New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 3383284 = | 40 (0.730) | 3 (0.060) | 3/240 | NT | 7.7% | intergenic (+17/+46) | degS/mdh | serine endoprotease/malate dehydrogenase |
? | NC_000913 | 3383314 = | 36 (0.720) | intergenic (+47/+16) | degS/mdh | serine endoprotease/malate dehydrogenase |
TCTGGAGACGATGGATCAGGTGGCGGAAATTCGCCCTGGTTCGGTGATCCCTGTAGTAGTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTATCCAGCATACCTTCCAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCG > NC_000913/3383144‑3383426 | tctgGAGACGATGGATCAGGTGGCGGAAATTCGCCCTGGTTCGGTGATCCCTGTAGTGGGGATGCGTGAGGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGGATATCCGGGAACCAATTAAGGCGTGCGCTcagaacaaa > 1:121253/1‑143 (MQ=255) tctgGAGACGATGGATCAGGTGGCGGAAATTCGCCCTGGTTCGGTGATCCCTGTAGTAGTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCCCacaaaacaaa > 2:1051919/1‑143 (MQ=255) tgGAGACGATGGATCAGGTGGCGGAAATTCGCCCTGGTTCGGTGATCCCTGTAGTAGTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACaaaaa > 1:740132/1‑143 (MQ=255) cggcgtggaagagcgtaaatctatcggtaccctgagcgcatttgaacagaacgcgctggaaggtatgctggatacgctgaagaaagatatcgccctgggcgaagagttcgttaataagtaattgattagcggataataaaaaa < 1:428591‑M1/6‑1 (MQ=255) agaCGATGGATCAGGTGGCGGAAATTCGCCCTGGTTCGGTGATCCCTGTAGTAGTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAAACAAcc > 1:380773/1‑143 (MQ=255) gaCGATGGATCAGGTGGCGGAAATTCGCCCTGGTTCGGTGATCCCTGTAGTAGTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAAAATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACaaaaaccag > 2:367097/1‑139 (MQ=255) gaCGATGGATCAGGTGGCGGAAATTCGCCCTGGGTCGGTGATCCCTGTAGTAGTAATGCGCCATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAAAAAACCg < 2:777191/143‑1 (MQ=255) cGATGGAGCAGGTGGCGGAAATTCGCCCTGGTTCGGTGATCCCTGTAGTAGTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAAAAAACCGGa < 1:23599/143‑1 (MQ=255) ggaagagcgtaaatctattggtaccctgagcgcatttgaacagaacgcgctggaaggtatgctggatacgctgaagaaagatatcgccctgggcgaagagttcgttaataagtaattgattagcggataatAAAAAACCGGAg > 1:973190‑M1/132‑143 (MQ=255) gCGGAAATTCGCCCTGGTTCGGTGATCCCTGTAGTAGTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGt > 2:92577/1‑143 (MQ=255) gAAATGCGCCCTGGTTCGGTGATCCCTGTAGTAGTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGtttt < 1:732933/143‑1 (MQ=255) aaaTTCGCCCTGGTTCGGTGATCCCTGTAGTAGTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGttttt < 2:835384/143‑1 (MQ=255) tCGCCCTGGTTCGGTGATCCCTGTAGTAGTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTttatt > 1:780571/1‑143 (MQ=255) ccTGGTTCGGTGATCCCTGTAGTAGTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATcc > 2:927841/1‑143 (MQ=255) cgggTGCGGTGATCCCTGTAGTAGTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCAGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCg > 1:781872/3‑143 (MQ=255) gTGATCCCTGTAGTAGTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTCCGCTCAAAACAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCaa < 1:366332/143‑1 (MQ=255) gTGATCCCTGTAGTAGTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGCCGTGCGCTAAAAACAAAAAACCGGCGCCTGTGCTCCGGTCTTTTAGTATCCACTAATCaa > 2:510125/1‑143 (MQ=255) cagaacgcgctggaaggtatgctggatacgctgaagaaagatatcgccctgggcgaagagttcgttaataagtaattgattagcggataatAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACtt < 2:732794‑M1/52‑1 (MQ=255) tGTCGTAGTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGGCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTGAAAACCAAACACCGGCGTCTGTGCTCCGGCTTTTTATTATCCGCTACTCCATTACttat > 2:959214/1‑143 (MQ=255) gaacgcgctggaaggtatgctggatacgctgaagaaagatatcgccctgggcgaagagttcgttaataagtaattgattagcggataatAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACttat > 1:732794‑M1/90‑143 (MQ=255) tagtagTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTACTCAATTACttattt > 1:233166/1‑142 (MQ=255) gttgtGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATACGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAAAATACCGGAGTTTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAAc < 2:37973/140‑1 (MQ=255) gtagtGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAAc > 1:302280/1‑143 (MQ=255) gtGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGGATATCCGGCAACCAATTAAGGCGTGCGCTCAAAACAAAAAACCGGAGACTGTGGTCCGGCTTTGTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGaa > 2:887180/1‑143 (MQ=255) tGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAActct < 2:740132/143‑1 (MQ=255) tGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAActct < 1:927841/143‑1 (MQ=255) gTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTATCGAACTCTTCg > 1:240039/1‑143 (MQ=255) atgatAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAGAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTACGGTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGccc > 1:1006449/1‑143 (MQ=255) tgatAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAAGATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCa < 1:195082/143‑1 (MQ=255) gcatAGGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAGGTCGTGCGCTCAAAACAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCa < 2:144846/141‑1 (MQ=255) gCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGa > 1:190713/1‑143 (MQ=255) cAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGat < 1:92577/143‑1 (MQ=255) gTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGctat > 2:616311/1‑143 (MQ=255) tAACGCTGCAGGTCACCAGTCCGGACTATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATAtct < 1:822641/143‑1 (MQ=255) agtcTGCAGGGCGCCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGGGCGCTCAAACCAAACAACCGGAGTCTGTTCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATAtcttt < 2:532853/140‑1 (MQ=255) cGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATAtctttc < 2:358632/143‑1 (MQ=255) gCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATAtctttct > 1:927018/1‑143 (MQ=255) cTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAGTTACTCAGCACCGAACTCTTCGCCCAGGGCGCAAtctactct > 2:1027607/1‑138 (MQ=255) gTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCATGCGCTCAAAACAAAAAACCGGAGTCTGTGCTACGGACTTTTATTATCCGCTGCTCAACCCCACATCAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGt > 1:829514/1‑143 (MQ=255) cttCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTTATCAGCGTATCCAg > 2:709749/2‑143 (MQ=255) ngAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAAAAAACCGGAGTCCGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAAGCACCTATTCACGAACTCTTCGCCCAGGCCGACCGCTTTCTTCAGCGTGTCGCGCAtcc > 1:380783/2‑141 (MQ=255) cGGCAGCCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTATCCAGCATACCTTCCAgc < 2:1006315/143‑1 (MQ=255) cgttaataagtaattgattagcggataatAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTACCGAACTCTTCGCCCCGGGCGATATCTTTCTTCTACGTATCCACCATCCCTCCCAgcg < 2:287317‑M1/114‑1 (MQ=255) aaCCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAAAAAACCGGAGACTGTGCACCGGGCTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTAATTAACGAACTCTTCCCCCAGGGCGACATCTCTCTCCAACGTATCCAGCATCCCTTcccactcgc > 2:643278/1‑136 (MQ=255) ccAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTATCCAGCATACCTTCCAGCGCGTTc < 1:281602/143‑1 (MQ=255) cAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTATCCAGCATACCTTCCACCGCGTTCt > 1:352235/1‑143 (MQ=255) gcgcTCAAAACAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTATCCAGCATACCTTCCAGCGCGTTCTGTTCAAATgcgc > 2:618539/1‑143 (MQ=255) cTCAAAACAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCATCGTATCCAGCATACCTTCCAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCa < 1:322642/143‑1 (MQ=255) tCAAAACAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGCACTCTTCGCCCAGGGCGCTATCTTTCTTCAGCGTATCCAACACACCTTCCAGAGCAATATGTTTAAATACGcacaa > 1:199415/1‑142 (MQ=255) aaaacaaaaAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTCACGAACTCCTCGCCCAGGGCCATATCTTTCTTCAGCGTATCCACCCTACCTTCCAGCGCGTTCTGTTCACATGCGCTCAggc > 2:423925/1‑142 (MQ=255) aaacaaaaAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTAAGCGTCTCCAGCACACCTTCCAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCCgggc > 2:220277/1‑142 (MQ=255) AAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTCACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTATCCAGCATACCTTCCAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTCCCg < 2:340427‑M1/143‑1 (MQ=255) | TCTGGAGACGATGGATCAGGTGGCGGAAATTCGCCCTGGTTCGGTGATCCCTGTAGTAGTGATGCGTGATGATAAGCAGTTAACGCTGCAGGTCACCATTCAGGAATATCCGGCAACCAATTAAGTCGTGCGCTCAAAACAAAAAACCGGAGTCTGTGCTCCGGTTTTTTATTATCCGCTAATCAATTACTTATTAACGAACTCTTCGCCCAGGGCGATATCTTTCTTCAGCGTATCCAGCATACCTTCCAGCGCGTTCTGTTCAAATGCGCTCAGGGTACCG > NC_000913/3383144‑3383426 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |