| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | = 1051010 | 89 (0.800) | coding (166/213 nt) | cspH | stress protein, member of the CspA‑family | |||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
AGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCTTTGTGGAAAAGTAACTGATGTTATAATGTATGATGTTGACTATTTCACTATTCCAATAAAACCAGTCAGCTTTAAACAAGCAGCGTCATATTAAGAGAGATAAACATTTGCCGCTGTTGGTCCTCGCAGGCCATTTACGCGGCAAAATTCCACACGTAATCCTGGTATAAGCACTTCTGCGTCGCGGGGAGTGAATGCGGAAATATGGACCTGAACTTCTTTACGACCGTCGGAGGGGATAATGAATCCTTTGCCGCTTTTGC > NC_000913/1050837‑1051135 | acaggaattgtcaaaacctttgatcgcaaaagcggcaaaggattcattatcccctccgacggtcgtcaagaagttcaggtccatatttccgcattcactccccgcgacgcagaagtgcgtataccaggattacgtgtggaatTTTGCCGc > 2:1799870‑M1/143‑150 (MQ=255) ggTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCTTTGTGGAAAAGTAACTGATCTTATAATGTATGATGTTGACTATTTCACTATTCCAATAAAACCAGTCAGCTTTAAACAAGCAGCGTCATATTAAGAGAGATAAACATTTGCCGCt > 2:650096/1‑150 (MQ=255) tGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCTTTGTGGAAAAGTAACTGATGTTATAATGTATGATGTTGACTATTTCACTATTCCAATAAAACCAGTCAGCTTTAAACAAGCAGCGTCATATTAAGAGAGATAAACATTTGCCGCTGt > 2:879630/1‑150 (MQ=255) 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gcGTCATATTAAGAGAGATAAACATTTGCCGCTGTTGGTCCTCGCAGGCCATTTACGCGGCAAAATTCCACACGTAATCCTGGTATAAGCACTTCTGCGTCGCGGGGAGTGAATGCGGAAATATGGACCTGAACTTCTTTACGACCGTCg < 2:705570/150‑1 (MQ=255) gTCATATTAAGAGAGATAAACATTTGCCGCTGTTGGTCCTCGCAGGCCATTTACGCGGCAAAATTCCACACGTAATCCTGGTATAAGCACTTCTGCGTCGCGGGGAGTGAATGCGGAAATATGGACCTGAACTTCTTTACGACCGTCGGa > 1:717582/1‑150 (MQ=255) aaGAGAGATAAACATTTGCCGCTGTTGGTCCTCGCAGGCCATTTACGCGGCAAAATTCCACACGTAATCCTGGTATAAGCACTTCTGCGTCGCGGGGAGTGAATGCGGAAATTTGGACCTGAACTTCTTTACGACCGTCGGAGGGGATaa > 1:235630/1‑150 (MQ=255) aaGAGAGATAAACATTTGCCGCTGTTGGTCCTCGCAGGCCATTTACGCGGCAAAATTCCACACGTAATCCTGGTATAAGCACTTCTGCGTCGCGGGGAGTGAATGCGGAAATATGGTCCTGAACTTCTTTACGCCCGTCGGAGGGGATaa > 1:383562/1‑150 (MQ=255) gagagaTAAACATTTGCCGCTGTTGGTCCTCGCAGGCCATTTACGCGGCAAAATTCCACACGTAATCCTGGTATAAGCACTTCTGCGTCGCGGGGAGTGAATGCGGAAATATGGACCTGAACTTCTTTACGACCGTCGGAGGGGATAATg < 2:747162/150‑1 (MQ=255) aTAAACATTTGCCGCTGTTGGTCCTCGCAGGCCATTTACGCGGCAAAATTCCACACGTAATCCTGGTATAAGCACTTCTGCGTCGCGGGGAGTGAATGCGGAAATATGGACCTGAACTTCTTTACGACCGTCGGAGGGGATAATGAATcc < 2:633007/150‑1 (MQ=255) tAAACATTTGCCGCTGTTGGTCCTCGCAGGCCATTTACGCGGCAAAATTCCACACGTAATCCTGGTATAAGCACTTCTGCGTCGCGGGGAGTGAATGCGGAAATATGGACCTGAACTTCTTTATGACCGTCGGAGGGGATAATGAATCCt > 1:558079/1‑150 (MQ=255) aaCATTTGCCGCTGTTGGTCCTCGCAGGCCATTTACGCGGCAAAATTCCACAAGTAATCCTGGAATAAGCACTTCTGCGTCGCGGGGAGTGAATGCGGAAATATGGAACTGAACATCATTACGACCGTCGGAGGGGATAATGAATCCttt > 1:214496/1‑150 (MQ=255) aCATTTGCCGCTGTTGGTCCTCGCAGGCCATTTACGCGGCAAAATTCCACACGTAATCCTGGTATAAGCACTTCTGCGTCGCGGGGAGTGAATGCGGAAATATGGACCTGAACTTCTTTACGACCGTCGGAGGGGATAATGAATCCTTTg < 1:1667631/150‑1 (MQ=255) tGCCGCTGTTGGTCCTCGCAGGCCATTTACgcggcaaatgtttatctctcttaatatgacgctgcttgtttaaagctgactggttttattggaatagtgaaatagtcaacatcatacattataacatcagttacttttccacaaagaaac > 2:54678‑M2/1‑30 (MQ=255) TGCCGCTGTTGGTCCTCGCAGGCCATTTACGCGGCAAAATTCCACACGTAATCCTGGTATAAGCACTTCTGCGTCGCGGGGAGTGAATGCGGAAATATGGACCTGAACTTCTTTACGACCGTCGGAGGGGATAATGAATCCTTTGCCGCt < 1:1907532‑M1/150‑1 (MQ=255) gactcgtaaatggccttcgaggacaaacagaggcaaatgtttatctctcttaatatgacgctgattttttaaagctgactgtttttattggaatagtgaaatagtcaacatcatacattataacatcagttacttttccacaaagaaact < 1:368791‑M1/146‑146 (MQ=255) CCGCTGTTGGTCCTCGCAGGCCATTTACGCGGCAAAATTCCACACGTAATCCTGGTATAAGCACTTCTGCGTCGCGGGGAGTGAATGCGGAAATATGGCCCTGCACTTCTTTACGACCGTCGGAGGGGATAATGAATCCTTTGCCTCttt < 2:296898‑M1/150‑1 (MQ=255) gcgtaaatggcctgcgaggaccaacagcggcaaatgtttatctctcttaatatgacgctgcttgtttaaagctgactggttttattggaatagtgaaatagtcaacatcatacattataacatcagttacttttccacaaagaaactaat < 1:1909188‑M1/150‑149 (MQ=255) GCTGTTGGTCCTCGCAGGCCATTTACGCGGCAAAATTCCACACGTAATCCTGGTATAAGCACTTCTGCGTCGCGGGGAGTGAATGCGGAAATATGGACCTGAACTTCTTTACGACCGTCGGAGGGGATAATGAATCCTTTGCCGCTTTTg > 1:1017641‑M1/1‑150 (MQ=255) cgtaaatggcctgcgaggaccaacagcggcaaatgtttatctctcttaatatgacgctgcttgtttaaagctgactggttttattggaatagtgaaatagtcaacatcatacattataacatcagttacttttccacaaagaaactaatc > 1:1977831‑M1/1‑1 (MQ=255) CTGTTGGGCCTCGCAGGCCATTTACGCGGCAAAATTCCACACGTAATCCTGGTATAAGCACTTCTGGGTCGCGGGGAGTGAATGCGGAAATATGGACCTGAACTTCTTTACGACCGTCGGAGGGGATAATGAATCCTTTGCCGCTTTTGc > 1:359882‑M1/1‑150 (MQ=255) | AGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCTTTGTGGAAAAGTAACTGATGTTATAATGTATGATGTTGACTATTTCACTATTCCAATAAAACCAGTCAGCTTTAAACAAGCAGCGTCATATTAAGAGAGATAAACATTTGCCGCTGTTGGTCCTCGCAGGCCATTTACGCGGCAAAATTCCACACGTAATCCTGGTATAAGCACTTCTGCGTCGCGGGGAGTGAATGCGGAAATATGGACCTGAACTTCTTTACGACCGTCGGAGGGGATAATGAATCCTTTGCCGCTTTTGC > NC_000913/1050837‑1051135 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |