| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | = 329872 | 80 (0.830) | coding (410/2034 nt) | betT | choline transporter of high affinity | |||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
GTTTTGGTTCGGTGAAGCTCGGGCCAGAACAATCCAAACCGGAATTCAGCCTGCTGAGTTGGGCGGCGATGCTGTTTGCTGCCGGGATCGGTATCGACCTGATGTTCTTCTCCGTAGCCGAACCGGTAACGCAGTATATGCAGCCGCCGGAAGGCGCGGGACAGACGATTGAGGCCGCGCGT‑CAGGCGATGGTCTGGACGCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCC > NC_000913/329689‑329985 | gTTTTGGTTCGGTGAAGCTCGGGCCAGAACAATCCAAACCGGAATTCAGCCTGCTGAGTTGGGCGGCGATGCTGTTTGCTGCCGGGATCGGTATCGACCTGATGTTCTTCTCCGTAGCCGAACCGGTAACGCAGTATATGCAGCCGCCgg < 2:421604/150‑1 (MQ=255) ttttGGTTCGGTGAAGCTCGGGCCAGAACAATCCAAACCGGAATTCAGCCTGCTGAGTTGGGCGGCGATGCTGTTTGCTGCCGGGATCGGTATCGACCTGATGTTCTTCTCCGTAGCCGAACCGGTAACGCAGTATATGCAGCCGCCGGa > 2:958373/1‑150 (MQ=255) tCGGTGAAGCTCGGGCCAGAACAATCCAAACCGGAATTCAGCCTGCTGAGTTGGGCGGCGATGCTGTTTGCTGCCGGGATCGGTATCGACCTGATGTTCTTCTCCGTAGCCGAACCGGTAACGCAGTATATGCAGCCGCCGGAAGGcgcg < 2:830631/150‑1 (MQ=255) 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tAACGCAGTATATGCAGCCGCCGGAAGGCGCGGGACAGACGATTGAGGCCGCGCGT‑CAGGCGATGGTCTGGACGCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGtt < 2:1543832/150‑1 (MQ=255) cGCAGTATATGCAGCCGCCGGAAGGCGCGGGACAGACGATTGAGGCCGCGCGT‑CAGGCGATGGTCTGGACGCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTtata > 2:720040/1‑150 (MQ=255) cAGTATATGCAGCCGCCGGAAGGCGCGGGACAGACGATTGAGGCCGCGCGT‑CAGGCGATGGTCTGGACGCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAAt < 1:997537/150‑1 (MQ=255) gTATATGCAGCCGCCGGAAGGCGCGGGACAGACGATTGAGGCCGCGCGT‑CAGGCGATGGTCTGGACGCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAAttt < 2:369356/150‑1 (MQ=255) atatGGAGCCGCCGGAAGGCGCGGGACAGACGATTGAGGCCGCGCGT‑CAGGCGATGGGCTGGACGCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGc < 2:144227/150‑1 (MQ=255) tatGCAGCCGCCGGATGCCGCGGGACAGAAGATTGATGCCGCTCGT‑CAGGCGATGGGCTGGACGCTGTTTAACTACGGCTTACCCGGCTGGGCGATGTATGCGCTGTTGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTCGcc < 2:330162/150‑1 (MQ=255) tatGCAGCCGCCGGAAGGCGCGGGACAGACGATTGAGGCCGCGCGT‑CAGGCGAGGGTCTGGACGCTGTTTCACTACGGCTTATCCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGcc < 1:938376/150‑1 (MQ=255) cAGCCGCCGGAAGGCGCGGGACAGACGATTGAGGCCGCGCGT‑CAGGCGATGGTCTGGACGCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGccc > 2:1470850/1‑148 (MQ=255) cAGCCGCCGGAAGGCGCGGGACAGACGATTGAGGCCGCGCGT‑CAGGCGATGGTCTGGACGCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTc > 1:1039920/1‑150 (MQ=255) aGCCGCCGGAAGGCGCGGGACAGACGATTGAGGCCGCGCGT‑CAGGCGATGGTCTGGACGCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCa > 1:687147/1‑150 (MQ=255) gccgccGGAAGGCGCGGGACAGACGATTGAGGCCGCGCGT‑CAggcggctgcatatactgcgttaccggttcggctacggagaagaacatcaggtcgataccgatcccggcagcaaacagcatcgccgcccaactcagcaggctgaattcc < 2:1282167‑M2/150‑109 (MQ=255) gccgccGGAAGGCGCGGGACAGACGATTGAGGCCGCGCGT‑CAGGCGATGGTCTGGACGCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCAc > 2:1109023/1‑150 (MQ=255) gccgccGGAAGGCGCGGGACAGACGATTGAGGCCGCGCGT‑CAGGCGATGGTCTGGACGCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCAc > 1:297742/1‑150 (MQ=255) cgcctgacgcgcggcctcaatcgtctgtcccgcgccttccggcggctgcatatactgcgttaccggttcggctacggagaagaacatcaggtcgataccgatcccggcagcaaacagcatcgccgcccaactcagcaggctgaattccgg < 2:520100‑M1/150‑147 (MQ=255) cgcctgacgcgcggcctcaatcgtctgtcccgcgccttccggcggctgcatatactgcgttaccggttcggctacggagaagaacatcaggtcgataccgatcccggcagcaaacagcatcgccgcccaactcagcaggctgaattccgg < 1:144227‑M1/150‑147 (MQ=255) cgccgGAAGGCGCGGGACAGACGATTGAGGCCGCGCGT‑CAGGCGATGGTCTGGACGCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCa > 1:568289/1‑150 (MQ=255) gcctgacgcgcggcctcaatcgtctgtcccgcgccttccggcggctgcatatactgcgttaccggttcggctacggagaagaacatcaggtcgataccgatcccggcagcaaacagcatcgccgcccaactcagcaggctgaattccggt > 1:1627656‑M1/1‑3 (MQ=255) gccgGAAGGCGCGGGACAGACGATTGAGGCCGCGCGT‑CAggcggctgcatatactgcgttaccggttcggctacggagaagaacatcgggtcg > 2:1698617‑M2/1‑39 (MQ=255) gccgGAAGGCGCGGGACAGACGATTGAGGCCGCGCGT‑CAggcggctgcatatactgcgttaccggttcggctacggagaagaacatcgggtcg < 1:1698617‑M2/93‑55 (MQ=255) cctgacgcgcggcctcaatcgtctgtcccgcgccttccggcggctgcatatactgcgttaccggttcggctacggagaagaacatcaggtcgataccgatcccggcagcaaacagcatcgccgcccaactcagcaggctgaattccggtt < 2:462721‑M1/150‑149 (MQ=255) ccgGAAGGCGCGGGACAGACGATTGAGGCCGCGCGT‑CAGGCGATGGTCTGGACGCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATc > 2:1430179/1‑150 (MQ=255) ccgGAAGGCGCGGGACAGACGATTGAGGCCGCGCGT‑CAGGCGATGGTCTGGACGCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATc > 1:1519588/1‑150 (MQ=255) ccgGAAGGCGCGGGACAGACGATTGAGGCCGCGCCTTCCggcggctgcatatactgcgttaccggttcggctacggagaagaacatcaggtcgataccgatcccggcagcaaacagcatcgccgcccaactcagcaggctgaattccggt < 1:623933‑M2/150‑112 (MQ=255) cgGAAGGCGCGGGACAGCCGATTGAGGCCGCGCGT‑CAGGCGATGGTCTGGACGCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATcc > 1:912207/1‑150 (MQ=255) cgGAAGGCGCGGGACAGACGATTGAGGCCGCGCGT‑CAGGCGATGGTCTGGACGCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATcc < 1:958373/150‑1 (MQ=255) | GTTTTGGTTCGGTGAAGCTCGGGCCAGAACAATCCAAACCGGAATTCAGCCTGCTGAGTTGGGCGGCGATGCTGTTTGCTGCCGGGATCGGTATCGACCTGATGTTCTTCTCCGTAGCCGAACCGGTAACGCAGTATATGCAGCCGCCGGAAGGCGCGGGACAGACGATTGAGGCCGCGCGT‑CAGGCGATGGTCTGGACGCTGTTTCACTACGGCTTAACCGGCTGGTCGATGTATGCGCTGATGGGCATGGCGCTCGGATACTTTAGCTATCGTTATAATTTGCCGCTCACCATCC > NC_000913/329689‑329985 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |