New junction evidence | |||||||||||
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? | NC_000913 | = 4546071 | 107 (1.160) | coding (976/2637 nt) | fimD | fimbrial usher outer membrane porin protein; FimCD chaperone‑usher |
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
GCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCGCAGGTAATAGTGGTGACTTGCAGGTAACGATCAAAGA > NC_000913/4545848‑4546144 | gCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTAGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGAt > 2:105291/1‑150 (MQ=255) cGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATc > 1:553784/1‑150 (MQ=255) gaCATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCAc < 2:1058511/150‑1 (MQ=255) aCATAATACCGTTCCGTTCCCGGCTGTCGCTGGTTGATGGTTATTCTCAGGGCGTTATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGTTAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACg < 2:1336732/150‑1 (MQ=255) cATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACgg > 1:287583/1‑150 (MQ=255) cATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCACCGGTGATCCACgg > 2:1455942/1‑150 (MQ=255) taataCCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTa > 1:126833/1‑150 (MQ=255) taataCCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTa > 1:963099/1‑150 (MQ=255) aataCCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCTGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTAt < 1:89662/150‑1 (MQ=255) aataCCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACTGTAt > 1:1012883/1‑150 (MQ=255) aataCCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTAt < 1:996852/150‑1 (MQ=255) ataCCATTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGTGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTAtt > 2:207598/1‑150 (MQ=255) gTTACGGTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCg < 1:889930/150‑1 (MQ=255) 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cccGGTGgcaccgtactattataaatgtcatacccattttgtttaatagtgacctgtgcagtaccacgagcaataccgtggatcaccggggcaaatcctctttgactatcgggtaacatattgtcatctgaggccaattgtgcgccgcga > 2:1303426‑M1/1‑7 (MQ=255) cccGGTGgcaccgtactattataaatgtcatacccattttgtttaatagtgacctgtgcagtaccacgagcaataccgtggatcaccggggcaaatcctctttgactatcgggtaacatattgtcatctgaggccaattgtgcgccgcga > 2:1150253‑M1/1‑7 (MQ=255) cccGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCGCAGGTAATAGTGGTGACTTGCAGGTAACGAt < 1:632738/150‑1 (MQ=255) cccGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCGCAGGTAATAGTGGTGACTTGCAGGTAACGAt < 1:354558/150‑1 (MQ=255) ccGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCcaccggggcaaatcctctttgactatcgggtaacatattgtcatctgaggccaattgtgcgccgcgaa < 2:304241‑M2/150‑69 (MQ=255) 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gATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCGCAGGTAATAGTGGTGACTTGCAGGTAACGATCAAaga > 1:1669925/1‑150 (MQ=255) | GCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCGCAGGTAATAGTGGTGACTTGCAGGTAACGATCAAAGA > NC_000913/4545848‑4546144 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |