACCCCAGCAGCAGCCGGTATCCAGCGCGTATATACCT > NC_000913/50211‑50509 | gATGACTGGGAATCGGTATTCAGCGAATTCCACGATGCTGATGCGCAGAACTCTCACAGCTATTGCTTTGAGATTCTGGAGCGGCGGTAATTTTGTATAGAATTTACGGCTAGCGCCGGATGCGACGCCGGTCGCGTCTTATCCGGCCtt > 1:5042068/1‑150 (MQ=255) cTGGGAATCGGTATTCAGCGAATTCCACGATGCTGATGCGCAGAACTCTCACAGCTATTGCTTTGAGATTCTGGAGCGGCGGTAATTTTGTATAGAATTTACGGCTAGCGCCGGATGCGACGCCGGTCGCGTCTTATCCGGCCTTCCtat < 1:5407460/150‑1 (MQ=255) tGGGAATCGGTATTCAGCGAATTCCACGATGCTGATGCGCAGAACTCTCACAGCTATTGCTTTGAGATTCTGGAGCGGCGGTAATTTTGTATAGAATTTACGGCTAGCGCCGGATGCGACGCCGGTCGCGTCTTATCCGGCCTTCCtata > 2:2517418/1‑150 (MQ=255) 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aTCGGTATTCAGCGAATTCCACGATGCTGATGCGCAGAACTCTCACAGCTATTGCTTTGAGATTCTGGAGCGGCGGTAATTTTGTATAGAATTTACGGCTAGCGCCGGATGCGACGCCGGTCGCGTCTTATCCGGCCTTCCTATATCAgg > 2:1236207/1‑150 (MQ=255) ggTATTCAGCGAATTCCACGATGCTGATGCGCAGAACTCTCACAGCTATTGCTTTGAGATTCTGGAGCGGCGGTAATTTTGTATAGAATTTACGGCTAGCGCCGGATGCGACGCCGGTCGCGTCTTATCCGGCCTTCCTATATCAGGCtg < 1:323034/150‑1 (MQ=255) tgcgctgggaagataaacagtattttgtccagccgtcgaaccggcataaggatttgggcgaagcggcggcgtcttaaacacagcctgatataggaagGCCGGATGCGACGCCGGTCGCGTCTTATCCGGCCTTCCTATATCAGGCTgtgt > 1:1847298‑M1/98‑150 (MQ=255) aTTCAGCGAATTCCACGATGCTGATGCGCAGAACTCTCACAGCTATTGCTTTGAGATTCTGGAGCGGCGGTAATTTTGTATAGAATTTACGGCTAGCGCCGGATGCGACGCCGGTCGCGTCTTATCCGGCCTTCCTATATCAGGCTgtgt > 2:3012285/1‑150 (MQ=255) cAGCGAATTCCACGATGCTGATGCGCAGAACTCTCACAGCTATTGCTTTGAGATTCTGGAGCGGCGGTAATTTTGTATAGAATTTACGGCTAGCGCCGGATGCGACGCCGGTCGCGTCTTATCCGGCCTTCCTATATCAGGCTGTGTTTa > 2:4314660/1‑150 (MQ=255) 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cTAGCGCCGGATGCGACGCCGGTCGCGTCTTATCCGGCCTTCCTATATCAGGCTGTGTTTAAGACGCCGCCGCTTCGCCCAAATCCTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAATACTGTTTATCTTCCCAGCGCAGGCAGGTTAATGTac > 1:4785048/1‑150 (MQ=255) cTAGCGCCGGATGCGACGCCGGTCGCGTCTTATCCGGCCTTCCTATATCAGGCTGTGTTTAAGACGCCGCCGCTTCGCCCAAATCCTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAATACTGTTTATCTTCCCAGCGCAGGCAGGTTAATGTac < 1:1274201/150‑1 (MQ=255) cTAGCGCCGGATGCGACGCCGGTCGCGTCTTATCCGGCCTTCCTATATCAGGCTGTGTTTAAGACGCCGCCGCTTCGCCCAAATCCTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAATACTGTTTATCTTCCCAGCGCAGGCAGGTTAATGTac < 2:5042068/150‑1 (MQ=255) cTAGCGCCGGATGCGACGCCGGTCGCGTCTTATCCGGCCTTCCTATATCAGGCTGTGTTTAAGACGCCGCCGCTTCGCCCAAATCCTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAATACTGTTTATCTTCCCAGCGCAGGCAGGTTAATGTac < 2:6322995/150‑1 (MQ=255) gaaggccggataagacgcgaccggcgtcgcatccggcCTTCCTATATCAGGCTGTGTTTAAGACGCCGCCGCTTCGCCCAAATCCTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAATACTGTTTATCTTCCCAGCGCAGGCAGGTTAATGTacc > 2:650940‑M2/38‑150 (MQ=255) GATGCGACGCCGGTCGCGTCTTATCCGGCCTTCCTATATCAGGCTGTGTTTAAGACGCCGCCGCTTCGCCCAAATCCTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAATACTGTTTATCTTCCCAGCGCAGGCAGGTTAATGTACCACCCcagc < 2:4725657‑M1/150‑1 (MQ=255) GATGCGACGCCGGTCGCGTCTTATCCGGCCGTCCTATATCAGGCTGTGTTTAAGACGCCGCCGCTTCGCCCAAATCCTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAATACTGTTTATATTACCAGCGCAGGCAGGTTAATGTACCACCCcagc < 1:5981606‑M1/150‑1 (MQ=255) TGCGACGCCGGTCGCGTCTTATCCGGCCTTCCTATATCAGGCTGTGTTTAAGACGCCGCCGCTTCGCCCAAATCCTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAATACTGTTTATCTTCCCAGCGCAGGCAGGTTAATGTACCACCCcagcag < 1:1091272‑M1/150‑1 (MQ=255) TGCGACGCCGGTCGCGTCTTATCCGGCCTTCCTATATCAGGCTGTGTTTAAGACGCCGCCGCTTCGCCCAAATCCTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAATACTGTTTATCTTCCCAGCGCAGGCAGGTTAATGTACCACCCcagcag > 2:3427273‑M1/1‑150 (MQ=255) gACGCCGGTCGCGTCTTATCCGGCCTTCCTATATCAGGCTGTGTTTAAGACGCCGCCGCTTCGCCCAAATCCTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAATACTGTTTATCTTCCCAGCGCAGGCAGGTTAATGTACCACCCcagcagcag > 2:2339589/1‑150 (MQ=255) gCCGGTCGCGACTTATCCGGCCTTCCTATATCAGGCTGTGTTTAAGACGCCGCCGCTTCGCCCAAATCCTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAATACTGTTTATCTTCCCAGCGCAGGCAGGTTAATGTACCACCCCAGCAGCAGCCg < 2:4152212/150‑1 (MQ=255) cgTCTTATCCGGCCTTCCTATATCAGGCTGTGTTTAAGACGCCGCCGCTTCGCCCAAATCCTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAATACTGTTTATCTTCCCAGCGCAGGCAGGTTAATGTACCACCCCAGCAGCAGCCGGTATCCAg > 2:7156270/1‑150 (MQ=255) tCTTATCCGGCCTTCCTATATCAGGCTGTGTTTAAGACGCCGCCGCTTCGCCCAAATCCTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAATACTGTTTATCTTCCCAGCGCAGGCAGGTTAATGTACCACCCCAGCAGCAGCCGGTATCCAgcg > 2:2591927/1‑150 (MQ=255) tccggcCTTCCTATATCAGGCTGTGTTTAAGACGCCGCCGCTTCGCCCAAATCCTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAATACTGTTTATCTTCCCAGCGCAGGCAGGTTAATGTACCACCCCAGCAGCAGCCGGTATCCAGCGCGtat > 1:4009196‑M2/7‑150 (MQ=255) tccggcCTTCCTATATCAGGCTGTGTTTAAGACGCCGCCGCTTCGCCCAAATCCTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAATACTGTTTATCTTCCCAGCGCAGGCAGGTTAATGTACCACCCCAGCAGCAGCCGGTATCCAGCGCGtat > 2:3154484‑M2/7‑150 (MQ=255) ggcCTTCCTATATCAGGCTGTGTTTAAGACGCCGCCGCTTCGCCCTAATCCTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAATACTGTTTATCTTCCCAGCGCAGGCAGGTTTTTGTACCACCCCAGCAGCAGCCGGTATCCAGCGCGtatata < 2:5868060‑M2/147‑1 (MQ=255) gcCTTCCTATATCAGGCTGTGTTTAAGACGCCGCCGCTTCGCCCAAATCCTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAATACTGTTTATCTTCCCAGCGCAGGCAGGTTAATGTACCACCCCAGCAGCAGCCGGTATCCAGCGCGGATATAc > 1:1232624‑M2/3‑150 (MQ=255) | CGGATGACTGGGAATCGGTATTCAGCGAATTCCACGATGCTGATGCGCAGAACTCTCACAGCTATTGCTTTGAGATTCTGGAGCGGCGGTAATTTTGTATAGAATTTACGGCTAGCGCCGGATGCGACGCCGGTCGCGTCTTATCCGGCCTTCCTATATCAGGCTGTGTTTAAGACGCCGCCGCTTCGCCCAAATCCTTATGCCGGTTCGACGGCTGGACAAAATACTGTTTATCTTCCCAGCGCAGGCAGGTTAATGTACCACCCCAGCAGCAGCCGGTATCCAGCGCGTATATACCT > NC_000913/50211‑50509 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |