| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3798221 = | 174 (2.330) | 13 (0.190) | 11/268 | 3.7 | 7.7% | intergenic (+14/+18) | waaL/waaU | O‑antigen ligase/lipopolysaccharide core biosynthesis |
| ? | NC_000913 | 3798249 = | 151 (2.220) | coding (1064/1074 nt) | waaU | lipopolysaccharide core biosynthesis | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGGAATATCCCTCGCATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/3798381‑3798221‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aactcacttcttaTCTATACAACTTAA‑‑TCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTA > NC_000913/3798249‑3798395 CGGAATATCCCTCGCATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTA > 2:24128/1‑149CGGAATATCCCTCGCATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTA > 1:878559/1‑149CGGAATATCCCTCGCATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTA > 1:734260/1‑149 AATATCCCTCGCATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACT < 2:1013535/149‑1 ATCCCTCGCATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCAC < 1:1030216/149‑1 ATCCCTCGCATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCAC > 1:687294/1‑149 ccaTCGCATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTT < 2:379005/146‑1 CCTCGCATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAATCTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTC > 1:117138/1‑149 CCTCGCATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTC < 2:980998/149‑1 CCTCGCATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATACCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAAATCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTC < 2:328860/149‑1 TCGCATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTT > 1:704159/1‑149 ATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACA > 1:334106/1‑149 ATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTC > 2:491171/1‑125 ATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTC < 1:491171/125‑1 AACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAA‑‑TCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATAT < 2:334106/149‑1 CGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAA‑‑TCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACC > 1:401271/1‑149 TTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAA‑‑TCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTTTATGTTGGGGATACTATTTGTA > 1:900085/1‑149 AGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAA‑‑TCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGAT > 2:1203534/1‑149 AGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAA‑‑TCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGG < 1:1203534/149‑1 TAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAA‑‑TCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAA > 2:786349/1‑149 AGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAA‑‑TCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAG > 2:619709/1‑149 AAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAA‑‑TCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGG > 1:914605/1‑149 AAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAA‑‑TCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGG > 2:183452/1‑149 AAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAA‑‑TCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGG > 1:355160/1‑149 GTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAA‑‑TCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGA < 1:373837/144‑1 GTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAA‑‑TCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGA > 2:373837/1‑144 AACTCACTTCTTATCTATACAACTTAA‑‑TCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAG < 2:663372/149‑1 AACTCACTTCTTATCTATACAACTTAA‑‑TCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAG > 2:976433/1‑149 AACTCACTTCTTATCTATACAACTTAA‑‑TCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAG < 2:1079481/149‑1 ACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGA < 1:809555/149‑1 ACTCACTTCTTATCTATACAACTTAA‑‑TCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGT > 2:348028/1‑149 ACTCACTTCTTATCTATACAACTTAA‑‑TCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTCGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGT < 1:561694/149‑1 CTTCTTATCTATACAACTTAA‑‑TCTCTTTACTGAATTAGTTAAACTTTCAGTATCGATATCTTTTAAAGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATTATGATTAGGGGAACAAATTAAATGAGAGGGATATTACGGAGTACTTG > 1:247045/1‑149 TTCTTATCTATACATCTTAA‑‑TCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTAACGTATATGTTGGTTATACTATTTGTATAGATTTTTGATTATTCTGGGACCAAATTAAATTCTAGGGATATTACTGAGTACGTta > 1:159956/1‑147 TTCTTATCTATACAACTTAA‑‑TCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGA > 2:767331/1‑149 TCTTATCTATACAACTTAA‑‑TCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAA < 2:401271/149‑1 CTTATCTATACAACTTAA‑‑TCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAAT > 1:892904/1‑149 CTTATCTATACAACTTAA‑‑TCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAAT < 1:491026/149‑1 TATCTATACAACTTAA‑‑TCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTA < 1:1112330/149‑1 CGGAATATCCCTCGCATTTAATTTGGTCCCCGAATCATCATAAATCTATACAAATAGTATCCCCAACATATACGGTAAAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/3798381‑3798221‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aactcacttcttaTCTATACAACTTAA‑‑TCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTA > NC_000913/3798249‑3798395 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |